國務機構改革方案引起兩會代表委員們的熱議，該方案的制定部門國務院發改委受到委員們的抨擊，成為眾矢之的。全國政協委員、國家審計署審計長李金華說，最需要改革的機構就是發改委。甚至有委員直言：撤了發改委，經濟就發展了。
「部委下屬單位亂收費」
李金華說，「把改革放在發改委，是不合適。本來發改委就是機構改革的龍頭，最需要改革的就是它，它去牽頭搞機構改革，這個怎麼可能呢？」
李金華說，建立中國特色與經濟相適應的行政體制，不是十年二十年能夠完成的，也不是一代、兩代人能完成的。中國這些年的經濟發展情況中央恐怕要考慮兩個問題，一個要組成一些人深入研究我們的體制改革到底怎麼走，不光是政府要改，要考慮到各個方面，黨的機構改革，政府的機構改革，事業單位的改革，社會仲介組織、社會團體的改革等。
「現在政府部門下屬事業單位多得很。有的部委下屬單位，兒子、孫子、重孫子，甚至重重孫子。一個部門有100多個，整個國家機關有2000多個，陣營非常強大。三五個人，掛個牌子，就收費。」對部委下屬單位仲介組織亂收費，李金華提出了批評。
他認為，所有這些問題，都需要綜合考慮。他建議應該專門有一批人來研究，而且應該以專家、學者為主體。「政府機關研究自己政府機關職能比較困難。比如說社科院，有些大學，要集中這樣一批專家，他們借鑑國際上和中國歷史上的經驗，設立三個五個、十個八個待選方案都行。這樣經過幾年研究，對中國改革有個整體設想。當然沒有十全十美的方案，只能作比較，這樣才逐步實施。規劃很重要，沒一個總體規劃恐怕不行。」
「分配問題幾十年才能解決」
李金華還特別提到收入分配的問題。他指出，現在沒看到一個機構部門在研究這個問題。「不能光說，要有些人、機構來研究。我的看法，講得不一定妥當，把改革放在發改委，是不合適，本來發改委就是機構改革的龍頭，需要改革的就是它，它去牽頭搞機構改革，這個怎麼可能呢？所以要有一個操作的機構和人員來研究這個問題。」「分配問題，如果能在我們中華人民共和國成立100周年的時候解決，就不錯了。怎麼樣把公共財政體制真正建立起來，要從整體規劃上來考慮，總得設計一個好的方案。而且政府要稍微後退一點，最後由中央、人大來決定，研究時要吸收各方面學者專家的力量。」李金華最後強調。
發改委統死經濟
全國政協委員、全國工商聯常委孫珩超指出，國務院機構改革，有沒有效果，改得對不對，主要看適不適應當前經濟發展，光搞成大部門、小部門，或合併幾個部門，完全是一種形式。他舉例，「過去的勞動部、人事部改成了勞動和社會保障部、人事部，現在又合了，叫人力資源和社會保障部，這是個形式問題。」
孫珩超認為，改革不在於把部門合成大部就好，現在的部不是多了，而是少了，權力越集中，不但管不好，還管出毛病。他特別舉例指出，「就比如發改委，連工作人員有1000多人，把全中國的經濟發展全給統死了，一個部門的職責究竟有多大？」
孫珩超指出，現在的發改委等於是一個「小國務院」，在發改委某個部門下面一個司下面的一個處的處長面前，全國各地跑項目的專家連一句話都不敢辯，「他以為自己對了，其實是專家不敢反駁，一反駁項目就沒有了，把這些人慣壞了，以為自己真的是專家。」
孫珩超最後直言，「說難聽點，把發改委撤了，經濟就發展了！」他表示，經貿委被撤掉後，一部分協調工作轉到了發改委，一部分轉到了商務部，「經貿委管經濟運行，跟發改委合在一起怎麼行？發改委搞宏觀的，管理的，把一部分經濟運行權抓到了手上，宏觀搞管理的，結果搞到微觀上去了。」
全國政協委員、中科院院士李燦也指出，發改委管得越來越細，「現在有些領導下去，前呼後擁的，省市領導都要圍著，為何要圍著他？這裡面有問題。」他呼籲，改革要反思一下，為何這個部門的官員攬這麼多事？全國政協委員田中群也指出，現在有些部門的職責，該細的不細，該粗的不粗，「比如發改委。」
