據台灣媒體報導，准閣揆劉兆玄公布第二波內閣名單，總共十八位閣員好幾匹大黑馬出現，其中最大黑馬則是陸委會主委由台獨色彩濃厚的前台聯立委賴幸媛接掌，引起深藍支持者的激烈反彈。藍營立委丘毅說:"這無疑是在回教徒面前吃豬肉"，大罵出主意的人腦袋不清楚，而在大陸經營的台商更是感覺錯愕。
出掌陸委會的賴幸媛是李前總統幕僚出身，因此外界揣測馬英九的兩岸關係將延續李登輝路線。
才剛結束大陸訪問行程，聽到海基會的上級陸委會主委將由台聯立委出任，江丙昆表示看好，他說:"個人的想法每個人都有，但如何完成整個行政院或者是馬先生的兩岸政策才是關鍵。"此話表示賴幸媛將在某種程度上作出妥協，陸委、海基兩會可能一個扮黑臉一個扮白臉分工合作。
不過這樣的安排讓在大陸經營的台商很錯愕，怕兩岸之間的波瀾影響自己的經營，但同時也不認為賴婞媛上台兩岸政策會有大變動。
可能看到爭議過大，馬英九本人今天親自為賴幸媛背書，說台獨色彩濃厚的賴幸媛現在支持"一中各表"，而賴幸媛自己則表示"要用實踐來證明一切"。
有分析認為馬英九讓賴幸媛出掌陸委會主委一職，是有意為藍營一面倒的"中國熱"踩煞車，才親自向李登輝借愛將。而面對現在對大陸"多頭馬車"的談判管道，到底誰說了算?馬英九也親定規則說:"代表政府的只有陸委會和海基會，這點是非常清楚的。海基會也要在它授權範圍內(陸委會)才能代表政府。"
至於有人批評賴幸媛的獨派色彩，馬英九親自為她背書:"她過去是台聯的黨員，但她並不支持法理台獨，他也可以接受『一中各表』，而且這各表就是『中華民國』。
