台灣官方飛航安全調查委員會在復興航空基隆河空難之後第三天，公布了黑盒子的紀錄內容。起飛後不久，飛機右翼的二號發動機就發出機械故障的警告，但令人不解的是，駕駛員知道之後，卻以手動的方式關掉了位於左翼的一號發動機，接下來，系統就在三分鐘內五度發出失速警告，終於在兩個引擎都失效的情況下墜機。
飛安會執行長王興中說，這架ATR-72的發動機確實發生故障，但並不是先前認為有更換紀錄的一號發動機機，也就是左翼的發動機，而是右翼的二號發動機先出問題，電腦系統立刻自動轉為順槳狀態，而一號機則是被機師以手動關閉。由於正副機師都可以操控系統，當時是由誰操控，將是未來調查的重點之一。
紀錄顯示，班機起飛後約37秒就發出主警告聲，當時高度為1200英尺，主警告是針對二號發動機出狀況，這時候一號發動機還維持正常運作，並一路最高爬升到1600英尺。警告聲發出之後約十二秒，二號機熄火，不可思議的是，十六秒之後一號機也被關閉，因此飛機墜機前，有一分十二秒兩具發動機都沒有動力。
台灣飛安會公布的資料是摘錄座艙語音紀錄器和飛航資料紀錄器的內容，只能呈現客觀事實，無法說明失事原因;至於二號發動機為什麼會自動轉為順槳，以及原本正常運作的一號機，機組員為何會收油、斷油到最後關閉，將是進一步追查的重點。
