東航雲南更名與持股比例變更後，該公司內部管理的問題並未獲妥善解決。東航並未對2008年返航事件做更進一步說明，僅對涉事人員進行懲罰，飛行員因補繳個人所得稅而觸發罷飛、返航的消息也被掩蓋，官方媒體對東航的勞資糾紛幾乎避而不談。
據官媒《人民網》報導，雲南機場赴市區的計程車司機曾與記者侃侃而談：「雲南這個地方旅遊很發達，聽說雲南分公司對東航的利潤貢獻最大，但云南分公司的員工工資比其它分公司要低，出現不滿情緒很正常。應該說東航的管理有問題。」東航管理混亂和壓榨公司內部底層人員，飛行機組人員對公司管理層存在普遍不滿情緒已成為當地人的談資。
2010年，雲南省政府取得35%的股份後，「東航雲南」也未與「東航」平起平坐，雲南地方政府並不具有東航雲南的決策權，或分得對等利益。東航利用上市資本收購雲南航空後，獲取其在大陸西南航線的優勢，但顯然未承當應負的責任和解決問題。
當時東航現有的國際航線並不能完全適應雲南省「招商引資」和「內引外聯」政策的需求，因參與中國－東協自由貿易區（CAFTA）、大湄公河次區域經濟合作（GMS），以及孟中印緬區域合作組織建設，雲南省對外交往的需求越來越頻繁，雲南省市領導曾多次召開專題會議討論開通新國際航班的可行性，希望獲取東航支持，但效果不彰。
對於東航而言，東航雲南就像是個燙手的金雞蛋，儘管獲利豐富，但卻問題不斷，包頭空難和331返航事件，造成東航整體品牌受創。
「東航雲南」與「東航」長期的紛爭原因之一是雲南省政府與「東航」的利益衝突，但真正受影響的是所有搭乘飛機的旅客，因東航雲南與東航長年累積的問題，嚴重影響了飛行團隊的穩定性，331東航返航事件是一極為顯著的例子。
