2001年8月27日15時05分，黃萬里在清華大學校醫院一間簡樸的病房悄然離去──戴晴在悼念文章中說：離開了這個他又愛又痛的世界。
從字裡行間，讀者可以感受到戴晴的心在顫抖：
他愛它，是因為在他90年的生命里，他獲得了常人難於企及的知識與智慧，享受過真正的愛與被愛；他痛，是因為他滿腔的熱忱遭冷遇，一身本事被閒置──而他苦難的祖國，他的正遭受專權、腐敗與無知荼毒的祖國，多麼需要他的奉獻。
他不要名譽、不要地位、甚至不計較20多年的右派冤案，只要當政者給他一個機會，讓他在自己的業務領域把意見發表出來──從五、六十年代，他在流放改造的工地上等著；八十年代以後，在自己家中逼仄的書房裡等著。他一次次投書報刊，沒人登載；那就給管事的寫信，從學校到政協到人大到國務院到監察部，直到總書記本人──沒人理他……或者說，只有一個當權的人物幾天內就回信，致謝並向他諮詢──可惜不是他的同胞，而是當時的美國總統柯林頓。
他到底要說什麼？
他以自己數十年的研究觀察，只想提醒當政者別再犯愚蠢的錯誤：國家浪擲幾百幾千億、百萬生靈塗炭、大好山河糟蹋。
在三門峽問題上，正當壯年的黃萬里的話沒有人聽；在三峽問題上，已經老年的黃萬里的話仍然沒有人聽。黃萬里是三峽工程的堅定反對派，他直言不諱地說三峽大壩是禍國殃民的工程，預警了蓄水後卵石淤塞重慶、四川水患、浩大的工程開銷和必將釀成禍患的移民安置。
卵石堆在水庫中比沙更麻煩
黃萬里與長江結緣，比他與黃河結緣還要早。早在上個世紀三十年代後期，他在四川工作期間，長江上游和在四川境內所有主要支流，他都親自沿河實地踏勘過。那一次，四川省水利局派他帶幾個人參加全國水利勘測，到金沙江考察。去的時候是乘飛機到昆明，回來時從昆明出發，沿金沙江支流普渡河，走到普渡河與金沙江交匯處，再沿金沙江河道，順流而下，一直步行回到重慶，歷時三個月。沿途除了對河道水情的勘測外，對雲南的貧困和少數民族問題都有所觀察。
晚年的黃萬里仍然不改初衷，從對千秋萬代負責的高度看治理江河。
黃萬里後來寫道：一路山巒起伏，步履艱難，其山勢每直逼江邊，道路崎嶇，莫此為甚。昔丁文江君，考察地質行過巧家縣老君洞村，稱為世界最難走之路。此處江寬測得159公尺，兩岸皆峭壁聳立，測得深谷竟達1300公尺，較世界聞名之美國巍谷（Grand Canyon，現通譯為大峽谷）為尤深，實世間最深之谷也。……自普渡河口到敘府長約550公里，高度以降落為550公尺，平均坡度為千分之一，…… 奈何河中險灘過多，縱使毀去，翌年大水時，支流將砂石沖入正河，復成一灘，必將淘不勝淘。
在當時的條件下，對長江水系江河進行開拓性勘測，其危險性可以說僅次於戰場。黃萬里對《長河孤旅──黃萬里九十年人生滄桑》一書作者趙誠講過，在那些水流湍急、人跡罕至的峭壁河道上測量，固然有危險；而那些看似平靜的河面，也暗藏殺機──曾有三人在風浪不大的川江上工作喪命，其中還有一個康乃爾畢業的李鳳灝碩士。這樣的悲劇使他對於河床演變獲得了意外的認識。
黃萬里記述道：
……查勘組黃萬里、張先仕等方走過江油舊城址幾十公里，忽見上游來人急報：詹國華分隊在平武舊城下五公里處測量涪江橫斷面時因船破兩人淹死。等到黃、張趕到出事地點，天已近暮。眼見水如此之淺，流雖急，但怎可能淹死人？黃等親自伸一腳輕輕入水，乃知河底卵石是移動的，而且不是僅僅一層，是多層移動著的。乃知兩人因無法站住而被拖倒在大河裡，大石頭撞破頭而淹斃。
早年的這些勘察，為他形成關於水文地貌學的體系奠定了基礎，也對他晚年關於長江幹流是否可修高壩的學術觀點形成有重要的影響。這就是：四川盆地一帶河床質乃是礫卵石，在坡陡流急的河段，在沒有懸沙底沙的情況下，河床卵石仍能運移。不像黃河下游堆積性河段里，懸沙、底沙、床沙可以按同一機理一起運動。
基於這一實地考察的結論，黃萬里在得知三峽大壩要修建時，認為這將造成比黃河三門峽更大的災難──黃河河床是沙，沙淤積在庫中還可以設法沖走；長江三峽以上的河床則是卵石，卵石堆積在水庫中，就不可能沖走。
黃肖路告訴多維記者：我爸關於長江的最早的文章，應該是1986年登在《華東水利學院學報》上。那時關於三峽工程，還沒有拍板定案，還可以冒出些不同聲音。
寄出無數封信沒有回音
1985年3月黃萬里致書當時的國務院總理趙紫陽。
這一年，他上書鄧小平，再次談及三峽一事。
1992年三峽議案在全國人大通過，中共十四大剛結束，黃萬里以一系列統計數據和計算為基礎，完成《長江三峽高壩永不可修原由簡釋》等論稿。他認為：三峽工程必將貽害子孫。從自然地理觀點，長江大壩攔截水沙流，阻礙江口蘇北每年十萬畝的造陸運動；淤塞重慶以上河槽，阻斷航道，壅塞將漫延到滬州、合川以上，勢必毀壞四川垻田。目前測量底水輸移率尚缺乏可靠的手段，河工模型動床試驗在長期內長段落中尚欠合理基礎，只可定性，不能定量，不足以推算長江長期堆積量。故此而論，長江三峽大壩永不可修。如果是為了發電，可在雲貴湘鄂贛各省非航道上建大中型電站，它們的單價低、工期短，經濟效益比三峽大壩發電要大四倍以上。就流域經濟規劃而言，也應先修四川盆地邊緣山區之垻，如烏江電站等為宜。從國防的角度看，大壩建起來後無法確保不被敵襲，也很不安全。
他先後三次致書江澤民，指出：長江三峽高壩是根本不可修建的，不是什麼早修晚修的問題、國家財政的問題；不單是生態的問題、防洪效果的問題、或經濟開發程序的問題、國防的問題；而主要是自然地理環境中河床演變的問題，和經濟價值的問題中所存在的客觀條件，根本不許可一個尊重科學民主的政府舉辦這一禍國殃民的工程。它若修建，終將被迫炸掉。
他還指出，公布的論證報告錯誤百出，必須懸崖勒馬、重新審查，建議立即停止一切籌備工作，分專題公開討論。
在信中，黃萬里還附上三篇文章，闡述了三峽高壩永不可修的緣，和長江中、下游汛期防洪的治理策略建議，以及對黃河治理、南水北調工程的建議。
但是三峽是李鵬堅持要上的，長官意志在三門峽水庫上造成惡果的教訓，並沒有被決策者深刻反思總結。而長官意志為什麼主上呢？作家鄭義在《遙祭中華之子黃萬里》文中分析說：這是因為形成了一個龐大的權勢逼人的水利工程利益集團。了以上大工程而攫取權勢、中飽私囊，這個利益集團反大禹疏導之道而行，大建其垻。半世紀以來，他們建了8萬5千多座各類水庫，竟占了全世界水庫總數的二分之一。僅在長江流域，他們竟然建了4萬多座水庫。他們還不打算住手，還準備在漢水上再建16座，在長江正源雅礱江上再建20座。不把中國的大小江河碎屍萬段，他們是不會善罷甘休的！
鄭義的說法並不是無端揣測：原中國國家電力公司總經理高嚴涉嫌貪污鉅款而失蹤，不就透露出了冰山一角？
黃萬里的意見與決策者意見相左，擋了他們的權路、財路，有關的研究課題也就與他無關，他得不到任何有關數據，只能是當局公布希麼，他才了解什麼。在與對方的論戰中，他的論據都是靠當年在川江工作時的觀測數據進行推算。
1988年長江大洪水後，身患絕症的黃萬里申請講課。他特地穿上白西服以示鄭重。這是他的教學生涯中最後一次講課。
著名報導文學作家盧躍剛寫過三峽，他在請教一些專家時，他們都說黃萬里在這方面是首屈一指的，但在80年代並沒有進入三峽的論證小組。這位在二十世紀三十年代就把自己的生命託付給長江的水利專家，如今只能在邊緣、在局外焦灼地關切長江的命運。
李銳在寫給領導人的信中披露，黃萬里同他談到這樣一個細節：錢正英春節曾來我家拜年（她的夫君是黃的親戚），可是就是不讓我參加三峽論證。
黃萬里回憶：在三峽大壩開工前，寫了三封信。大壩開工後，又寫了三封信──給上面一共寫了六封信，附了六篇文章，卻沒有收到一次回信。但是給美國總統寫信，我十天內便收到柯林頓的回信。
一般人提了意見，上面不理睬也就作罷，但黃萬里卻鍥而不捨。他不僅接著寫，還向監察部去申訴，對決策者拒不答覆人民來信，他要討個說法──雖然他得到的，還是不答覆！他還一度訴諸法律。為了他摯愛的人民，他將自己完全置之度外，至死還惦記長江之事，正如他在困境中寫下的詩句：有策犯鱗何足忌，垂危獻璞平生志。他多次跟學生談過：我提這個問題，是對國家負責，對民族負責，對千秋萬代負責。
李銳在信中回憶黃萬里甚至激憤地對他說：如果三峽修成後出了問題，在白帝城山頭上建個廟，如岳王廟前跪三個人，中間一女（錢正英），兩邊各一男（張光鬥、李鵬）！
無人出版他的著作
黃萬里畢生的學術著作一直束之高閣。20世紀90年代，他自費印了論文集《水經論叢》和詩文集《治水吟草》，那是一本沒有書號、沒有出版社、沒有定價、沒有發行單位的四無出版物，在親友中散發。清華大學有一個龐大的出版社，但黃萬里沒有資格在那裡出書。2001年黃萬里90歲壽辰前，經領導開恩默許，清華水利系的老師們從各自課題費中湊了錢，為黃萬里印了一本非正式出版物《黃萬里文集》，這是一本16開本、360多頁的大書，只印了不足500 本，一下就被人要光。
2001年8月18日，家人為黃萬里慶賀九十大壽。九天之後，黃萬里去世。（黃肖路提供）
在他時昏時醒的彌留期間，他的兩名畢業於1958年的得意門生沈英、賴敏兒夫婦前去探望。他自知沉屙不起，與他們再次談起治江之事，說著說著，竟流出眼淚，哭了起來。即使在逆境中，學生們也沒見老師這樣傷心地哭過！沈英夫婦怕他激動，起身告辭，黃萬里堅持把他們送到了門口，覺得話沒說完，遂索紙筆寫道：
萬里老朽手所書
敏兒、沈英，夫愛妻姝：
治江原是國家大事，蓄，攔，疏及挖四策中，各段仍應以堤防攔為主，為主。
漢口段力求堤固，堤臨水面宜打鋼板樁，背水面宜以石砌，以策萬全。盼注意，注意。
萬里遺囑
2001-8-8
這也是他留給世界的最後的話。
一貫主張疏導的黃萬里，為何提出各段仍應以堤防攔為主，對如何攔得嚴密還想得那麼細？記者讀到此，百思不解。後來讀到鄭義的文章，才恍然大悟：三峽鉅禍已經鑄成，莫可奈何。所念念在心者，已是補救之策。臨終之際，他仍然不忍以災難證明自己的正確，而欲以鋼板鋼樁來攔堵三峽大壩必將經常泄出的滔天洪水，永固江防。
與黃萬里相對照的，是三峽工程上最為黨所倚重的專家，中科院與工程院雙院士張光鬥。他生病時三峽工程副總管郭樹言去探視，過後將他的談話以張光鬥同志關於三峽工程談話紀錄文件形式報全國人大委員長、國務院總理、副總理。張光鬥也談到防洪，他說的是：或許你知道三峽大壩的防洪能力比我們對外宣稱的要低，清華大學曾做過一份調查研究……但是，我們只能以降低蓄洪量到一百三十五公尺來解決這個問題，即使這會影響長江江面的正常航行。但記住，我們永遠、絕不能讓大眾知道這點。
黃萬里對黃河三門峽的預言，不幸應驗了。
黃萬里對長江三峽的預言，會再次不幸而應驗嗎？尚待時間來證明。這時間將有多久？
周岷江回憶道：那時我在重慶，剛參加工作。當時，我聽到了很多說法，特別是三峽大壩是李鵬極力主張的，因為他曾經主政過水電部，有很多部下強烈主張修大壩，這是不言之明的利益集團在作祟。由此我特別關心當時有關三峽大壩的論證問題。我發現，有九成的意見是贊成修三峽大壩，但是他的說法要不是統一的官方口徑（要點是發電和防洪），要不浮躁的溢美之詞（要點是毛主席的詞裡面已經說過修三峽大壩）；有一層的意見是反對修三峽大壩的，這群人以民間學者居多，提出的證據我看了後感覺是很理性的，大致有：生態問題、軍事問題、地質構造問題、財力問題、腐敗問題、移民問題等等。以我一介草民（對三峽大壩是沒有發言權的！）對當時對壘雙方論證的簡單分析都可以得出──三峽大壩永不可修！！！
2005年11月江西九江發生地震，馬上就有專家稱三峽工程並非江西九江地震誘因。可見，三峽大壩對有些人來說，很牽動神經地！
