一九五一年初巫寧坤突然接到燕京大學陸志韋校長的急電，邀其儘快回國擔任英美文學教職。隨後，也收到中國國務院發來的信，觀迎留學生回國工作。巫寧坤毅然丟下寫了一半的英國文學博士論文，帶著幾大箱進步書刊，兼程回國任教。當時巫寧坤問前來送別的李政道，為什麼不回去為新中國工作?李政道笑笑說：我不願讓人洗腦子。
巫寧坤回國不過兩個月時，周恩來在中南海懷仁堂做政治報告長達7個小時，號召高級知識分子帶頭進行思想改造。此時，他想起了回國時李政道送別時說的「洗腦子」。
「十一」一過，思想改造就開始成為教師的中心任務，全體教授分別在各系學生中作「自我批評」，接受學生「幫助」，人人過關。巫寧坤平日與學生交談中的三言兩語竟被記錄在案，再加上一本被學生借走的美國普及小說《了不起的蓋茨比》，成為他散布資產階級思想的罪證。
思想改造的下一階段是「忠誠老實運動」。全校教職員人人都要寫一份自傳，交代從出生到目前的全部經歷，重點是交代本人的政治歷史問題和各方面與美國的關係。巫寧坤先在三人小組會上交代了歷史，接受了盤問，又到文學院教授會上做了交代，接受了大家的啟發幫助，最後還寫出了一份自傳。人稱「燕京攝政王」的翦伯贊約見巫寧坤，叼著香菸噴雲吐霧地對他說：「看你年紀不大，生活經歷可不簡單。……你從美國回來，這本身當然是件好事，但是到底為什麼回國，又是怎樣回來的？還有真正的動機嗎？」這次，巫寧坤沒有配合。然後「院系調整」，教會大學一律併入國立大學，巫寧坤被發配到天津南開大學。
一九五五年九月轟轟烈烈的「肅反運動」開始，巫寧坤成了南開大學頭號「暗藏的反革命份子」，被軟禁在家中，不得擅自離校，不得在家接待親友。上、下午的批鬥會成了常規。每次會上，巫寧坤都被要求「徹底坦白自己的罪行」。
五七年，黨中央號召在全黨開展「整風運動」，帶來了全黨全國的「大鳴大放」。經不住一再動員，巫寧坤在「鳴放會」上發言，向黨提意見，於是成了反黨、反社會主義、反毛澤東思想的典型，在一次又一次的批鬥後，被劃為「極右份子」，開除公職，送勞動教養。
也是在這一年，不願被洗腦的李政道成了第一批榮獲諾貝爾獎的華人，名譽聲望如日中天，事業到達最高峰，迎來人生最光輝燦爛的時期。
五八年四月十七日，巫寧坤被送進了半步橋北京市勞動教養所，和「歷史反革命」、流氓、小偷等「壞份子」關在一起，一日兩餐啃有霉味的窩頭。四、五十天裡，天天「交代罪行」，「認罪守法」。
之後，巫寧坤與八百多名「勞教份子」，由大批武裝警衛，押送到與西伯利亞為鄰的興凱湖國營勞改農場，通稱北大荒。從日出苦幹到日落，每天十多個小時，趕上大躍進「放衛星」，還得連軸轉。夏天，蚊子成群，漫長的冬季冰天雪地，最低氣溫攝氏零下四十度，「勞教份子」們都照樣在戶外勞動。
一九六○年十月，三、四百名「右派」奉命轉移到位於天津與唐山之間的清河勞改農場。從此，三餐改為兩餐，吃的是代食品，加上乾白菜幫清湯。越來越多的人患上浮腫，大便時鮮血淋漓，痛苦呻吟。兩個月以後，為了進一步體現黨和政府的寬大和「革命人道主義」的精神，准許「勞教人員」寫信要家屬送食物來。於是三歲的女兒隨母到清河勞改場，第一次見到了父親，此時小小年紀的她已經歷經飢餓、貧困、動亂鬥爭和赤色恐怖。在她八、九歲時，在合肥甚至兩次被強姦。
文化大革命開始，巫寧坤又成為「專政對像」，被打成「牛鬼」，關進了牛棚，每月七十元的臨時工工資減為十五元的「生活費」，大會批、小會鬥、掛牌遊街示眾、罰款、扣工資等等，成了家常便飯，並進一步株連全家老小，其久患糖尿病的七十多歲的寡母被勒令二十四小時內離開安大，不久因缺醫少藥孤苦伶仃地含恨病死。
一九七零年，巫寧坤總算走出牛棚，前往其家人所在的和縣孫堡公社高莊生產隊「接受貧下中農再教育」，每月十五元的生活費停發，當上了「不給出路的政策」的典型。
一九七九年，巫寧坤看到「愛國美籍華裔科學家」李政道博士從美國回來講學的消息，便到北京飯店的國賓館去看望。在分別二十八年後，兩個人的身份有了天壤之別：一個是國之瑰寶、名揚四海的大科學家，一個卻是來到北京辦理「右派改正」手續的滄桑苦命人。
試想一下，假設當年在舊金山是他送李政道回國而非李政道送他，結果會怎樣?我們可以推測：李政洪道，極有可能會受巫寧坤那樣的苦難，還可以肯定的是，李政道是得不到諾獎的，不管他智力如何超群工作如何努力，因為這不是以個人能力和意志而轉移的，在那個制度下，他至多是個螺絲釘。
從一九五八年被戴上右派帽子到一九八零年改正「錯劃右派」，巫寧坤耗費了二十二年黃金歲月。一九八十年代，巫寧坤偕夫人和兒女返回美國。
一九九三年巫寧坤劫後餘生回憶錄A Single Tear(<一滴淚>)在紐約出版，在英語世界引起轟動，被《紐約時報》評選為當年出版的圖書中「notable books值得讀的書」。但是其中的一些情節得罪了某些人，光天化日之下，國際關係學院領導下令動用軍警毀門砸鎖，將其全部財物掃地出門，夫婦二人的退休費也被停發，雖經一再申訴，退休費開始恢復發放，但是扣發六年多的退休費卻始終拒絕補發。巫寧坤說那是他為《一滴淚》支付的罰款。
