1966年，劉少奇出訪東南亞。康生利用陪同接見外賓的機會，當面向毛匯報了"不久前，彭真讓中宣部給上海市委宣傳部打電話，質問上海發表姚文元的文章為什麼不跟中宣部打個招呼，批評上海市委的黨性到哪裡去了"一事，說這是彭真"整到主席頭上廠"。這一下，毛澤東終於有了整倒彭真的把柄，可以師出有名了。
於是，毛澤東決心利用劉少奇出訪的機會，揭開彭真問題的蓋子。三月二十八日至三十日，他連續找康生、江青、張春橋等人談話，嚴厲批評彭真主持起草的"二月提綱""混淆階級界限，不分是非。中宣部是閻王殿，要打倒閻王，解放小鬼；中宣部和北京市委包庇壞人，壓制左派，不准革命"。並表示："我歷來主張，凡中央機關做壞事，我就號召地方造反，向中央進攻。各地要多出些孫悟空，大鬧天宮"。毛並讓康生立即返回北京向主持中央日常工作的周恩來傳達他的意見。
當時，因劉少奇不在國內，鄧小平去西北視察工作，中共中央一線的領導人中只有周恩來一人在北京留守。因此，他的政治態度如何攸關事態發展。對周的態度，毛心中有數，早就算計好了的。周本人也意識到這一點，知道自己正在面臨著一次政治上的重大選擇。所以他並沒有急於表態，而是有意壓了一下，以便有時間可以從容考慮一下。實際上，周已經覺察出毛對彭真日益不滿的態度，而且也看出這是衝著劉少奇而來的。
從個人關係上來說，周恩來對彭真的為人並無太多好感，其中緣由一直可以追溯到延安整風期間。當年彭真追隨毛澤東、劉少奇整肅黨內教條宗派和經驗宗派時所表現出來的那種霸氣，讓他很不以為然。不過，當時周自覺理虧，並沒有過多計較。在工作中，更是由於毛澤東，劉少奇對彭真的欣賞和重用，讓他主持中央書記處的常務工作而對他尊重有加，乃至以黨的副主席之尊，主動向他請示匯報工作。對此，彭真曾多次對自己下屬提起這一點。
即使在後來毛澤東已對彭真表現出明顯不滿以後，周恩來也並沒有馬上就跟著變臉。如前所述，當毛在三月杭州會議上，根據江青的告狀，為滬劇《蘆盪火種》到北京未能演出一事，批評彭真在北京搞"獨立王國"時，周採取息事寧人的態度，小心翼翼地為彭真緩頰，表示："我還沒有什麼感覺"，讓毛澤東碰了一個軟釘子。
這次，周恩來無法再這樣做了。從毛澤東充滿火藥味的談話中，他已經看出毛拋出彭真的決心已下。經過兩天的考慮，一九六六年四月二日，周恩來正式寫報告給毛澤東，表明自己的態度，以及為貫徹落實毛的指示而準備採取的措施。報告中說:"前送主席審閱的五人小組報告(即"二月提綱")是錯誤的，擬由書記處召開五人小組擴大會議，邀集上海、北京有關同志加以討論，或者進行重大修改，或者推翻重寫。"
周恩來的表態，使彭真在政治上陷入困境。因為這已經不再是毛澤東"個人"的意見了，而是代表了在京中央常委的態度。在這種情況下，彭真不得下向毛寫了書面檢討，承認自己"在這一方面確有嚴重的錯誤和缺點"。這樣一來，整個局勢急轉直下，彭真已經註定要下台了。由此毛澤東重新奪回了對中國政治中心的控制權，在與劉少奇的較量中贏得了第一個回合。
不僅如址，周恩來的表態對不在北京的劉少奇、鄧小平，也是一個有力的牽制。縱使他們有心對彭真援之以手，也會囿黨內力量對比的形勢而感到孤掌難鳴，況且他們目前遠離京城，鞭長莫及等他們回來以後。生米已經煮成熟飯，只好忍痛演出"揮淚斬馬謖"的一幕了。
根據周恩來給毛澤東報告中的提議，一九六六年四月九日至十二日，被緊急從外地召回北京的鄧小平以總書記的身份主持召開了中央書記處會議，討論貫徹毛的指示。會上，鄧表態擁護毛批彭的指示。康生、陳伯達這兩位後來文革中的紅人充當炮手，系統批判了彭真在學術批判問題上所犯的"嚴重錯誤"。周則以監軍的身份坐鎮會議，和鄧一起指出"彭真所執行的錯誤路線是同毛豐席思想對立的，是反對毛主席的"，並一起檢討了常委"失職"的問題。
中央書記處會議作出兩項決定：一、以中央名義正式通知撤銷五人小組的匯報提綱；二、成立以陳伯達為首的起草小組，為中央草擬關於文化革命的指示。這就是後來成為文化大革命的綱領性文件《五．一六通知》和最高指揮機構中央文革小組的由來。
遠在國外訪問的劉少奇對禍起蕭牆的情況毫無所知，甚至在回國後，奉命緊急飛住杭州，參加由毛澤東主持召開的專門解決彭真問題的中央政治局常委擴大會議的途中，仍被蒙在鼓裡，還把從國外帶回來的水果也給彭真準備了一份。面對毛咄咄逼人的攻勢和黨內力量對比的懸殊形勢，劉少奇沒有作任何抵抗，便接受默認了毛對自己頭號干將的開刀問斬。這樣，彭真成了文革祭壇上的另一個犧牲品。
一九六六年五月，作為文革全面發動標誌的中共中央政治局擴大會議在北京召開。會議揭發批判了彭真、羅瑞卿、陸定一、楊尚昆的"反黨錯誤"，並通過開展文化大革命運動的綱領文件《五．一六通知》。
本來，這次會議完全是山毛澤東一手策劃的，特別是對會議所要通過的主要文件《五．一六通知》，毛更足煞費心思，親自主持修改，增添了大段內容，並饒有深意地在結尾處加了一段，點出文革鬥爭的目標就是那些正在"被培養為我們的接班人，例如赫魯雪夫那樣的人物"。但是在會議期間，毛卻有意滯留外地，躲在幕後"委託"劉少奇出面主持會議，讓他用自己的手砍掉自己的左膀右臂。與此同時，毛又與林彪達成默契，讓他在會議上唱主角，作一個和當年七千人大會時一樣有份量的發言。
五月十八日，林彪按照預先的安排，在中央常委中率先發言，從批判彭真、羅瑞卿、陸定一、楊尚昆開始，大講"防止政變"的問題，製造中央內部有人搞政變的恐怖氣氛。然後，他又對毛澤東大加吹捧，說："毛主席活到那一天，九十歲、一百多歲，都是我們黨的最高領袖，他的話還都是我們行動的準則。"
林彪的講話隨即成為會議的主調。與會者人人自危，紛紛在發言中對照林彪的講話，檢討自己對毛澤東的態度，同時對彭、羅、陸、楊群起而攻之，唯恐不能劃清界限。會議的氣氛非常緊張，形成人人過關的場面。多年賦閒在家的元老如朱德因不明底里，在發言中走了題，被責令"脫褲"檢討，招來眾人的圍攻批鬥。
五月二十一日，周恩來在中央常委中第二個發言，談了三個問題：一、防止反革命政變問題；二、領導和群眾問題；三、保持晚節問題。這是周氏在文革發動之初，在黨的正式會議上的首次發言。與林彪的講話相比，這篇講話，尤其是第三部分，雖然語不驚人，但實際分量一點也不亞於林彪的講話。
周恩來在發言中表態擁護毛澤東開展文化大革命的決定和為清除政治隱患而對彭、羅，陸、楊所採取的措施，宣揚對中國出修正主義的問題，毛是有預見的，早就有感覺和材料，抓得准，抓得狠；並聯繫彭真等人當年在延安整風中"整別人不整自己，個人主義極端嚴重"的表現，用"物必自腐而後蟲生之"的道理，來說明黨內產生修正主義的思想原因。
"保持晚節"是周恩來通篇講話的中心，話雖不多，卻是他在審時度勢之後所精心選擇的話題，刻意向毛澤東所作的內心表白。他表示："要跟著毛主席。毛主席今天是領袖，百年以後也是領袖。晚節不忠，一筆勾銷。"為了表明自己的堅定態度，周氏甚至提出："蓋棺不能定論，火化了也下能定論"，提議"把瞿秋白從八寶山搬出來，把李秀成的蘇州忠王府也毀掉"，因為這兩個人在最後關頭都經不起考驗，變成了革命的叛徒，瞿秋白臨死前寫了一篇"多餘的話"，而李秀成在被俘後向清廷寫了"自述"，全都背叛了自己的信仰，周恩來說"這些人都是無恥的"。
鄧小平馬上緊跟周恩來，強調周所提出的保持晚節的重要性，說："保證不打自己的旗幟，這是最根本的一條。這樣就是在一些路線性質的問題上犯了錯誤，我們也比較容易改正。這一點，恩來同志的態度是值得我們學習的。"
林彪甚至私下概括出："主先臣後(切勿臣先搶先)，主倡臣和(切勿臣倡或不和)"這樣一類的心得。
中共黨內對毛澤東風行君臣之道的這種搞法，根子還在延安整風。當年劉少奇和彭真大力鼓吹毛澤東思想，開了惡劣的先例。
