抗日戰爭中，日軍第十六師團是與一系列暴行密不可分的：開展「百人斬」殺人比賽；參與實施南京大屠殺……連當時的日本陸軍部人事局長都說：「第十六師團長中島今朝吾的戰鬥指導是違背人道的。」可見，第十六師團的暴行達到了多麼嚴重的程度。
日軍第十六師團於1905年在京都編成，其司令部設於京都，官兵主要來自京都、三重縣和奈良縣，故又稱為「京都師團」。該師團為日本陸軍甲等常設師團，裝備精良，兵員滿員，戰鬥力較強，在編成的當年即參加了日俄戰爭。
盧溝橋事變爆發後，日本開始了全面侵華戰爭。為此，日本進行了戰爭動員，開始大量徵兵，作為甲等師團的第十六師團也由平時的18000人擴充到戰時的約25000人。1937年9月，第十六師團在天津塘沽港登陸，編入日軍華北方面軍第二軍戰鬥序列。1937年10月底，第十六師團被編入上海派遣軍戰鬥序列，由華北調往上海。此時的第十六師團，以中島今朝吾中將為師團長，中澤三夫大佐為參謀長，下轄步兵第十九旅團，旅團長為草場辰已少將（轄步兵第九聯隊，聯隊長為片桐護郎大佐、步兵第二十聯隊，聯隊長為大野宣明大佐）；步兵第三十旅團，旅團長為佐佐木到一少將（轄步兵第三十三聯隊，聯隊長為野田謙吾大佐、步兵第三十八聯隊，聯隊長為助川靜二大佐）；騎兵第二十聯隊，聯隊長為笠井敏松中佐；野炮兵第二十二聯隊，聯隊長為三國直福大佐；工兵第十六聯隊，聯隊長為今中武義大佐；輜重兵第十六聯隊，聯隊長為柄澤畔夫中佐。
第十六師團在上海附近登陸時，日軍已占領了上海，於是，時任日軍華中方面軍司令官的松井石根即命令該師團向南京追擊從上海撤退的中國軍隊。第十六師團在中島今朝吾的率領下，先後攻占了常熟、蘇州、無錫、常州、丹陽、句容、湯水鎮、麒麟門，進抵南京東郊的紫金山一線。該師團沿途燒殺淫掠，其暴行不勝枚舉。在向南京進軍的途中，該師團由於進軍速度太快，補給跟不上，便下令就地「徵收」糧秣，所謂「徵收」，實際上就是掠奪。
當時被日本《東京日日新聞》等報紙大肆宣揚的所謂「百人斬」就發生在該師團。第十六師團在從無錫向常州追擊過程中，該師團第十九旅團步兵第九聯隊第三大隊副官野田毅少尉和大隊炮小隊長向井敏明少尉，相約在到達南京時，看誰先用日本刀斬殺滿100人。此後，兩軍官開始大肆斬殺，在到達南京城外的紫金山時，野田毅斬殺了105人，而向井敏明斬殺了106人。
對於俘虜，第十六師團師團長中島今朝吾在其日記中記述說：「基本上不實行俘虜政策，決定採取全部徹底消滅的方針」
1937年12月10日，日軍向南京城發起總攻擊，第十六師團的主攻方向為中山門。要占領中山門，必須先占領中山門外的制高點紫金山。12日，第十六師團步兵第三十三聯隊在重炮的掩護下，向紫金山頂峰發起攻擊，戰鬥異常激烈，紫金山上一片火海。經過激烈的戰鬥，日軍在付出沉重代價後占領了紫金山主峰。
1937年12月13日凌晨，第十六師團步兵第二十聯隊占領了中山門。當天，該師團第三十三聯隊和第三十八聯隊在輕型裝甲車的配合下，從太平門外沿玄武湖急進至南京城北的下關江邊，以截斷中國軍隊的退路。下午，當第三十三、第三十八聯隊進至下關時，長江邊有大批准備渡江的中國軍人，江面上也有許多正在渡江的中國軍人。日軍立即用機槍進行猛烈掃射，一時間江水被染得殷紅。在長江邊等待渡江的中國軍人有些返回南京城內，避入安全區，有些被日軍射殺或俘獲。接著，日軍在長江邊將俘獲的中國軍人加以集體屠殺。
南京淪陷後，第十六師團根據事先制定好的計劃，對南京城內及城外東郊地區進行「掃蕩」。在「掃蕩」過程中，第十六師團俘獲了許多放下武器的中國軍人。對於俘虜，中島今朝吾在其日記中記述說：「敗逃之敵大部進入第十六師團作戰地區的林中或村莊內，另一方面，還有從鎮江要塞逃來的，到處都是俘虜，數量之大難以處理。」「基本上不實行俘虜政策，決定採取全部徹底消滅的方針。」「僅佐佐木部隊就處理掉約15000人，守備太平門的一名中隊長處理了約1300人。在仙鶴門附近集結的約有七八千人。此外，還有人不斷地前來投降……處理上述七八千人，需要有一個大壕，但很難找到。預定將其分成一兩百人的小隊，領到適當的地方加以處理。」「這些敗兵的處理，大多由第十六師團負責，因此師團無暇顧及入城或宿營等，只是一味地東奔西走。」第十六師團步兵第三十旅團長佐佐木到一也在日記中記述說：「接連不斷地有俘虜前來投降，其數量高達數千人。情緒亢奮計程車兵絲毫不理睬上級軍官的勸阻，將俘虜一個個地殺死。回想到許多戰友流的血和十天來的艱難困苦，別說士兵了，我自己也想說『全都幹掉吧』。」
日軍該師團老兵東史郎在1937年12月21日的日記中寫道：「哭喊著的支那（中國）人被裝進郵袋中，西本（日本兵）點著了火，汽油一下子燃燒起來。就在這時袋子裡發出了一種無法言狀的可怕的喊叫聲。袋中人用渾身的力氣使袋子跳了起來，自己滾動。……手榴彈在水中爆炸了，水面一下子鼓了起來，然後平靜下去。」
第16師團多次縱兵衝進「國際安全區」，襲擊難民營。日軍占領南京後，以第十六師團步兵第三十旅團為南京警備部隊，佐佐木到一擔任警備司令。所謂「警備」，實際上就是搜捕放下武器，在國際安全區避難的中國士兵。第十六師團在「掃蕩」殘敵過程中，在國際安全區進行所謂的甄別搜捕，將頭上有帽痕，手上有老繭的青壯年男子從難民中強行拉走，予以集體屠殺，其中許多人是普通的平民。在搜捕中國士兵的過程中，一些毫無軍紀可言的日軍官兵還大肆強姦婦女、搶劫財物。在戰後對日本戰犯的審判中，許多南京市民指證日軍「中島部隊」的暴行。所謂「中島部隊」，就是以中島今朝吾為首的第十六師團。
第十六師團的覆滅
南京淪陷後，第十六師團在南京駐紮到1938年1月22日，此後，日軍第十一師團步兵第十旅團（天谷支隊）接替第十六師團步兵第三十旅團，擔任南京的警備任務。第十六師團由海路開往大連，重新編入日軍華北方面軍第二軍戰鬥序列，後又被編入華中派遣軍戰鬥序列。1938年7月，中島今朝吾升任駐紮在滿洲的日軍第四軍司令官，由藤江惠輔（中將）繼任第十六師團長。
1941年太平洋戰爭爆發後，第十六師團被編入進攻菲律賓的本間雅晴中將統帥的日軍第十四軍，參加了第一、第二次巴丹半島的攻堅戰和菲律賓討伐戰，之後在菲律賓駐守。
1944年夏秋，為加速太平洋戰爭的進程，麥克阿瑟決定率部奪取菲律賓，而日軍準備在菲律賓與美軍決一死戰。作為第十四軍主力的第十六師團駐守在萊特島。10月，美軍在萊特島東岸登陸，向第十六師團發起攻擊。第十六師團雖然被分割孤立於數個地區，但其利用堅固的工事與美軍殊死決戰。月底，日軍第一、第二十六師團和第六十八旅團等部先後增援萊特島，並使用「神風」自殺飛機攻擊美軍艦船，戰局一度呈膠著狀態。為此，麥克阿瑟提出以兩面夾擊的方式占領奧莫克港，從背後分割日軍。這一方案成功實施，日軍第十六師團大部分被圍殲，殘部退到坎基伯特山進行游擊戰。日軍士兵以同伴屍體為食的情形就是發生於此。第十六師團殘部在熱帶雨林中飽受飢餓、瘧疾、脫水的折磨，大部在恐懼與無助中死亡，少數人組成自殺隊逃進深山，直到日本投降才放下武器。戰後，根據日本厚生省的資料，萊特島之戰，第十六師團共有13158人戰死，倖存者僅620人。這支曾沾滿中國人民鮮血，尤其是南京人民鮮血的日軍所謂「精銳」部隊，最終走向了滅亡。而南京大屠殺的元兇之一中島今朝吾，於1945年10月28日因尿毒症和肝硬化病死，逃脫了戰後對日本戰犯的正義審判。
中國人民應該牢記：為南京大屠殺30萬死難同胞報了仇的是美國軍隊。同時，在抗日戰爭中，在中國處在最危機時刻，也是美國人最早向中國伸出了無私的援助之手。我最近在網上看到不少左憤們大叫：「美國是中國的敵人！」這種忘恩負義之輩，根本不配做中國人！
後記：有人評論說：美國人不是有意在給南京大屠殺死難的中國人報仇，所以沒有必要感謝他們。這種觀點我早有預料。打個比方吧：你的父母被一個仇人殺了，你的姐姐與妹妹也被這個仇人給姦殺了。你想報仇，但無力與無計可施，因為你太無能了。最後有一天，你的仇人做惡時被另一人殺死。因為他不是有意在給你報仇，所以，你就沒有必要去感謝他。認為沒有必要感謝美國人的網民的邏輯是這樣吧。如果在現實生活中，這些網民們會這樣對待那個替他們報仇的人嗎？如果他們會，那他們就不是有情有義之人。
