春節即將到來，在傅家甸闖關東的人即將大規模返回山東。如果沒有任何的控制措施，瘟疫，將可能會蔓延到整個中國。
38個小時後，伍連德終於收到了清政府的回信。出乎意料的是，朝廷決定免去梅斯尼參與鼠疫防疫的任務，由伍連德繼續領導鼠疫防疫小組的工作。
身穿戎裝的伍連德
次年1月4日，後援力量陸續趕到了哈爾濱。十多名醫生相繼加入了伍連德的隊伍，他終於有了一支可以調動的防疫隊伍。
信心大增的伍連德決心要找到鼠疫桿菌的源頭，他想到了自己最開始解剖的那具女屍。那個女人和一個皮貨商一起居住，而那個皮貨商經營的是貂皮和旱獺皮。
難道是貂或者旱獺的皮毛上攜帶有鼠疫桿菌嗎？伍連德開始了對皮毛的調查果然，在旱獺的皮毛里，他發現了鼠疫桿菌的存在。
原來，生活在高寒地區的俄國人喜愛貂皮大衣，可貂皮產量有限，有些獵人便開始捕捉草原旱獺仿製成貂皮大衣。巨大的利益刺激著捕獵者們，他們開始大肆的捕捉草原旱獺。
在當地，有經驗的獵人自然不會去捕捉生病了的旱獺。可闖關東的新移民們沒有這樣的顧忌，他們大量捕殺巢穴里動彈不得的病疫旱獺，從而導致了病菌的傳播。
正當大家因為找到了鼠疫傳播源頭而高興的時候，一個意外的消息讓他們的心情都低落到了谷底——梅斯尼由於接觸了鼠疫患者而患病去世了。這個消息猶如震撼彈般投向哈爾濱，最有希望對抗鼠疫的專家死於鼠疫，這讓人們感到更加的絕望。
人們將所有的希望都放在了伍連德的身上。與此同時，伍連德也得到了空前的支持。
他立即封鎖了經過哈爾濱的日俄鐵路，禁止鐵路營運，還讓俄國鐵路局的最高指揮官為他調集了100節空車廂。這些小車廂通風好，易於消毒，很快成為了鐵路線上的最佳隔離所。
關閉學校，撤空客棧，他將患者都隔離到這些已經沒有人的地方。他要求醫務人員必須帶上口罩，避免飛沫傳播，下班後要經過仔細消毒，以免攜帶鼠疫桿菌。
在伍連德的組織下，防疫人員挨家挨戶檢查疫情。一旦發現感染病例，立即將患者送到防疫醫院進行隔離，並對其家人進行觀察。
伍氏口罩
然而，即便伍連德採取了如此嚴格的防疫措施，這次的鼠疫卻仍然瘋狂肆虐，每天死於肺鼠疫的人數都在不斷上升，近半數的防疫人員也死於鼠疫。
恐懼與絕望的情緒仍然籠罩在哈爾濱上空，伍連德知道，自己必須做點什麼來安撫大家的情緒才行。
冬天的哈爾濱分外寒冷，土地硬得像石頭，無法埋葬的病疫屍體排了一公里長，滿滿當當地堆在哈爾濱城北的墳場。任何途徑這裡的人，都會被眼前的景象驚呆。這裡，更像是一個儲存鼠疫桿菌的大冰櫃。
無法土葬，或許火葬是一個可行的方法，伍連德想到這裡，被自己驚出了一身冷汗。在思想還沒有開化的時代，火葬，簡直就是大逆不道。
可若是不處理這些屍體，將會是一個極大的隱患。此時的傅家甸，已經有四分之一的人死於肺鼠疫。除夕之夜，在伍連德提交請求火葬的要求3天後，他收到了清政府允許火葬的批文。1911年1月31日，被肺鼠疫奪去生命的人們被集體火葬，這是中國歷史上第一次大集體火葬，大火燒了整整3天3夜。
火葬完成後，整個哈爾濱的患病人數急劇下降。時值春節，城市裡充滿了歡聲笑語，肺鼠疫的陰影逐漸被驅散。完成了火葬的一個月後，哈爾濱防疫總部收到了最後一例死亡報告，伍連德也宣布解除對哈爾濱的封鎖隔離。
至此，奪去東三省6萬人生命的流行大鼠疫宣告結束。
