北京兩會開幕前，有更多機構改革方案的消息傳出，港澳辦傳出將脫離國務院體系，直屬中共中央，將由政治局常委王滬寧或丁薛祥主管。
評論表示，港澳辦若非國務院部門，可擺脫《基本法》對中央和港澳管轄的限制，黨能更靈活介入意識形態和金融等香港內部部署，也為日後兩岸關係再惡化做好事前準備。
中共全國兩會在本周末開幕，多家親北京的香港媒體引述不同消息，指港澳系統也納入機構改革方案的範圍，港澳辦有可能脫離國務院，直屬於中共中央。
《星島日報》表示，中共二中全會強調，深化機構改革是重要部署，以加強黨中央集中統一領導為統領，全會通過的《黨和國家機構改革方案》，範圍涉及港澳，港澳辦有可能變成"中共中央港澳辦公室"，能強化中央對港工作的全面領導，屬升格擴權的安排。
《南華早報》引述不同消息，指港澳辦直屬中共中央的方案，將會在周日提交人大全體會議審議，又說，港澳事務由中央直接決策和管理，顯示北京對港澳事務的重視，港澳辦和中聯辦同為北京對港橋樑的分工會更明確，又引述親北京學者分析，政治局常委王滬寧或丁薛祥將最有機會接替韓正主管港澳事務。
評論：港澳事務歸中央可擺脫《基本法》限制更靈活介入香港內部管治
熟悉中港情況的時事評論員程翔對本台表示，把港澳辦脫離國務院直屬中央的方案，早在5年前的換屆時已有傳聞，沒有落實的原因與當時中共總書記習近平還未全面掌權有關，5年後重推方案，能收黨強政弱的效果，有利習近平集權，同時，也能擺脫《基本法》約束，中央能更直接管治香港。
程翔："過去幾年，習近平經常提倡毛澤東的一句話：'工農商學兵，東西南北中，黨是領導一切"，那麼他現在第三屆連任，權力全往他一個人集中，中央會更加直接參與香港的事務。因為過去受《基本法》的約束，國務院對香港事務是不能夠隨意管，不能管例如教育和報紙等意識形態的範疇，但如果是由中央來管的話，因為不受《基本法》的限制，可能比較靈活，更方便他隨意來管。"
程翔表示，香港事務多年來已是由中央港澳事務領導小組負責，由政治局常委主管和做決策，按目前看，改革後的港澳辦，可能採取"一套人馬，兩個招牌"的方式運作，不算是升格擴權。
評論：港澳辦從國務院轉移至中央管理 為兩岸關係未來關係再惡化做準備
時事評論員劉銳紹表示，香港的事務早在2003年開始，由政治局常委主管和決策，港澳辦扮演執行的角色，這次機構改革若把港澳辦轉移到中央之下，是把地下的安排地面化，與兩岸關係有機會再惡化有關。
劉銳紹："兩岸問題已經成為一個國際問題，未來兩岸的局勢不容樂觀，如果兩岸發生軍事的摩擦，香港跟台灣的關係，是兩岸關係裡面最活躍，從北京的角度看，肯定會想到香港必然牽連在內，所以現在把香港拉入中共的管理下，以更好調度或者控制香港。"
評論：若由黨直接管港澳事務顯示「一國兩制」已名存實亡
時事評論員桑普表示，由黨直接管理香港，等同廢除「一國兩制」，又說，在保護黨和國安全為重的前提下，新安排反映香港還有特殊的價值可以被利用。
桑普："香港當然還有小部分的剩餘利用價值，尤其在金融的融通方面，科技的突破鎖喉的角色方面，存在一些灰色地帶的角色。我不認為一國兩制還是繼續存在，早就已經名存實亡，香港的剩餘價值，只能夠是在保證黨國安全下，能夠好好賺錢。"
桑普表示，如果由王滬寧主管港澳事務，有可能再加強對港意識形態的管理，使管治香港的方向再推向左，專制獨裁的風氣會進一步侵蝕香港。
