建於明朝初年的北京紫禁城，原來暗藏了元朝皇宮遺址。據北京故宮博物院考古研究所所長李季表示，這元朝遺址位處紫禁城內的隆宗門西側，是故宮考古的突破性發現，對研究紫禁城元明清三代和北京城中軸線的變遷，乃至紫禁城歷史及中國古代建築史均具有極為重要的意義。
經專家確定後，遺址從上到下共跨越四個年代層：最上層是清代中期的磚鋪地面和磚砌排水溝；第二層是明代晚期的牆磚、鋪磚地面等建築；第三層是明代早期的建築基槽；而第四層是素土夯築層和夯土鋪磚層基槽，專家結合出土物推斷該地層年代屬於元代，「裡面一個明代的碎片都沒有」，是故宮考古中首次發現。
李季指，多年來元大都和元朝皇宮的所在地一直撲朔迷離，而故宮作為皇族遺址，處於元明清的核心地帶，所以專家推斷元代皇宮可能在現存的紫禁城附近，或是西側至北海瓊島區域。這次故宮考古首次發現的元代地層，則可以確定元朝皇宮正位於紫禁城內，而具體位置則有待未來進一步挖掘。