秦可卿是金陵十二釵中最早死去之人。
她的死給她的身份帶來了重重迷霧。
首先是宮裡的掌權太監戴權對她格外重視。秦可卿死後的首七第四日，戴權先備了祭禮遣人來，次後坐了大轎，打傘嗚鑼，親來上祭。賈珍趁機替賈蓉買官，戴權只收了1200兩銀子，就給了個五品龍禁尉，讓秦可卿出殯時有官場儀仗。
太監做為皇宮裡的人，是不能隨意出門，戴權大搖大擺的出現，表明秦可卿身份特殊。
其次，秦可卿死後，用的是忠義王老千歲才能用的棺木。薛蟠向賈珍提起時，賈政當場認為不妥當，但是賈珍執意為之，也讓人猜疑秦可卿的身份特殊。
秦可卿不僅死後出殯規格特別高，平時她的生活中也透露出許多皇室氣息。
賈寶玉到她屋裡午睡時，看到的情形是這樣的：武則天當日鏡室中設著的寶鏡，一邊擺著飛燕立著吾過的金盤，盤內盛著安祿山擲過，傷了太真乳的木瓜，上面設著壽昌公主於含章殿下臥的榻，懸的是同昌公主制的連珠帳……這是物品均是歷代皇家女人所用。
薛姨媽讓周瑞家的送宮花，送給王熙鳳後，王熙鳳馬上讓人給秦可卿送了兩朵，而對這種行為，有一首詩進行了解讀：「十二宮花色最新，不知誰是惜花人。相逢若問何名姓，家住江南姓本秦。」此詩若明若暗指出，秦可卿可能來自於宮中。
秦可卿生病期間，三四個太醫輪流為她診病，她一天換四五遍衣服。這個舉動讓賈珍和婆婆尤氏都很擔心，表面是擔心她受折騰，有人認為是她在太醫面前的這個舉動容易暴露自己的真實身份。
還有，秦可卿死前託夢給王熙鳳，她的遠見卓識更顯示她與眾不同，尤其是她透露出賈元春即將封妃省親，更彰顯出不凡身份。
那麼秦可卿真的是公主嗎？
如果是公主，賈珍一個世襲的官，怎麼可能在她身上功夫，鬧出「爬灰」的醜聞？如果她真的是公主身份，怎麼可能「淫喪天香樓」？
事實上，秦可卿的並非公主身份。
紅樓夢第九回寫的清清楚楚：他父親秦業現任營繕郎，年近七十，夫人早亡。因當年無兒女，便向養生堂抱了一個兒子並一個女兒。誰知兒子又死了，只剩女兒，小名喚可兒，長大時，生的形容裊娜，性格風流。因素與賈家有些瓜葛，故結了親，許與賈蓉為妻。
脂硯齋對此有過兩種批註：
夾批為：出明秦氏究竟不知系出何氏，所謂寓褒貶、別善惡是也。秉刀斧之筆、具菩薩之心亦甚難矣，如此寫出可兒來歷亦甚苦矣。又知作者是欲天下人共來哭此情字。」
眉批為：寫可兒出身自養生堂，是褒中貶。後死封龍禁尉，是貶中褒。靈巧至於此。
當然這兩種批註寫的比較含蓄，不同人可以從不同注釋中得出不同結論。脂硯齋擔心讀者不懂，還專門留下2字批註。
紅樓夢第十回，《金寡婦貪利權受辱，張太醫論病細窮源》一章最後總評中，脂硯齋留下珍貴批註：欲速可卿之死，故先有惡奴之凶頑，而後及以秦鍾來告，層層克入，點露其用心過當，種種文章逼之。雖貧女得居富室，諸凡遂心，終有不能不夭亡之道。
「貧女得居富室」不僅寫秦可卿得病的根由，更透露出秦可卿的身份：貧女！
「貧女」這兩個字是指貧家之女。秦家雖然比普通人家要好一些，但是比起賈家來說，卻是貧寒之家。秦鍾想到賈家學堂讀書，24兩拜師禮還要東挪西湊。上學期間，賈母可憐秦鍾，留住留吃。秦鍾死前，念念不忘的就是家裡攢下的銀子。這些都深刻地表明秦家其實是「貧寒之家」。所以從脂硯齋留下的批註來看，秦可卿是貧女不是公主！
