來自斯科爾泰克的研究人員和他們的同事研究了一名免疫缺陷患者感染 COVID-19時間最長的確診病例，該患者感染新冠病毒（中共病毒）長達318天。
這項研究揭示了病毒變異以逃避細胞免疫的新方法。
自出現首例新型冠狀病毒感染症( COVID-19)患者以來，新型冠狀病毒在全球人口中不斷擴散，不斷發生變異。這些變異中有一些最終會產生更具有傳染性或更致命的變異，例如臭名昭著的德爾塔（Delta）變異。
但是，如果病毒在一個病人體內停留的時間足夠長，它也可以積累突變，幫助它逃避免疫反應，使這些免疫功能低下的病人不知不覺之間成為病毒快速進化的"熱點"。
一個突出的宿主內進化的病例是患者 S，一名晚期非霍奇金瀰漫 b細胞淋巴瘤的女性。
她在2020年4月首次檢測出 COVID-19呈陽性，近一年後，也就是2021年3月，最終檢測結果為陰性。
正如跟蹤該患者並收集臨床數據的醫學博士奧克薩娜·斯坦內維奇( Oksana Stanevich)所指出的，她在疾病過程中經歷了兩次伴有發燒和肺炎的重症新冠發作。
綜合數據使包括 Skoltech教授 Georgii Bazykin在內的研究團隊能夠跟蹤新冠病毒在宿主體內的進化。
全基因體測序和系統發育分析證實，患者 S確實在整個疾病中感染了相同的病毒譜系。根據用於追蹤 SARS-CoV-2變異的全球資料庫 GISAID中沒有類似樣本的情況判斷，該病毒顯然沒有從她身上向前演化後傳播。
患者 S體內的病毒總共積累了40個突變，比在普通人群中的變化快得多。這種快速的進化表明，病毒在人體內一直在適應，獲得突變，使其更好地生存和/或更快地繁殖。這些變化的一部分發生在刺突蛋白中；其中一些與之前在接受恢復期血漿或單株抗體治療的患者中發現的抗體相匹配，並與逃避中和抗體有關。
然而，由於患者 S的治療方案，外周血中沒有 b淋巴細胞，幾乎沒有 IgG抗體，體液免疫基本上是"殘疾"的。此外，大多數快速獲得的變化是外部表面蛋白。"這令人費解。"這篇論文的第一作者之一 Evgeniia Alekseeva指出。"為什麼它要偽裝抗體看不見的部分呢？"
為了尋找解釋，研究人員轉向了免疫的另一個主要機制：由殺傷 t細胞驅動的機制，這是細胞介導免疫的細胞毒性武器。該系統不涉及抗體，在患者體內保持功能。
在 SARS-CoV-2中，從 T細胞介導的免疫中逃逸的問題以前很少受到關注。體液免疫主要針對表面蛋白，如刺突蛋白，病毒基因體編碼的任何肽理論上都可以被 T細胞識別；因此，可以在任何病毒基因中發現使 T細胞免疫逃脫的突變。
因此，研究小組推測，感染 S患者的新冠病毒，可能是為了躲避唯一的防禦系統而進化的。
為了驗證這一點，研究人員通過計算和實驗，預測了經由患者 S編碼對特定 HLA等位基因(個體之間通常不同的免疫基因)積累的突變。
"我們所看到的非常驚人。"病毒累積的突變特異性地避開了患者 HLA等位基因的抗原呈遞，導致 T細胞反應無效。"Evgeniia Alekseeva表示。
這些發現表明，T細胞逃逸是免疫功能低下患者中新冠病毒的一個未被充分認識的潛在強大驅動因素。新冠變異株們的起源有些奇特——當這種變異發生時，它通常會迅速積累多個突變，就像在免疫抑制的個體中進化時一樣。
