中國南京銀行官方網站首頁。（網頁截圖）
日前，中國河南一名儲戶追查自己錢款去向時，赫然發現南京銀行是「取款難」村鎮銀行的結算行，質疑該銀行是否對村鎮銀行「非吸案」負有責任。南京銀行與中共央行對此發出緊急回應，但相關消息導致南京銀行稍早前被曝光的「爆雷」危機再度受到關注。
周三（7月13日），中國媒體「紅星新聞」報導稱，河南禹州新民生村鎮銀行的儲戶李航（化名）早前曾把多筆錢款從個人的招商銀行戶口轉至禹州新民生村鎮銀行戶口，現在這些錢款已無法取出。
情急之下，儲戶李航欲向招商銀行提起訴訟，而招商銀行為了證明款項已經轉出，向該儲戶出示了相關的「查覆函」。李航卻意外發現，當初招商銀行轉出錢款的接受行竟然是南京銀行，追問之下被告知，南京銀行是河南禹州新民生銀行的結算銀行。李航質疑，南京銀行或許在河南那幾家村鎮銀行爆雷事件中扮演了某種重要角色。
據報導，李航向媒體提供的查詢查覆書顯示，招商銀行向南京銀行詢問：是否收到相關的3筆資金，並劃轉至禹州新民生村鎮銀行。如是，請回復具體劃轉時間及結果。但「禹州新民生村鎮銀行遲遲沒有回覆，南京銀行也沒有回覆。」
這篇報導發表後，立即引發外界對南京銀行在村鎮銀行「非法吸資」案中是否負有責任的嚴重質疑。不少媒體致電南京銀行，詢問其代理「結算銀行」的具體情況。
13日深夜，南京銀行官網發表聲明稱，中國的村鎮銀行的資金清算都是通過有清算資格的商業銀行代理的，而商業銀行代理村鎮銀行清算是根據央行發布的相關「指導意見」和政策展開的一項「常規的代理業務」。在代理清算過程中，作為代理清算行的商業銀行，負責清算指令的接收和按指令收付資金工作，只與被代理行和人民銀行發生清算關係，只是資金清算通道，「不承擔資金風險」。
14日早間，人民銀行的南京分行也針對上述事件作出回應，強調南京銀行代理村鎮銀行資金清算業務是按照相關規定辦理的，「有關資金清算服務合法合規」，「與有關村鎮銀行案件沒有任何關聯」。
然而，南京銀行和人民銀行的上述緊急回應，並不能完全打消公眾的疑慮，有關南京銀行自身「窟窿也很大」、「南京銀行與城市投行都被套在豐盛系中」等消息，依然在網絡社群快速傳播。
稍早時候，南京銀行行長林靜然突然在6月29日無預警離職；同一天，南京市政府宣布由中共中央級金融企業「中國東方資產管理公司」的總裁鄧智毅「掛職」單日該市的副市長，「分管市防範化解重大金融風險攻堅戰指揮部、市地方金融監督管理局、南京銀行等」。
「東方資產」是由中共財政部、社保基金理事會共同發起設立的中央金融企業，其主要使命就是「保全國有資產、防範和化解金融風險」，業務範圍則涉及不良資產管理與處置、債權轉股權和風險金融機構託管等方面。
第二天一早，南京銀行又發布一份公告，宣布該銀行從即日起啟用新的印章，原印章於同日作廢銷毀。
上述這些異常現象集中發生過於「巧合」，令外界猜疑南京銀行很可能已經「出事」。一時間，南京銀行「虧空」、「債務危機暴發」成為網絡上熱議的關鍵詞。
7月1日，一則「西部證券通信首席分析師傅鳴非對南京銀行的風險判斷」的聊天記錄在網絡社群中瘋傳。傅鳴非稱南京銀行的窟窿很大，但不是因為機構投資出現問題，而是給政府背鍋搞出來的債務危機，如果處理不好，江蘇官場要有震盪，一旦爆雷，該銀行可能就要破產了。次日，西部證券火速宣布，解除傅鳴非的聘用合同。
如今，南京銀行是河南爆雷村鎮銀行的代理結算行的消息得到了央行的證實。雖然央行的回應意在撇清南京銀行與河南村鎮銀行儲戶存款消失之間沒有關係，但由此也導致有關南京銀行自身爆雷危機的疑雲再度升起。
對此，有業內人士對《大紀元時報》分析指出：當前市場對南京銀行抱持負面看法，原因是江蘇的蘇寧控股、三胞集團、雨潤集團、豐盛集團等規模不小的企業都出現不同程度問題，南京銀行到底有多大風險開口誰都不清楚，「不良資產處置公司總裁來南京掛職副市長也令市場產生悲觀聯想，這種悲觀與本地經濟基本面有關」。
