值得注意的是，雖然周正毅入獄16年已成定局，但有關判決始終未交代他與上海社保基金案、「東八塊」土地開發案之間的關係。
《星島日報》報導，上海市高院對周正毅案二審處理非常低調，21日晨開庭前只在法院外的電子報告牌上公示，而未把有關訊息在高院網站公布。周正毅案一審時聚集在法院外的大批上海拆遷居民，當日均未現身。
整個二審過程約一小時，上海高院指出，原判認定周正毅所犯數罪「事實清楚，證據確實、充分，適用法律正確，量刑適當，審判程序合法」，維持對周正毅監禁16年的判決。但周正毅的大姐夫邵金寶代表家屬對這一判決結果表示「很震驚」。他稱在上訴前曾請教了近二十位國內司法權威，認為挪用資金罪、虛開增值稅發票兩項罪名不能成立。
周正毅的姐夫當日表示，「我們肯定要申訴到底，不把周正毅的冤案，弄個水落石出，絕不會罷休」。他又說，周正毅正在獄中絕食抗議，「他沒有吃過一頓飯，都是靠吊營養液來維持」。當日開庭時周正毅「瘦了很多、憔悴很多」。目前家屬暫未考慮為他申請保外就醫。周正毅的代表律師表示，將根據周正毅親屬的要求，起草一份法律申訴書。
據悉，這是周正毅第二次入獄。周正毅雖然已被兩次起訴判刑入獄，但兩次均沒有涉及任何上海主要官員，和外傳周正毅涉及不法的情況相差很大。
官方新華社當日上海發稿，指出仔細剖析周正毅案，可以清晰地看到一個「問題富豪」的「資本魔方」。
報導指，1997年12月，周正毅註冊成立上海農凱發展（集團）有限公司，擔任法定代表人、董事長。從1998年到2003年，農凱集團先後設立、收購了十多家關聯企業。為了獲取銀行貼現資金，周正毅大搞虛構交易。從1999年1月到2003年5月，周正毅安排農凱集團旗下各關聯企業虛構購銷合同，進行電解銅的循環交易，再用交易之名到銀行貼現。
審計報告顯示，農凱集團及其關聯企業實際購銷電解銅14.86萬噸，最後形成帳面購銷的電解銅則達到199.7萬餘噸。其間，農凱集團旗下企業共計虛開增值稅發票4.02萬份，形成245個循環。農凱集團用這種手段向銀行貼現84.22億餘元，扣除利息後實得82.3億餘元。
此外，周正毅、唐海根、翟世強等人挪用英雄股份的資金2.065億元，直到案發前都未退還。在案件審理期間，周正毅才退出全部挪用資金。
1997年前後，黃錫熊是上海商品交易所總會計師、上海期貨交易所結算部負責人。為了籌措資金進行股票交易，周正毅多次向黃錫熊行賄。2001年，周正毅以「周振毅」的名字購房，一次付款100餘萬元，「借」給黃錫熊使用。還送給黃錫熊一對「雷達」牌石英電子表、價值2萬元港幣。黃錫熊對周正毅也是投桃報李。光是2001年5月到8月，上海商品交易所、上海期貨交易所的1.7億元資金轉到農凱集團控制的帳戶上，由周正毅用來炒股。
2001年春節前夕，福建興業銀行上海分行行長助理王滬軍應邀來到周正毅辦公室，周正毅拿出一個紙袋交給王滬軍，其中有40萬元人民幣現金。當年3月到12月，農凱集團關聯企業上海海鳥電子股份有限公司就違規獲得銀行貸款9億元，其中4.6億元被用來炒股。
