時隔近兩個月後，北京再次爆發疫情，北京市四個區出現了疫情，而且擴散到遼寧等省，而北京豐臺區花鄉地區被列為「高風險地區」。中共體制內專家稱，目前分離出的病毒株並不像中國流行的類型。
另外，北京的疫情擴散到其它省份。遼寧省6月12日新增的2例確診，都是北京病例的密切接觸者。6月13日，北京朝陽區京旺家園五區居民王某某在瀋陽出差期間，被確診為無症狀感染者。
由於中共官方一直隱瞞確診人數和死亡人數，所以北京這次爆發疫情的確診數據是否真實，目前外界還不得而知，但北京市早在6月13日召開疫情防控工作時就宣稱，「北京已進入非常時期」。
中共國務院疫情風險等級查詢小程序顯示，截至6月14日15時，北京市豐臺區花鄉地區升級為疫情「高風險地區」，也是大陸唯一的疫情「高風險地區」。
北京市已有四個區8個街鄉被列為疫情「中風險地區」，分別是：西城區月壇街道、金融街街道，豐臺區西羅園街道，房山區長陽鎮，大興區林校路街道、高米店街道、西紅門地區。
體制內專家：目前分離出的病毒株不像中國流行的類型
6月13日，中共國家衛健委高級別專家組成員、疾控中心流行病學前首席科學家曾光對陸媒「時代財經」說，目前北京經受的這一次疫情，可能是全國疫情相對平靜後最大的一次考驗，「如果處理不好，會形成第二波疫情」。
他還披露，中共國家國家衛健委、疾控中心的專家隊伍已經參與了疫情工作，而且已經分離出病毒基因，「基因測序的初步結果顯示，病毒毒株不像是國內流行的類型」。
曾光稱，目前已經做了兩例樣本檢測，還要繼續擴大檢測，這對判斷疫情走向有很重要的作用。
