破譯日軍密碼。據軍統局軍事情報處原少將處長鮑志鴻回憶,美國空軍擊落日本海軍大將山本五十六的座機,就有中美合作所的軍統局人員在電訊偵測和密碼破譯方面的功勞。提供氣象情報。中美合作所建立起了若干為美國海、空軍提供氣象情報的氣象工作站、觀測哨等,這些氣象情報在美軍對太平洋上日占島嶼展開逐島進攻和轟炸日本本土的軍事行動中,都起到了重要作用。
早在1941年12月初,國民黨軍統局就破譯出日本海軍將偷襲珍珠港的密電,並交給美方,但因美方懷疑是中國有意挑撥美日關係,故未引起重視。中共建政後,曾在1950年發行的《如此中美特種技術合作所》稱:中美合作所是「美國特務指揮國民黨特務如何監視、拘禁和屠殺中國人民的訓練所和司令台」,裡面的渣滓洞和白公館,是國民黨「囚禁中國人民的最大牢獄」,甚至稱「中美合作所的本身,就是一個舉世罕見、駭人聽聞的人間魔窟」。