法輪功學員並沒有被嚇倒，他們從修煉的親身體驗知道這些抹黑的指控純屬子虛烏有，他們都是在做好人，沒有任何可被指責、污衊之處。同時，面對這些無端的打壓，他們一次次以大善大忍的胸懷默默忍受，給那些打壓者機會了解什麼是修煉，修煉者是怎樣的人。很多學員冒著失去工作甚至坐牢的危險給中央領導寫信，用親身經歷證實法輪功對社會是有益的，對當政者沒有任何威脅。
鑑於中共公安與宣傳部門對法輪功打壓造成社會的波動，國家體育總局曾於1998年派出調研組到長春和哈爾濱對法輪功進行調研，結論是「我們認為法輪功的功法功效都不錯，對於社會的穩定，對於精神文明建設，效果是很顯著的，這個要充分肯定的。」。【2】1998年下半年，以喬石為首的部份全國人大離退休老幹部，對法輪功進行了一段時間的詳細調查、研究，得出「法輪功於國於民有百利而無一害」的結論，並於年底向江澤民為首的政治局提交了調查報告。出於對喬石的嫉恨，江澤民對該報告大為不悅，批示：「寫得玄玄乎乎，我看不懂。」並將報告交給一直對法輪功持打壓態度的羅干去處理。羅干心領神會，加大打壓法輪功的動作。掌握公安系統的羅干利用對法輪功懷有敵意的某些科痞開始策劃更大的陰謀。
科痞
中科院院士何祚庥就是這樣的一個馬前卒。1951年從清華大學物理系畢業時，因為發表了「自然科學是有階級性的」論點，何被中共中央宣傳部看中，分配到了中宣部。何是後來才又搞起理論物理，但重點仍是用馬克思主義哲學去研究物理。何祚庥學術上最大的研究成果就是提出了基本粒子的所謂「層子模型」，並發了論文，題為《用毛澤東思想指導基本粒子研究》，認為「層子」也是可分的，可分為「無子」、「毛子」等等更小的粒子。取名「無子」、「毛子」是暗指「無產階級之子」、「毛主席之子」。何祚庥在中科院是一個很有爭議的人物，頂著科學家的帽子，其實是個緊跟中共形勢的政治人物，有「科痞」之稱。
圖為江澤民的爪牙何祚庥
例如，上個世紀初凱庫勒發現苯的環形結構，之後數十年化學家對此結構一直知其然不知其所以然，後來諾貝爾化學獎得主泡林提出「共振論」概念，合理地解釋了凱庫勒模型，此為量子力學在化學結構學的開始。但是何祚庥等指責已經被證明的凱庫勒模型是「階級調和論在科學界的反映」，中國大批的結構化學專家因此受株連而被檢查「資產階級立場」，導致中國量子力學研究受到嚴重衝擊而長時間中斷。
抱著馬克思主義的無神論不放的何祚庥，對於帶有中國修煉傳統的氣功懷有先天的敵意。何在接受中央電視台採訪時，曾不經意間流露出一句真心話，說他攻擊法輪功的勇氣原來還出於「我的背後有共產黨」。
1998年5月中旬，何祚庥在北京電視台「科技之光」節目中誹謗法輪功。法輪功學員去電視台澄清真相。北京電視台了解了情況後，做出了更正。何祚庥在北京沒有了市場之後，就跑到天津。1999年4月11日，他在天津教育學院《青少年科技博覽》雜誌發表文章，繼續用那些謊言來誣陷法輪功。文中，他污衊法輪功致人得精神病，並暗喻法輪功會像義和團一樣亡國。天津的一些法輪功學員認為有必要向天津有關方面澄清事實真相，並期望通過與雜誌編輯部的交涉來消除該文章的錯誤影響。因此，4月18日至24日，一些學員前往天津教育學院及其它相關機構反映實情。開始的時候，編輯部的領導出面接見了法輪功學員，表示願意更正這一不實的文章，但第二天卻突然改口，拒絕更正。後來的事態發展表明，何祚庥這一次並不是單獨行事，而是與升任的中共中央政法委書記羅干聯手。4月23、24兩日，天津市警局動用300多名鎮暴警察毆打反映情況的法輪功學員，導致學員流血受傷，並抓捕45人。天津市政府的官員還告訴上訪學員，這件事天津管不了，要說明情況就要找上級--北京的中央政府。當法輪功學員請求放人時，被告知公安部介入了這個事件，如果沒有北京的授權，被逮捕的法輪功群眾不會得到釋放。天津的公安亦向法輪功學員建議：「你們去北京吧，去北京才能解決問題。」
「四二五」萬人上訪
1999年4月25日，一萬多名法輪功學員到北京位於中南海附近的國家信訪辦集體上訪。當時的總理朱鎔基出面接待了法輪功學員，責成信訪局負責人與學員代表座談。在對話中，法輪功學員提出了三點要求：1)釋放兩天前在天津被抓的法輪功學員;2)給法輪功一個公正合法的修煉環境;3)允許法輪功的書籍通過正常渠道公開出版。
整個過程中共的公安部門完全是知情的，而且準備擴大事件製造鎮壓藉口。在4月24日晚，就已經有許多外地法輪功學員乘大客車進京上訪。同時，中共內部知情者已經通知勸說他們修煉法輪功的家人第二天不要去信訪局，因為警察已經布置好了要抓人。
4月25日清晨，當大批法輪功學員們來的國務院信訪辦公室時，卻有警察出面將法輪功學員領向中共中央領導人的辦公地點中南海。法輪功沒有組織，也沒有人指揮，學員都很善良，聽從警察的安排，讓往哪兒走就往哪兒走，讓站在哪兒就站在哪兒。結果被分成兩路，一路從南向北走，一路從北向南走，由警察指揮、安排成了對中南海包圍之勢，陷入了中共的圈套。後來中共鎮壓法輪功時，就將此誣陷為法輪功「圍攻中央政府」。
設下圈套後，警察在早晨8點多鐘開始戒嚴，來了許多警車，密集的一排武警與法輪功學員面對面地對峙站著，扛著攝影機的人在車裡來回攝影，為秋後算帳作準備。路上除了警車就是警察，還有便衣。中南海圍牆內出現了頭戴鋼盔、荷槍實彈的軍隊，氣氛恐怖。
法輪功學員通過修煉而達到的高尚境界在這一天的上訪中得到了充分的展現。當天，屢屢在媒體上污衊法輪功的何祚庥在便衣的保護下也一直在上訪現場，法輪功學員沒有一個人與之發生衝突。有些假扮法輪功學員的便衣煽動大家喊口號，法輪功學員也沒有理會他們。上萬法輪功學員整體平和而有序，在馬路與人行道之間站成三人厚的一排以避免阻礙交通。他們勸好奇的行人不要圍觀，以免造成堵塞交通。他們撿起汽車和行人丟下的垃圾，撿起警察丟下的菸頭，還把警察吐的痰都擦乾淨了。法輪功學員的祥和很快地消融了武警們緊張的對峙情緒，也於無形中消除了戒嚴。一位女警察感動的說：「看看，什麼是德?這就是德!」
當天早上，當國務院總理朱鎔基看到龐大的上訪人群時，他走出中南海，直接來到法輪功學員中。朱鎔基開場就說：「你們有宗教信仰自由嘛!你們有什麼問題，你們派代表來，我帶你們進去談」，並隨機點了三位法輪功學員進入中南海與信訪局長會談。在談話中，法輪功學員才知道朱鎔基曾就法輪功修煉的問題有過批示，卻不知被何人扣壓沒有傳達。【3】
在國務院工作人員和法輪功代表會談了一整天，其間，學員們一直在外靜靜等候。到了晚上9點多鐘事情有了初步的結果，天津被捕學員得到釋放，法輪功群眾隨後靜靜的散去，地上連一片碎紙都沒有留下。事件和平落幕，這就是後來所說的「四二五萬人大上訪」。
作為「六四」之後中國最大的一次群眾聚集事件，西方媒體也廣為關注。對於「四二五」上訪的和平解決，國際觀察人士和媒體給予法輪功和朱鎔基以很高評價，將其視為中共政府與民間協商解決社會問題的先例與向文明社會邁進的里程碑。
