清王朝控制西藏的固定渠道只有一個──駐藏大臣，朝廷對西藏的權力，明文規定一律由駐藏大臣履行，清王朝對西藏的控制也大多通過駐藏大臣實現。所以，那時中國對西藏能否擁有主權，駐藏大臣扮演了關鍵角色。
駐藏大臣分為一正一副，正職稱"辦事大臣"，副職稱"幫辦大臣"。清政府連續185年派遣駐藏大臣，共有135人被任命為駐藏大臣，其中大多為滿人，其次是蒙族人，只在後期有幾個漢人被任為副職。駐藏大臣規定任期三年，跟現在的援藏幹部期限一樣，實際最長的連續在藏七年，最短的只有40天即被招回，還有的被派進西藏二次甚至三次。
藏族學者國慶主要是從能否貫徹主權的角度，把清朝駐藏大臣分為佼佼者、平庸者和昏聵者三類。這種分類方法並不科學，但可以參考。按他的評判，清朝前期能列入佼佼者的駐藏大臣有9人，清後期只有3人。也就是在135位駐藏大臣中，佼佼者所占不到9%，其餘皆為平庸乃至昏聵之輩。
對這一點，當年乾隆皇帝自己也承認。他的說法是："向來大臣內才堪辦事之人，多留京供職……派往駐藏辦事，多系中材謹飭之員。""駐藏大臣往往以在藏駐紮視為苦差，諸事因循，惟思年期界滿，倖免無事，即可進京。"這不奇怪，今天有數小時即從北京到拉薩的飛機，去西藏工作都被視為苦差，可想當年。官場向來是越有才幹者越有活動能力，也越可能免於被派往艱苦地區，所以駐藏苦差除了推給平庸無能之輩，還往往落到那些犯錯降職的"被議降革之員"，變成"發邊效力贖罪"的性質。那些人或是心有餘悸，謹小慎微，"以無事為大事";或是"幸得差委，身名既不足惜，益肆無忌憚，魚肉藏民，侵吞庫款"。
駐藏大臣及其下屬遠離朝廷耳目，自成一體，難以制約，如果沒有自覺的個人操守，很容易滋生腐敗。乾隆五十七年(1793年)的《欽定藏內善後章程二十九條》，規定西藏凡任命官員都要由駐藏大臣與達賴喇嘛共同上奏清廷才可獲批准，駐藏大臣雖然難以真正行使任命西藏各級官員的權力，但往往利用所規定的這個提名權換取金錢。清末整頓藏務的欽差大臣張蔭棠在其奏摺中揭露，這種交換已形成固定價碼：提名噶倫收銀一萬二千兩，提名代本、甲本等各官，收銀二三千至數百兩不等，"額外需索，猶不止此"。駐藏大臣及其下屬還利用各種報銷的機會進行貪污。如張蔭棠查辦的駐藏大臣有泰，其名曰"犒勞"占領拉薩的英軍，只花費一千五六百銀兩，向朝廷報銷的數額卻達四萬;其去印度與英方談判的花費六七百兩，報銷的數額卻是兩萬。其他各項委任私人，朋比分肥，憑權納賄，剋扣兵餉的事，不勝枚舉。
駐藏大臣在確立和維護中國主權方面是銳意經營還是不思進取，與當時在位的皇帝對西藏所持的態度也有很大關係。清朝前期為了羈縻蒙古，穩定社稷江山，皇帝對西藏問題比較重視，駐藏大臣一般也不敢過於怠慢。從史料上看，那個時期的清朝皇帝可比現在的中共領導人對西藏問題更加關注而且具體，對駐藏大臣的奏摺往往動輒批覆幾百字，連對達賴喇嘛的父親回原籍是否還用頭品頂戴，也批示："在籍不應戴用，俟假滿回藏時再用"。
而到清朝後期，蒙古和西藏都不是社稷的主要問題了，皇帝對國是也不那麼上心了。1904年，面臨英軍將要以武力進入西藏的嚴重局面，當時的清朝皇帝在駐藏大臣報告情況的奏摺上也僅僅批了一個"閱"，再無其他。江山是皇帝的，皇帝都不關心，駐藏大臣自然更會鬆弛。這也是清朝後期的駐藏大臣較前期更為平庸和昏聵的原因之一。