在邱會作「狠鬥、狠審、狠專」方針之下，對被關押者進行了各種慘無人道的折磨，僅摧殘人身的刑法就達50多種。其中有：車輪戰(日夜連續審訊)、坐高低凳、「打反骨」(用棍棒打後頸骨)、打嘴巴、「吃元宵」(集體拳打)、菸斗燒踝骨、逼自己打自己、頭頂大碗、菸頭燙嘴、限制喝水、逼喝髒水、甚至喝小便、踢壞被關押者生殖器、對被關押者進行電擊等等。其慘絕人性之程度，令人觸目驚心。本文摘自《中南海人物春秋》一書，作者顧保孜，中共黨史出版社出版。
晚年李作鵬與邱會作
邱會作在「文化大革命」初期也曾受過衝擊，嘗過造反派無法無天的苦頭。但是，他在林彪支持下站穩腳跟後，卻以加倍的無法無天對反對過他的人進行瘋狂的報復。
1968年2月27日，邱會作親筆規定了總後辦案的「三狠」方針：「……光說理是不夠的，必須向敵人專政。對那些拒不交代的人就沒辦法嗎?應當是有辦法的。……應當狠鬥(堅決打擊他的反革命態度)，狠審(可以連續多少天進行審訊)，狠專(敵人拒不交代就整他)。」
1968年3月18日，邱會作又在總後專案會上指示：「……心要狠，對敵人要殘酷，鬥爭手段是專政的手段;對敵人要連續審訊，幾天幾夜地干;必要時手銬腳鐐都戴上……我看四斗、五斗、六斗都可以，要死的，不鬥他也死;不死的，鬥他也不死，十六條並沒規定要賠命嘛!」
從1967年到1971年，邱會作在總後私設監獄，刑訊逼供，直接迫害幹部群眾462人。其中，湯平、周長庚、張樹森等8人被迫害至死。
在邱會作「狠鬥、狠審、狠專」方針之下，對被關押者進行了各種慘無人道的折磨，僅摧殘人身的刑法就達50多種。其中有：車輪戰(日夜連續審訊)、坐高低凳、「打反骨」(用棍棒打後頸骨)、打嘴巴、「吃元宵」(集體拳打)、菸斗燒踝骨、逼自己打自己、頭頂大碗、菸頭燙嘴、限制喝水、逼喝髒水、甚至喝小便、踢壞被關押者生殖器、對被關押者進行電擊等等。其慘絕人性之程度，令人觸目驚心。
原總後軍械部副部長梁冰，因反對邱會作遭到關押。在關押期間，對他用刑竟達23種。在車輪戰中，連續審訊最長的一次達17個晝夜，甚至還被逼著吃帶糞便的饅頭，在種種殘酷折磨下，致使梁冰身體致殘，半身不遂。看到這些令人慘不忍睹的事實，人們簡直難以置信，這樣的事竟發生在20世紀60年代的中國。
據統計，邱會作在總後指揮製造了17個「反革命集團」假案，直接迫害誣陷二級部長以下幹部群眾457人。
邱會作在林彪支持下東山再起後，在總後拉幫結派，與追隨他的張池明、陳龐、王希克、戴金川幾個人結成一夥，以幫代黨，以派劃線，任用私朋，排斥異己，迫害無辜，把李聚奎、饒正錫、傅連璋等一批總後的老幹部統統打倒。邱會作還直接指揮對總後衛生部副部長傅連璋的迫害。傅連璋在土地革命戰爭時期參加革命，1934年跟隨中央紅軍參加了二萬五千里長征。此後，一直在革命隊伍中從事醫療工作。解放後，曾擔任衛生部副部長、中華醫學會會長、解放軍總後勤衛生部副部長等職務，一直負責中央高級幹部的醫療保健工作。
1950年朝鮮戰爭爆發後，林彪即佯裝有病，託辭不去朝鮮指揮作戰。1953年，傅連璋奉毛澤東指示，組織專家給林彪會診，會診前，林彪讓葉群出面，暗示傅連璋給林彪開具疾病證明。傅連璋為人正直，沒有應允，並勸林彪停止吸毒。檢查結果表明，沒有發現嚴重器質性病變。傅連璋將會診結果和林彪吸毒的事如實向毛澤東作了匯報。林彪從此對傅連璋懷恨在心，一直伺機報復。
「文化大革命」給林彪提供了乘亂排斥異己的好時機。邱會作秉承林彪意旨，充當了迫害傅連璋的打手。1966年8月下旬，邱會作在總後勤部黨委常委會上聲稱：「傅連璋是條毒蛇，這個人的黨籍是長征時撿來的，衛生部不燒傅連璋就是沒有黨性」。
傅連璋對遭受的這種迫害實在難以忍受。他給毛澤東寫信，報告了自己的境況，並請求主席救助。1966年9月3日，毛澤東主席批示：「此人非當權派，又無大罪，似應予保護。」
但邱會作一伙人既不讓傅連璋本人知道毛澤東的批示，又對一般幹部群眾保密，並繼續組織對傅連璋的批鬥。批鬥中，傅連璋肋骨被打斷，頭也被打破。
1967年11月，邱會作又在總後秘密成立「傅連璋專案組」。在邱會作授意下，專案組起草了《關於批判傅連璋三反言行的請示報告》及「罪行材料」。而後以此為基礎，以總後黨委名義寫成一個《徹底批判傅連璋三反言行的報告》送交軍委。12月18日，邱會作以軍委辦事組成員的身份，在這個報告上批示，軍委辦事組同意批鬥傅連璋，望即組織這一工作。「以我看主要批他三點，(1)三反言行，(2)黑線關係，(3)鬥志衰退。」
此後，對傅連璋的迫害進一步升級。在康生、江青的插手下，傅連璋又被打成「特務」。1968年3月14日，在邱會作親自坐陣指揮下，對傅連璋再次進行抄家，並將他逮捕，投入監獄。
傅連璋此時已74歲高齡，並患有嚴重的胃病。在獄中，他要求吃一點稀飯，竟不被允許。在飢餓、打罵和連續審訊的折磨下，傅連璋精神失常了。在他入獄的第15天，這位為黨和軍隊的醫療事業奉獻了一生的老人，躺在冰冷的水泥地上，悲慘地停止了呼吸。
在對軍隊老一輩領導人進行誣陷迫害上，邱會作也不甘落後。
「文化大革命」前夕，邱會作就參與了對羅瑞卿大將的陷害。「文化大革命」開始，邱會作仍不肯放過羅瑞卿。在羅瑞卿腿傷住院期間，仍向上寫報告要求斗羅。1967年1月，在北京工人體育館召開萬人大會，批鬥彭真、羅瑞卿、陸定一、楊尚昆和其他一些高級幹部。羅瑞卿當時左腿骨折，傷口未愈，纏著紗布，脖子被掛上一米見方的大牌子，用大籮筐抬到會場進行批鬥。
葉劍英元帥是軍委副主席，也是邱會作的老上級。長征時期，邱會作就在葉劍英身邊工作。50年代初，葉劍英任華南軍區司令員時，邱會作任軍區政治部主任。「文化大革命」之初，邱會作受衝擊時，葉劍英曾保護過他。他在西山躲避時，葉劍英有時一天去看望他兩三次。
但是，邱會作為了進一步投靠林彪，竟置信義、良心於不顧，把攻擊矛頭指向葉劍英。1968年3月，黃永勝布置整理葉劍英的材料，並成立了專門的材料組，邱會作則負責召集材料組開會，直接批准材料組整理葉劍英的黑材料。可邱會作仍嫌不足，又在總後指使其親信陳龐、王希克等人組織班子，整理葉劍英的所謂罪行，妄圖藉機陷害葉劍英。
1967年10月，邱會作指使他在總後的親信編寫關於賀龍的揭發材料，並把材料批給賀龍專案組，用於對賀龍的誣陷迫害。
在中共八屆十二中全會上，邱會作又當面攻擊徐向前元帥。
對於功勳卓著、又長期臥病的徐海東大將，邱會作也不放過，竟利用手中職權，在醫療上對徐海東進行迫害，致使徐海東病情惡化，於1970年3月病逝。
解放軍總政治部是軍隊思想政治工作的最高領導機關。總政領導對於林彪在軍隊中推行的一套「左」的做法，一直有所抵制，因而被林彪認為是對他不順從的地方。1967年7月25日，林彪下令：「你們要戰鬥，要突擊，要徹底砸爛總政的。
