在經歷了1958年的社會主義革命的建設之後,東黃寺蕩然無存了,成了如今北京人總說起的「黃寺總政大院」。西黃寺「僅剩下清淨化城塔及清淨化城塔院」,並且在文革中險些被拆。到了「1987年9月1日,中國藏語系高級佛學院在西黃寺的清淨化城塔院正式成立,十世班禪親自擔任第一任院長。」而如今,西黃寺還是「現任班禪喇嘛常居地,由中共中央統戰部管理。」