儘管林彪在中共九大的政治報告中對葉劍英進行了批判；但在毛澤東力保下，葉劍英不僅沒有被打倒，反而在九屆一中全會上當選為中央政治局委員。這是葉劍英首次進入中央政治局，也是他迄今為止在黨內的最高地位。
1982年9月，葉劍英在中共十二大發表講話（圖源：VCG）
1966年5月23日，根據毛澤東的提議，葉劍英擔任中央書記處書記、中央軍委副主席兼秘書長，並主持中央軍委日常工作。
此前，中央軍委日常工作由軍委副主席賀龍主持。1965年12月上海會議結束後，林彪召開軍委常委會，罷免了羅瑞卿總參謀長職務，且不讓賀龍主持軍委日常工作，林彪正式復出。但他卻不管中央軍委的日常工作，這便需要另一位副主席來承擔這個重任。
為什麼毛澤東選擇了葉劍英呢？
此時在十大元帥中，彭德懷已倒台，賀龍不為林彪看好，羅榮桓已去世，朱德年事已高，劉伯承在養病，陳毅已轉業當國務院副總理，要在林彪之下再設一位軍委常務副主席，元帥中只有葉劍英與徐向前、聶榮臻三人。最終，毛澤東和林彪選擇了葉劍英。對此，有人說：「沒有毛的信任，葉不可能成為軍隊的主要領導。」此話不無道理。
在「文化大革命」啟動之時，葉劍英進入了黨中央書記處，且成為了軍隊中僅次於林彪的最高領導人。於是，他面臨的考驗也隨之而來了。
1967年1月，在「二月逆流」大鬧懷仁堂中，葉劍英也參加了。不過，他雖然也發難了，但不是「首犯」。
因為江青說過：「陳毅、譚震林、徐向前是錯誤路線的代表，葉劍英、李先念、余秋里是附和錯誤路線。」加上毛澤東認為「二月逆流」是老帥們「發點牢騷」，葉劍英「大鬧懷仁堂」後，毛澤東對他的信任沒有改變，還是一如既往。
可是，江青、林彪等人卻沒有罷休。7月底，北京街頭出現「打倒葉劍英」、「斬斷葉劍英的黑手」等標語。葉劍英的地位岌岌可危。而在最危急的時刻，毛澤東總是站出來保護葉劍英，說他為黨為人民立了大功。林彪等人眼看打不倒葉劍英，便利用毛澤東說過軍委秘書長「黃克誠、羅瑞卿都沒有干好，以後，軍委不要設（秘書長）了，國務院留一個」的話，說軍委要有一個機構處理日常事務，毛澤東說了不設秘書長、不搞秘書處，便提議設立軍委辦事組，以削弱葉劍英的兵權。
8月17日，中共中央、中央軍委決定成立由吳法憲（副總參謀長兼空軍司令員）、葉群（林彪辦公室主任）、邱會作（副總參謀長兼總後勤部部長）、張秀川（海軍副政委）組成的軍委辦事組，由吳法憲負總責。9月底，經周恩來提議，中央文革決定，由代總長楊成武兼任組長，吳法憲任副組長，成員又增加李作鵬。辦事組對中央軍委常委會負責，重大問題向常委會請示報告。
就這樣，葉劍英主持中央軍委工作的權力就削弱了。
1968年3月24日，林彪等人製造「楊、余、傅事件」，把楊成武打倒，第二天，毛澤東召集林彪、周恩來、康生等人開會，討論總參謀長人選問題。林彪提議黃永勝出任總參謀長。毛澤東沒有表示反對，於是，黃永勝擔任總參謀長，同時兼任軍委辦事組組長。
黃永勝上台後，便徹底剝奪了葉劍英等人的權力。
3月28日，毛澤東、林彪接見黃永勝、吳法憲、溫玉成，周恩來在座。毛澤東說：軍委就是辦事組。吳、葉、李、邱先後都進了軍委辦事組。改組後的軍委辦事組控制了軍委很大一部分權力。4月1日，吳法憲宣布：軍隊重要文電，今後不再抄送陳毅、徐向前、聶榮臻、葉劍英、劉伯承等軍委常委。4月6日，黃永勝在一次談話中說：「今後打電報找辦事組和林副主席，軍委常委不執行權力，辦事組代替軍委常委。」徹底剝奪了老帥們對辦事組的領導權。黃、吳、李、邱在軍委辦事組專門設立了一個班子，編湊了一個《「二月逆流」反黨集團在軍內活動大事記》，共50條，11月19日印出報送林彪、康生。
葉劍英大權旁落後，年底，毛澤東便安排他和幾位老帥去工廠搞調查研究，葉劍英去了北京新華印刷廠蹲點。過了幾個月，調查結束。1969年4月，中共第九次全國代表大會在北京召開，葉劍英參加了大會。儘管林彪在政治報告中再次批判「二月逆流」；但在毛澤東親自提議下，葉劍英不僅沒有被打倒，反而在九屆一中全會上當選為中央政治局委員。
這是葉劍英第一次進入中央政治局，也是他迄今為止在黨內的最高地位。
