1987年，胡耀邦辭去中共總書記職務後，中央曾發布多份文件，批評胡耀邦。根據美國漢學家傅高義所著《鄧小平時代》引述當年的中央3號文件，列舉了胡耀邦「抵制黨為反對精神污染和資產階級自由化而作出的努力，縱容全盤西化的要求，導致學潮的發生」等6條罪狀。在1989年4月胡耀邦的追悼會上，鄧小平伸出手去，想跟胡耀邦的遺孀李昭握手，但李拒絕了。她說：「都是因為你們這些人。」
鄧小平(中)出席胡耀邦葬禮
胡耀邦下台後，鄧小平曾數次邀請胡去他家打橋牌，都被胡婉言謝絕，只有一次例外：1987年12月30日，即胡耀邦得知自己要被解職那天的整整一年後，他接受了鄧小平的邀請。鄧小平問胡耀邦對自己的問題是不是想通了，胡耀邦沒有回答。在1989年4月胡耀邦的追悼會上，鄧小平伸出手去，想跟胡耀邦的遺孀李昭握手，但李拒絕了。
她說：「都是因為你們這些人。」
反資產階級自由化：1987
胡耀邦下台後，鄧小平多管齊下，加強他認為在胡耀邦領導時期日益鬆弛的黨內紀律。為了減少胡耀邦的影響力，鄧小平公開宣傳胡耀邦的「錯誤」，並把批評中共但一直受到胡耀邦保護的一些追隨者撤職。鄧小平還意在遏制對人道主義、自由、民主等西方觀念日益廣泛的渴求，他認為有人利用這些觀念來挑戰黨的最高權威。
鄧小平親自主持的1月16日政治局擴大會議上，宣布了要開展批判資產階級自由化的運動。鄧小平還同時宣布，要繼續實行全面改革和對外開放。1月28日過年前夕發布了中央4號文件《關於當前反對資產階級自由化若干問題的通知》，對即將開展的運動作了說明。受到胡耀邦保護的知識分子——方勵之、劉賓雁和王若望——被開除出黨;朱厚澤在3月也被撤銷了中宣部部長一職。劉賓雁為自己辯解說，他的報導文學批評的是一部分中共幹部，並不是在攻擊黨;但有些高層幹部認為，他的批評以及對人道主義理想抱「更高忠誠」的呼籲使人們對黨產生了消極印象。還有不少人雖然未在媒體上遭到批判，但受到了內部批評，包括中國社會科學院政治學研究所所長嚴家其和一些大學行政幹部中的黨員。為避免在知識分子當中造成嚴重的消極反應，鄧小平宣布運動只限於黨內。
很多在胡耀邦手下工作過的有經驗的黨內高官，如朱厚澤、吳明瑜、于光遠和任仲夷，依然堅信方勵之、王若水和劉賓雁不會危及社會安定;示威活動能夠通過協商加以解決;擴大開放只會加強而不是削弱國家實力;鄧小平高估了國家穩定受到的威脅，作出了過度反應。
鄧小平試圖在主管宣傳工作的高層幹部中加強紀律，要求他們維護社會主義理想。3月29日中央印發了一個改進報刊與出版工作的文件，然後便出現了一篇又一篇批判資產階級自由化的文章，廣播也在不停地宣傳同樣的內容，包括批判主張個人主義和腐化墮落的西方思想。媒體還歌頌愛國主義，讚揚中國人民的創造精神和科學成就。鄧力群在推動反對資產階級自由化的運動中扮演了關鍵角色。相反，趙紫陽設法限制這場運動對經濟部門的消極影響。他說，對資產階級自由化的批判不應干擾經濟，群眾對政治運動已經感到厭倦。在為推動運動召開的4月6日至12日的宣傳工作會議上，鄧力群漫無邊界地大批資產階級自由化，引起了很多與會者的憤怒。趙紫陽的助手鮑彤拿到鄧力群的講話文稿後，趙紫陽把它交給了鄧小平。鄧小平作出了趙紫陽和鮑彤所期望的反應：他同意鄧力群走過了頭，疏遠了過多的知識分子和自由派幹部。有些自由派黨員擔心鄧小平可能會考慮讓鄧力群成為胡耀邦的接班人。鄧小平此時的反應標誌著運動的一個轉折點，也標誌著鄧小平不再支持鄧力群了。
在確認了鄧小平對自己的支持後，趙紫陽在1987年5月13日發表講話，含蓄地批評了鄧力群，實際上也標誌著反對資產階級自由化運動的結束。幾周後的7月7日，趙紫陽解散了過去鄧力群維護正統思想的根據地——中央書記處研究室，鄧小平並未對此表示反對。政治氣氛的這種變化加強了趙紫陽的地位，削弱了鄧力群的影響，為趙紫陽在十三大提出更開明的工作計劃鋪平了道路。7月10日，曾在1950年代短期擔任過毛澤東秘書的李銳交給鄧小平一封信，信中含有詳細的批評鄧力群的內容。李銳說，鄧力群在延安時代曾濫用職權調查李銳，並不斷找李的妻子談話，隨後又引誘她。李銳還批評鄧力群也整過一些好幹部。當鄧力群受到攻擊時，趙紫陽也感到了來自保守派的壓力，後者將趙視為對保守的經濟政治方針的威脅。趙紫陽後來回憶說，他之前還與保守派維持著比較不錯的關係，但是在他撤掉了鄧力群的根據地(中央書記處研究室)之後，他與陳雲和李先念的關係受到了傷害。趙紫陽還說，十三大之後這些保守派領導人擔心他會利用自己的領導地位在黨的代表大會上推動「政治體制改革」。
中共十三大：趙紫陽主政
鄧小平很清楚，毛澤東像皇帝一樣至死不退造成了極大危害。所以他決心建立一種新的模式，對高層領導人的任期要有限制，到期就退休。然而就鄧小平本人而言，退休是有附加條件的。趙紫陽在1989年5月向戈巴卓夫透露說，中共的十三大有一個內部約定，即使鄧小平已退出中央委員會和政治局常委，但在大事上他仍保留著最後拍板的權力。
與鄧小平同齡的那一代老幹部知道，只要鄧小平決定退休，他們也只能跟著退。1985年鄧小平開始提出他可能退休的問題時，有些老幹部請求他留任。就像其他對權力交接的時間和過程並無明確規定的國家中的集權統治者一樣，鄧小平及其同事有理由懷疑一些沒有耐心的年輕幹部甚至在老幹部還不打算退休時就開始為他們的退休作準備，或至少熱切期盼他們退休。1986年11月11日，在為籌備一年後的十三大而召開的小型會議上，胡啟立就提到過鄧小平和一大批老幹部將要退休的事。薄一波聽到這話臉都氣紅了，問胡啟立：「你是不是盼著我們都早點死啊?」胡啟立客氣地回答說，他希望他們繼續幹下去。從來不知隱瞞情緒的王震也曾在中央黨校大罵胡耀邦在為老幹部退休作準備，他其實說出了其他老幹部的心聲。在1987年10月25日到11月1日召開的中共十三大上，鄧小平辭去了所有黨政職務，退出了中共中央委員會、政治局和政治局常務委員會，但保留了中央軍委主席和國家軍委主席的職務。其他老幹部別無選擇，也只好從正式職務上退下。陳雲獲准取代鄧小平成為中顧委主任，第一線的工作則交給了趙紫陽。
黨的十三大是趙紫陽的大會。鄧小平知道，為了使接班人有效行使領導權，必須給他相當大的活動空間。除非鄧小平認為事態緊急，趙紫陽就是當家人。把胡耀邦解職後，鄧小平讓趙紫陽放手籌備並領導了十三大。趙紫陽在5月13日的報告不但標誌著反對資產階級自由化運動的結束，也是趙紫陽為期半年的全力以赴地領導十三大籌備工作的開始。為使西方民眾對此變化有所準備，趙紫陽在1987年9月25日接受了美國電視節目主持人湯姆·布羅考(Tom Brokaw)的採訪。在聚光燈下，趙紫陽對自己將在一個月後的黨代會上正式成為新的第一線領導人顯得躊躇滿志。趙紫陽雖然成了當家人，但他仍是在鄧小平劃定的範圍內做事。他堅持四項基本原則，反對資產階級自由化，表明自己對進一步推動對外開放和經濟改革的信念。鄧小平長久以來一直贊成黨政分家，趙紫陽也緊跟這一路線。儘管如此，趙紫陽還是獲得了相當大的活動空間，因為鄧小平甚至陳雲都清楚，在趙紫陽的領導下經濟和政治體制都會繼續發生變化。
1987年5月29日，在綠燈亮起的兩周以後，趙紫陽對新加坡總理吳作棟說，他正在為十三大準備一個政治改革綱領，改革的長期目標是「建設高度民主的社會主義」。趙紫陽說，這個過程需要保持政治穩定，也將經過很長時間才能成功。改革要循序漸進，一個省一個省地進行。趙紫陽說，將來黨不會再插手政府事務，黨內將會有高度的民主。
為了反映各級幹部的意見，文件總共修改了八稿。9月27日鄧小平看過文件後決定不再作任何修改，只是簡單地批示說：「看了，沒意見，寫得好。」
根據趙紫陽的指示，文件以《建立健全社會主義民主政治》作為標題提交給十三大。鄧小平在大會前夕發表簡短講話，表明他完全支持這個報告。像鄧小平一樣，趙紫陽也力圖迴避會引起爭議的觀點。十三大的文件既支持繼續改革開放，也避開了容易引起爭議的具體問題。趙紫陽選擇了「社會主義初級階段」作為主題，這是這個概念第一次被黨的代表大會所採用。它的好處是既可以讓那些社會主義意識形態的擁護者繼續堅持中國最終將走向社會主義的信念，又給予了那些相信市場的人發展生產力所必需的自由空間。當有人問到這個初級階段會持續多長時間時，趙紫陽說：「社會主義現代化的大體實現……至少需要上百年時間。」
實際上，趙紫陽是將社會主義高級階段無限期地拖後，他要讓那些希望經過短期整頓後黨會再次邁向社會主義高級階段的人打消這種念頭。十三大為經濟體制提出了「有計劃的市場經濟」這一新說法，反映了市場正在變得更加重要，這與過去宣稱計劃優先的文件相反。國家調節市場、市場引導企業、詳細硬性計劃的作用將持續下降。要建立勞動力、技術、信息和房地產市場。趙紫陽說，長遠目標「是建立高度民主、法制完備、富有效率、充滿活力的社會主義政治體制」。報告為進一步改革提供了方向：
(1)實行黨政分開，減少黨在領導政府事務中的作用。各級黨委不再設立不在政府任職但又分管政府工作的全職書記。
(2)進一步下放權力。
(3)政府各單位要明確職責，減少職權的重疊。
(4)提拔、降職和獎懲要以工作表現作為依據，培訓、工資、福利和退休的權利都要有法律加以保障。
(5)在關係到地方群體的問題上，政府要與地方幹部進行協商並向群眾告知結果。
(6)加強「社會主義民主」，要允許各種群眾組織，如婦女、工會和其他團體，表達他們所代表的群眾的意見。
要加強民族區域自治，大力培養少數民族幹部。
(7)加強社會主義法制。大會還批准了一些程序上的改革。為了能更及時地了解情況，中央委員會全體會議將從一年一次改為一年兩次。
政治局會議的重要決定將不再保密，而要在媒體上公布。對工廠、學校、醫院、企業的黨組織進行精簡，使這些單位能夠更加自主地作出有關自身工作的決定。在十三大召開前的幾個月里，趙紫陽全面負責人事上的變動，但在選拔過程中老幹部其實仍發揮著重要作用。政治局的新常委趙紫陽、李鵬、胡啟立、喬石和姚依林都不是極端派。姚依林被公認是精明能幹的管理者，得到陳雲的強烈支持。好在胡啟立和喬石都堅定地支持改革，這就保證了趙紫陽在常委中能成為改革的多數派。和兩年前黨的全國代表大會一樣，選拔標準強調教育背景、領導業績和相對年輕。經過這次人事變動後，政治局委員的平均年齡降低了五歲。
另外，十三大的中央委員會的產生，是在中共歷史上第一次實行了差額選舉，因此就排除了最不受歡迎的候選人，保證了當選者至少擁有其他人最低限度的支持。大會第一輪投票時，候選人比實際名額多出十人，因此得票最少的十人落選。鄧力群便是落選的十人之一。這反映著鄧力群受到普遍排斥，也表明胡耀邦得到普遍同情。隨著鄧力群離開中央委員會，兼之他的主要工作單位書記處研究室被解散，趙紫陽不像胡耀邦，他不會再被這個中國最執著的保守派揪住不放了。
十三大避免了害怕改革的保守派和擔心停滯的改革派之間的尖銳分歧。兩個最具爭議、作為對立兩派代表的幹部——總書記胡耀邦和他的批評者鄧力群——都被撤職，這使中間派更容易齊心協力繼續推動市場改革和溫和的政治體制改革。實際上，保守派和改革派所爭論的關鍵問題在十三大之前的幾年裡就已經轉向更開放、更多的言論自由和更多的市場改革。趙紫陽在十三大上進一步推進了這一轉向，儘管鬥爭仍在繼續。鄧小平把他認為過於寬容的胡耀邦成功搞下了台，並沒有破壞中共上層的團結。趙紫陽堅持鄧的四項基本原則，推進鄧的經濟和政治設想，鄧有理由希望在自己退出之後，趙將有效引導中國走向改革的下一階段。
