中共中央文獻研究室原主任逄先知明確表示，對饒漱石的這兩條注釋可以稱為這部書注釋工作的一個「突破」。把對饒漱石定罪的根據否定了，所謂「內奸活動」等也就不能成立了。「這在一定意義上，可以說起到了平反的作用」。
1945年饒漱石（前排左二）與美軍協調代表、國民政府及國軍將領在瀋陽機場
從保留黨籍到開除黨籍
1954年2月，中共七屆四中全會後召開的饒漱石問題座談會，將饒漱石的問題定性為「資產階級極端個人主義的野心家」。但最後的處理，還有待中央決定。
為召開黨的全國代表會議，1955年3月4日，中央書記處會議通過了鄧小平關於黨代表會議的各項意見。其中饒漱石是否出席大會，要請毛澤東決定。3月13日，中央政治局擴大會議討論和通過了經多次修改的《關於高崗、饒漱石反黨聯盟的報告》，報告中提到「保留饒漱石黨籍」的問題，有人不同意，劉少奇就此作了解釋，認為這樣處理比較有利。3月19日，中共七屆五中全會第一次會議，在討論《關於高崗、饒漱石反黨聯盟的報告》時，毛澤東說：這個文件也搞了一年，幾經反覆才寫成現在這個樣子，即是指出他們的聯盟是一個陰謀集團，不是什麼堂堂正正地拿出自己的主張來爭取領導，而是燒陰火、煽陰風，見不得太陽，這樣來說它是比較恰當些，也是合乎實際的。最終，會議同意不開除饒漱石的黨籍，只撤銷中央委員。（《毛澤東年譜》1949～1976第二卷，中央文獻出版社2013年12月版）
3月初，饒漱石在家聽候處理。有一天，他家裡的「紅機子」電話響了（饒停職反省期間，他家的「紅機子」未拆除），這本是中央機關三十九局（電話局）試打各戶「紅機子」，饒不知情，產生錯覺，以為他的問題可能會很快解決，將恢復或分配工作，因而情緒激動，向其妻和陳麒章（饒的秘書，負責對饒管教）發牢騷說，中央還是相信他的，他沒有反黨……陳麒章當時負有「每周寫個『饒漱石情況簡報』送交中央辦公廳」的任務，於是陳隨即將饒的這一情況詳細向中央報告。在當時的政治氣候下，饒妻也寫了內容相似的報告交給楊尚昆。全國黨代表會議期間，二人的書面匯報被作為會議資料散發給與會代表。剛聽過毛澤東講「階級鬥爭形勢嚴峻」的代表們立即把饒漱石「鬧翻案」同「以特反特」的問題聯繫起來，認定饒的活動已超過內部矛盾範圍，屬於敵我矛盾，於是對饒的處理陡然「升級」。
全國黨代表會議最後通過的《關於高崗、饒漱石反黨聯盟的決議》，決定開除饒漱石的黨籍。
「饒潘揚反革命集團」
上海市警局長揚帆，1954年9月以「重用、包庇和掩護一批反革命分子」的罪名被逮捕，同年12月31日被送往北京隔離審查。潘漢年（中共上海市委第三書記、上海市副市長），是上海市公安、政法系統的實際領導人，揚帆的頂頭上司。1955年4月，他向中央交代1943年秘密會見汪精衛一事（阿波羅網編者註：實為受中共中央委派），隨即以「內奸」罪名於4月3日被捕入獄。饒漱石因直接領導潘漢年、揚帆在反特方面的工作，故而受到牽連，也隨即被捕入獄。
1957年整個偵訊工作結束，公安部把饒、潘、揚三個專案組的偵訊報告合寫成一個給中央的結案報告，斷言：「實際上是一個反革命集團」。但此案長期擱置，沒有移交檢察司法機關。饒漱石在功德林監獄度過了近5年的鐵窗生涯後，1960年3月15日，饒漱石和潘漢年被轉移到了新建成的秦城監獄。1963年1月9日，最高法院正式開庭審理潘漢年案，最高法院以「內奸、反革命罪」終審判決潘漢年有期徒刑15年，剝奪政治權利終身。與潘漢年同案的揚帆，1965年8月以「反革命罪」被判處有期徒刑16年，剝奪政治權利終身。同年的8月30日，最高法院對饒漱石作出終審判決。判決書確認：「被告人饒漱石犯有嚴重的反革命罪行，他在上海工作期間，利用中共上海市委第一書記和華東局第一書記的職務，採取兩面手法，不僅重用了內奸分子揚帆，把中統潛伏特務分子胡均鶴安插在上海市警局內，而且在揚帆等人大量使用特務反革命分子的問題被揭發後，中央、華東公安部一再向他提出要徹底處理時，他仍然不予置理，使這一大批特務反革命分子猖狂地進行反革命破壞活動，達5年之久，嚴重地危害了人民的利益。」根據中華人民共和國懲治反革命條例第13條的規定，判處饒漱石有期徒刑14年，剝奪政治權利10年。隨後裁定假釋，移交公安部門管制、改造。「文化大革命」期間，1967年5月22日，饒漱石、潘漢年、揚帆從他們所在的勞改農場重新被逮捕，後被送進秦城監獄。
1975，饒漱石病逝秦城
1975年3月2日，饒漱石患中毒性肺炎在復興醫院病逝。據秦城監獄工作人員何殿奎回憶：饒漱石在1974年冬就訴說胸部不適，儘管201監區每層樓都有醫生，有「24小時醫護人員值班室」，但醫生顯然對饒漱石的病情並沒有在意，也沒有作全面檢查。直到3月1日晚病情惡化，才由何殿奎陪同送往復興醫院，第二天八點半病逝。逝後遺體由復興醫院「在押犯病房樓」（稱207特區）的工作人員火化。當時正是「四人幫」猖狂之時，饒漱石火化時用的什麼名字、骨灰如何處置，都不得而知。
在1980年代撥亂反正和平反冤假錯案期間，饒漱石的胞妹饒玉蓮於1983年5月26日，由丈夫谷思義代寫了一封給陳雲的信，信中說：「饒漱石是我的大哥，他被捕後我們一直不知他的消息，作為他的妹妹，我希望知道他的情況。如果他活著，我們想去探監；如果他死了，我們想知道他的骨灰葬在何處……」陳雲收信後，將它批轉給公安部。
1983年6月14日，公安部第十三局給饒玉蓮復了一函：
（83）公審發132號。饒玉蓮同志：五月二十六日來信收到，現將饒漱石的病情和骨灰、財物處理情況簡告如下：一九七五年三月一日晚上，監管人員發現饒漱石突然說話不清，兩手發顫，當即將他送到復興醫院檢查，確診患中毒性肺炎，病情嚴重，醫院立即組織搶救，經治療，病情稍有緩和，三月二日晨八時，突又患感染性休克，導致呼吸循環衰竭，經搶救無效，於八點三十分病亡在復興醫院。經請示中央批准，饒漱石的遺體於同年三月十二日送北京西部火葬場火化，骨灰未予保存，對他個人的一些財物上繳國庫。此復（公安部第十三局公章）一九八三年六月十四日。（景玉川著《饒漱石》未刊稿）
未作平反的「平反」
潘漢年、揚帆「反革命」冤案在1982、1983年先後得到徹底平反。
中共中央於1982年8月23日發出的《關於為潘漢年同志平反昭雪、恢復名譽的通知》，對潘漢年的一生作了高度評價。通知全面否定了1963年強加給潘漢年的「內奸」等三條罪名，指出：潘漢年被錯定為「內奸」，最主要的原因是在他被逮捕當時的歷史背景下，嚴重地忽視了對敵隱蔽鬥爭的特殊性，混淆了是非界限和敵我界限，以致作出錯誤的決定。中共中央鄭重宣布：「把潘漢年同志定為『內奸』，並將其逮捕、判刑、開除黨籍，都是錯誤的。這是建國以來的一大錯案，應予徹底糾正。」「撤銷黨內對潘漢年同志的原審查結論，並提請最高法院依法撤銷原判，為潘漢年同志平反昭雪，恢復黨籍，追認潘漢年同志的歷史功績，公開為他恢復名譽。」1982年9月7日，最高法院作出《刑事判決書》，宣布潘漢年無罪，撤銷1963年的原判。
1980年4月，揚帆冤案得到初步平反，結論是：「原判認定的事實失實，定性不准，判處不當，撤銷1965年的判決書，宣告揚帆無罪釋放。」直到1983年8月才又作出新的結論，平反決定指出：過去認定揚帆同志是內奸、反革命分子，包庇重用大批特務反革命分子，使用敵特電台給台灣敵人提供情報引起敵機轟炸上海等問題，均不是事實，應予否定。1955年後，對揚帆隔離、逮捕、判刑都是錯誤的。揚帆同志蒙冤二十餘年，應予平反，恢復名譽，消除影響。
在潘漢年、揚帆先後平反以後，饒漱石的「反革命」案無疑也得推翻。但中央一直未有表態。1986年《毛澤東著作選讀》出版，對其中一條饒漱石注釋的寫作經過，《中國新聞周刊》曾披露：
新增的167條注釋中，最費思量的是對其中幾個人物的注釋。其中之一是饒漱石。入選的篇目中提到饒漱石的是《論十大關係》，共兩處，分別涉及他的兩大罪名。
第一處，涉及「高饒反黨聯盟」，正文是這樣說的：「我們建國初期實行的那種大區制度，當時有必要，但是也有缺點，後來的高饒反黨聯盟，就多少利用了這個缺點。」
龔育之告訴曾憲新（中共中央文獻研究室原注釋組組長、中共文獻研究會名譽理事），他去中央開會時，聽到中央討論高、饒的事，認為此二人確實有錯，但很難說他們倆有聯盟。「老龔專門給我們打招呼，說注釋里不要提『聯盟』」，因此，關於「高饒反黨聯盟」的第428條注釋，在介紹高饒二人的原職務後寫道：「1953年，他們陰謀分裂黨，篡奪黨和國家最高權力。1954年2月，中共七屆四中全會對他們進行了揭發和批判。1955年3月，中國共產黨全國代表會議總結了這一重大斗爭，通過決議開除了他們的黨籍。」從頭到尾，都沒有提「高饒反黨聯盟」這六個字。
另一處，則涉及饒漱石更大的罪名——讓他因此被判有期徒刑14年、剝奪政治權利10年的「饒潘揚反革命集團」。
正文中寫道：「機關、學校、部隊裡面清查反革命，要堅持在延安開始的一個不殺，大部不捉……胡風、潘漢年、饒漱石這樣的人不殺，連被俘的戰犯宣統皇帝、康澤這樣的人也不殺。」對此，注釋組派出三人，先後去公安部、中組部查閱卷宗和檔案，核實確認：饒漱石的罪名確是因潘漢年和揚帆而得，而這二人都已於1982和1983年分別獲得平反。既然「饒潘揚反革命集團」已不能成立，曾憲新一度想過，以「高饒事件」來解釋饒的反革命罪。但龔育之否定了這一做法。「老龔說，不要扯高崗的事情，這樣太囉唆，不直接。而且正文裡分明是把潘漢年和饒漱石連起來提的，也說明饒潘揚的事情，跟高崗沒關係。」曾憲新介紹。
最終，第436條注釋如此寫道：「饒漱石（1903～1975年），江西臨川人。1925年加入中國共產黨。抗日戰爭和解放戰爭時期，曾任新四軍政治部主任和華東軍區政治委員。上海解放後，任中共中央華東局第一書記和上海市委第一書記。在這期間，他直接領導潘漢年等在反特方面的工作。由於潘漢年被錯定為『內奸分子』，饒漱石主持反特工作中的一些活動被錯定為內奸活動，他因此而被認為犯有反革命罪並被判刑。」這條注釋最後報胡喬木，經他審定。
對此，中共中央文獻研究室原主任逄先知明確表示，對饒漱石的這兩條注釋可以稱為這部書注釋工作的一個「突破」。把對饒漱石定罪的根據否定了，所謂「內奸活動」等也就不能成立了。「這在一定意義上，可以說起到了平反的作用」。（中華人民共和國國史學會主辦《國史參閱》2013年第5期）
