台灣國防部為了國防部大樓設電磁脈衝防護一事遭監院糾正。（粵語組製圖）
在台灣，國防部是最早就進行電磁脈衝防護的政府單位，還曾規劃投入2.6億元（新台幣，下同），為國防部大樓設置電磁脈衝防護設施，但相關項目半途而廢，因此遭到監察院的糾正，批評相關計劃制定過程有問題，嚴重浪費公帑。
根據監察院糾正案文指出，國防部早在2002年4月就提出電磁脈衝防護設計，並在2005年核定由中科院執行這項「電磁脈衝防護屏蔽隔離系統需求計劃（電磁脈衝防護案）」，建構高空核爆電磁脈衝（HEMP）屏蔽防護室，計劃經費合計2億6654萬餘元。
但根據監察院糾正案文指出，國防部後來以項目的總預算將超出行政院核定總經費為由，於2006年10月正式令頒停止。不過，軍方又在2012年核定「電磁脈衝防護設施的補強計劃」，並再投入約5千萬元補充經費，文件直指相關項目的決策過程「凸顯軍方決策反覆所造成的矛盾及浪費」。
台灣行政院國土安全辦公室曾要求各單位強化電磁脈衝防護能力，並且納入國家安全演練項目，政府各機關應將電磁脈衝防護設施納入規劃，一旦遭到電磁脈衝攻擊時，就可在最短時間內恢功能。
