兩名土耳其飛行員不同尋常地聲明，在埃及航班墜毀前一個小時，看到一個綠色UFO飛過他們的飛機。
據英國《每日郵報》5月23日報導，埃及航空公司一架巴黎飛往開羅MS804航班在5月19日墜落地中海，機上66名乘員全部遇難。
在人們調查飛機失事原因的第二天，即5月20日，土耳其最大新聞機構《自由報》（Hurriyet Daily News）傳出消息，該國兩名飛行員表示，當地時間5月19日晚23:30左右，在他們駕駛客機向伊斯坦堡的阿塔圖爾克機場（Ataturk Airport）飛去的途中，於土耳其首都伊斯坦堡的錫利夫里區域（Silivri）上空，看到一個綠色光團從附近飛過。
這兩名飛行員描述，當時他們的飛行高度為5,185米（17,000英尺），在610~915米（2,000~3,000英尺）高度看到綠色UFO。他們將發現光團的情況告知空中交通管制中心：「610~915米高度有一個綠色不明物體，之後突然消失。我們猜測這是一個UFO。」
約一小時後，人們得到消息，埃及航空公司班機在地中海805公里（500英里）遠的地點墜毀。土耳其的國家機場管理局總局表示，在雷達上沒有顯示與土耳其飛行員描述有關的東西。
報導說，這個UFO目擊案例讓埃及航班的墜機原因更顯得神秘莫測。
目前，無法推測造成飛機失事的確切原因。根據失事前飛行員和地面控制中心的通話記錄，飛機上出現火災，飛行員為了撲滅火災而「緊急下降」。
報導引述法國電視台M6的消息，機長穆罕默德•賽義德•阿里•阿里•蘇凱爾（Mohamed Said Ali Ali Shoukair）與法國的空中管制員通話長達幾分鐘，內容相當於「遇險呼叫」。根據通話記錄，機長蘇凱爾最初稱失去無線電聯繫，之後空中巴士A320墜入海中。但巴黎航空監管部門又改稱，飛行員聯繫了埃及空中交通管制員，說他要緊急降落，機艙充滿煙。
而5月22日晚埃及航空公司否認蘇凱爾曾有呼叫。埃及航空公司的發言人說：「法國電視台的報導不正確。飛行員在失事前沒有和埃及空中交通管制聯繫。」
《每日郵報》報導，飛機速降非常危險，因為速降會造成機艙氣壓急劇變化。但飛行員在失事前最後一刻的呼叫與之前獲得的信息是吻合的。
希臘國防部長帕諾斯•卡門諾斯（Panos Kammenos）說，這架失事的埃及航班確實從11,285米（37,000英尺）的高度驟降到4,575米（15,000英尺），然後「突然轉了個彎」。當時飛機在希臘卡爾帕索斯島的上空，已經進入了埃及領空。地面觀察顯示，該飛機第一次轉彎是朝東方向的90度直角彎，之後是圓弧軌跡。
一份泄露的數據報告也顯示，航班在墜毀前飛行甲板出現著火的時間為數分鐘，提示飛機發生災難性電子故障。該事件雖然不能排除受恐怖襲擊的可能性，但是種種跡象表明不大可能是恐怖行為造成墜機事件。
埃及總統阿卜杜勒法塔赫（Abdel-Fattah）5月22日打破沉默，表示將動用潛艇尋找飛機「黑盒子」。阿卜杜勒法塔赫說：「所有情況都是可能的。」
