方舟子和崔永元的「掐架」愈演愈烈，早已從最開始對「基因改造」的分歧，脫軌到了人身攻擊和商業質疑，兩人互相攻擊對方名下基金「有問題」。13日，方舟子在微博貼出訴狀，認為崔永元多條微博言論侵犯其名譽權，要求對方道歉，並賠償精神損害撫慰金30萬元。「我認為你勝訴的機率等於零」，崔永元在微博中回應。昨日，崔永元更稱方舟子常年收黑基金，上法庭後「肘子要為謠言付出慘痛代價」。
「基因改造」爭論演變罵戰
2013年9月，在一場基因改造玉米試吃活動中，科普作家方舟子說：「品嘗基因改造玉米雖無科學研究價值，但有科普價值，應當創造條件讓國人可以天天吃基因改造食品。」此言一出，立即引起國人對於基因改造食品是否安全的巨大爭議。
原央視名嘴崔永元公開表態：「我不了解的東西，那麼我可以選擇不吃，我不願意做第一個吃螃蟹的勇士，這是我的權利。」崔永元的反對之聲立刻遭到方舟子在微博上的炮轟。
崔永元發微博表示：「你可以說你懂『科學』，我有理由有權利質疑你懂的『科學』到底科學不科學。你可以說我白痴，我也可以說你白吃。」雙方隨後進行了激烈的爭論。方舟子聲稱一開始他覺得還可以，但隨後崔永元的言論轉變為對他的造謠、謾罵，轉發微博說他「騙錢在美國買了一套67萬美金的房子」，他覺得有必要回應一下。
方舟子索賠30萬撫慰金
方舟子13日貼出了民事訴狀，稱經初步整理，發現崔永元自去年11月15日起先後發表了數十篇微博信息攻擊自己，其中用了「以肘子為頭目的網絡流氓暴力集團」、「肘子最髒，坑蒙拐騙都幹過，可它是三無人員臉皮又奇厚」、「騙子」、「流氓」等大量明顯侮辱、誹謗自己的內容。
方舟子指責崔永元微博無事實依據，要麼沒有事實依據是惡意誹謗，要麼是公然侮辱，使其名譽受到嚴重損害。而在他公開表示要起訴後，崔永元公開表示：「太好了!就等這一天呢!咱們法院見!」非但不收斂其不法言論，反而繼續肆無忌憚地惡毒侮辱、誹謗，「足見其惡意。」因認為崔永元的言論明顯違反法律規定，侵害了自己的名譽權，方舟子提出了30萬元精神損害撫慰金的索賠要求。
據稱，方舟子律師已於昨日向海淀法院立案庭遞交相關材料。
崔永元稱方勝訴機率為零
針對此事，崔永元在實名認證的微博上回應：「肘子訴狀寫完了，現在可以有時間整理一下自己造過多少謠、侮辱過多少人、犯過多少次法了。新春伊始，萬象更新，你重新做人的機會到了。不得不表揚的是，你終於選擇了一次正確地解決問題的方法，早知如此，何必當初。」
崔永元認為方舟子「勝訴的機率等於零」，「還是要鼓勵你走正路不走邪路。」
基金成兩人下個靶子
聊夠了「基因改造」，兩人質疑對方的重點又重合到另一件事上——基金。方舟子稱，「中國紅十字基金會是做慈善的，為什麼以《口述歷史》為主要項目的崔永元基金會能掛靠在它下面?口述歷史也是慈善?根據崔永元公益基金管理規則，可提取使用支出額的10%作為管理和行政費用，那就是2000萬元。我突然對崔永元的『正常收入』很感興趣。」而崔永元隨後連續發布了四條微博回應方舟子，並稱方舟子「黑基金」不敢向公眾公開。
昨日，崔永元更在微博上稱，「肘子耗資數根毛髮把我的基金查了個遍，只可惜它常年收黑基金，根本不知道正規的公益慈善如何在陽光下運作。我不回答，到法庭上見，只有黑基金才會見光死。只是肘子要為這些謠言付出慘痛代價。」此外，他還曬出了一張兩億元的捐款聲明，並附言「北京市永源公益基金會及理事長崔永元感謝地球衛士捐款兩億元。希望大家監督善款善用。」