中國全國人大通過「港版國安法」當天，日本召見中共駐日大使孔鉉佑，表達「深切擔憂」。
日本外務次官秋葉剛男5月28日在外務省召見中共駐日大使孔鉉佑，傳達日本上述立場的同時，官方長官菅義偉也公開表示，日本將與相關國家合作並妥善應對（香港局勢變化）。
但據日本共同社報導，為避免影響日中關係，日方沒有在召見中共大使時提出抗議。這反映出，日本與暗示將實施制裁等態度強硬的美國之間存在差距，原因是日本首相安倍晉三重視習近平能否作為國賓訪問日本。
安倍晉三當天離開首相官邸時，被媒體問及有關中共強推香港國安立法的問題，但安倍晉三沒有發表看法。
