農凱集團亦在《上訴狀》中提請二審法院「對上訴人虛開增值稅專用發票罪宣告無罪」，以及撤銷對違法所得的追繳。
據《財經》了解，在獲知判決結果後，周正毅當庭並未明確表態是否上訴，但在法定的10天期限末，最終決定上訴。這也意味著，已經歷時超過一年的周正毅案，仍未最終落定。目前周正毅仍然羈押在上海市浦東看守所。
值得注意的是，周正毅在《上訴狀》中提到，其揭發上海市檢察院某現任領導家屬受賄的「立功事實」，未獲公訴人和一審法院的認定，周曾要求對自己因舉報而遭打擊報復和刑訊逼供進行調查，一審法院也未予任何結論。
對此，上海市檢察院副檢察長、第一新聞發言人鄒傳紀對《財經》表示，周正毅一案由專案組負責，並不清楚上述情況是否屬實。
原農凱集團董事長、前上海首富周正毅涉及五項罪名，包括「上海農凱及其原法人代表周正毅的單位行賄、對企業人員行賄，以及虛開增值稅專用發票三項罪名；及周正毅個人行賄、挪用資金兩項罪名。」
在11月30日上海市二中院的宣判中，周正毅被判有期徒刑16年，其單位農凱集團被處罰金人民幣335萬元。
周正毅的辯護律師、北京政法大學教授許蘭亭律師等提出的一審辯護詞，從事實認定、證據採納、法律適用和部分程序合法性等角度闡述，認為周正毅的行為不構成虛開增值稅專用發票罪和挪用資金罪，這也是一審時控辯雙方爭論焦點所在，但律師的辯護意見最終未被法院採納。從《上訴狀》來看，這也是周正毅提起上訴的主要事實和理由。
此外，香港廉政公署對周正毅的通緝目前仍然有效，周被指控犯有「串謀詐騙」和「公司董事作出虛假陳述」兩項罪名。但是，中國內地與香港之間目前並無引渡協議，儘管周已在上海受審，但香港方面仍然無法追究周正毅的法律責任，這也將成為周案遺留下來的另一司法懸念。
