武漢病毒研究的工作人員在從事蝙蝠試驗。（武漢病毒研究所圖片）。
截止消息報導之時，「中共病毒」（又稱薩斯2號病毒、新冠狀病毒、COVID-19）疫情已經導致全球50多萬人死亡，全球經濟陷入衰退，就在聯合國準備派人前往中國大陸了解「中共病毒」（又稱薩斯2號病毒，新冠狀病毒、COVID-19）病毒起源之際，中共還在甩鍋，要求世衛也派專家前去西班牙調查；而星期日泰晤士報的調查發現，COVID-19病毒與武漢病毒研究所早在2013年從雲南墨江通關的一個廢棄銅礦中得到的RaBtCoV/4991有96.2%的相似度，而且RaBtCoV/4991病毒曾經導致3位中國礦工死亡，但是武漢病毒研究所卻從來不曾公開承認這一點。
文章質疑武漢病毒研究所在2013年發現這麼重要的RaBtCoV/4991病毒時為何不公布於眾，而且為何從來不提及這三位礦工的死亡；2013年從通關山洞中採集的RaBtCoV/4991病毒就存放在武漢病毒研究所所中，而2020年的COVID-19病毒也是從武漢爆發的，這之間有聯繫嗎？
昆明的六位神秘病患
文章披露，2012年4月24日，一位出現了嚴重的肺炎症狀，有生命危險的45歲高姓男子被送入昆明醫學院第一附屬醫院的重症病房；25日，一名42歲的姓Lv的男子出現同樣症狀，也被送入該醫院；然後4月26日，一名63歲周姓男子、26歲劉姓男子和32歲李姓男子也與高姓男子一樣被送入該醫院的重症病房；一周以後的星期三，5月2日，一名30歲吳姓男子又被送入重症病房。
這六位病患都是在是昆明墨江通關鎮一個廢棄銅礦工作，其中有些人在工作了兩周之後染疫，還有些人只工作了幾天後就染疫，他們的症狀非常類似，都在發了39度以上的高燒，而且都出現了咳嗽和四肢酸痛等症狀，這六人中還有五人都出現了呼吸困難。
當63歲周姓和42歲Lv姓病患去世後，醫生為剩下的四位病患進行病毒性出血熱（haemorrhagic fever,）、登革熱（dengue fever）、日本腦炎（Japanese encephalitis）和流感、薩斯（SARS）病毒等測試，但是測試結果全為陰性。這令醫生們感到震驚。這些醫生於是諮詢了鍾南山，鍾南山估計這可能是一款類似於薩斯的病毒，並要求醫生對這些病患進行抗體測試。
醫生們於是請求武漢病毒研究所（WIV）為這些病患進行抗體測試，並發現這些病患都沒有染上薩斯病毒，然而他們體內都出現了一種對抗一種類似於薩斯的、尚不為人知的病毒的抗體。隨後其中兩位病患痊癒出院，醫生發現他們體內的這種抗體的含量都高於尚住院的兩位病患，隨後又有一位病患在醫院中死亡，因此這六名病患中有三位病患死亡。
調查發現，武漢病毒研究所的一個保護得非常好的六人團隊於2012年8月至2013年7月前往通關的這個廢棄銅礦中進行了將近一年時間的實地調查，這個團隊隨後給武漢病毒研究所送回了數千多份蝙蝠糞便樣品進行存儲和研究，這些樣品被置於零下80度的溫度下送回武漢病毒研究所進行分析和保存。
武漢病毒研究所的石正麗團隊於2016年2月份的報告顯示，他們在這個廢棄銅礦中的蝙蝠身上發現了薩斯病毒，（薩斯病毒於2002年11月在廣東出現，在蔓延期間導致29個國家的8，096人染疫，導致774人死亡，但在蔓延8個月後卻逐漸消失了。）；同時發現了一株類似於薩斯的病毒。石正麗團隊於2016年2月在一份報告為這款病毒命名為RaBtCoV/4991病毒。[page]
然而雖然這個RaBtCoV/4991與COVID-19的相似度為96.2%，但是這份報告也僅是一筆帶過，而且報告中也不曾提及那這六位礦工由於此病毒而染疫。星期日泰晤士報的記者因此在質疑，他們在隱瞞什麼。
倫敦帝國學院的傳染病系的系主任，英國政府緊急情況科學諮詢小組（SAGE）成員巴克萊（ Wendy Barclay）教授對此非常驚訝，因為武漢病毒研究所在發現這麼重要的致人死亡的病毒後卻沒有上報，她說：「如果是我們，我們一定會將關於這個病毒的整個歷史，包括這種病毒都是從哪裡在什麼時候得到的等消息上報的。」
澳大利亞福林德斯大學（Flinders University）的醫學教授彼得羅夫斯基（Nikolai Petrovsky）則好奇從2003年到2020年，武漢病毒研究所拿這些樣品都做了些什麼。他認為石正麗團隊去通關的山洞就是去調查這種病毒，在了解到這種病毒能夠致人死亡後，哪怕是為了收集些更多的樣本他們都會再次回到那個山洞。
P4的武漢病毒研究所在從事有爭議的研究
報導表示，武漢病毒研究所（P4實驗室）於2017年建成，這是一個由中共的軍隊的承包商在嚴密保密下建造的頂級安全實驗室。雖然全球有31個這種P4實驗室，但是武漢病毒研究所是中國大陸的首個P4實驗室。然而，雖然中共當局聲稱這是最高級別的P4實驗室，但是外國科學家和生物安全專家都擔心，他們認為中共的不透明性和其森嚴的等級制度將不適於管理這種危險的實驗室。
在該實驗室剛剛建成時，生物安全顧問特雷凡（Tim Trevan）就曾表示允許多樣性的觀點、為人們提供可以暢所欲言的環境以及保證信息的公開，對於管理類似P4這樣的實驗室非常重要，而這顯然都是武漢病毒研究所所缺乏的。
而2018年1月，美國駐北京使館還曾經罕見地派兩位使館科技人員前往武漢病毒研究所視察，並會見了石正麗和其團隊。美國使館於2018年1月19日發給美國政府的電報顯示，「這些研究員發現，（在這個實驗室中）不同類型的薩斯冠狀病毒可以與人體第二型血管收縮素轉化酶（ACE2）受體產生作用，這意味著來自於蝙蝠體內的薩斯-冠狀病毒可以傳染給人類，並引發類似於薩斯一樣的疾病。」美國使館官員還對這些實驗室的安全度表示擔憂。他們在電報中寫道：「在與武漢病毒研究所的研究人員交談中，我們發現這個新實驗室嚴重缺乏受到得當培訓的技術人員，和能夠安全操作這高風險性實驗室的調查人員。」
更重要的是，這個研究所在進行非常有爭議的實驗。武漢病毒研究所於2015年至2017年發表的報告中提到，他們在從事的「病毒感染性實驗」，這種實驗欲測試不同的冠狀病毒的片段接觸或相互反應後的感染性是否會增加，變得更容易在人體傳播。由於這種實驗可能會令蝙蝠身上的冠狀病毒變為一種可以引發大型傳染病的病原體，因此美國政府於2014年頒布法律，禁止為這種項目撥款。
報導表示，石正麗接受美國媒體採訪時曾表示，她於2019年12月30日得到消息，武漢出現了一株新冠狀病毒時，她正在在上海開會，而她得到這個消息後的第一反應就是自問，「難道我們研究所的病毒外泄了？」她說：「我當時非常困惑也極其擔憂，我在好奇是不是武漢當地的衛生系統搞錯了，因為我完全沒有料到這種事情會在武漢——中國的中心發生。」
RaBtCoV/499l被更名為RaTG13其與COVID-19相似度為96.2%
石正麗於2020年2月3日在一份報告中表示，COVID-19病毒與武漢病毒研究所從蝙蝠身上採集到的一款名為RaTG13的相似度高達96.2%，其報告得出的結論是，這種相似性說明COVID-19病毒可能源自於蝙蝠。但是這份報告中也只是提及，這種病毒是於2013年從雲南的一種名為中菊頭蝠（Rhinolophus affinisbat）上採集到的，因此被稱為RaTG13，完全沒有提及這款病毒的歷史。
但是在中科院的資料庫中表明了這款RaTG13就是該研究所於2013年發現的RaBtCoV/4991，在中科院的資料庫中還標明，這款RaBtCoV/4991（即RaTG13）是2013年7月24日在通關山洞中採集的一批冠狀病毒中的一株，曾經在2016年2月份的報告中被提及。
而印度和奧地利的研究人員也發現，2016年報告中提及的RaBtCoV/4991與RaTG13相似度為100%；並認為RaTG13與COVID-19病毒的相似率為98.7%。
曾經在武漢病毒研究所工作了15年的Peter Daszak也對星期日泰晤士報的記者證實，RaTG13就是該研究所從通關山洞中發現的RaBtCoV/4991。
他回憶說：「那只是我們採樣的16，000隻蝙蝠的樣品之一，當時是一個糞便樣品，我們將其放入試管，置於痰液中送回實驗室，並對其中的一個短片進行了測序。」
RaBtCoV/4991怎麼變成COVID-19的？
有些專家表示，雖然RaBtCoV/4991的相似度與COVID-19高達96.2%，但是要令RaBtCoV/4991在自然狀態下變異為COVID-19也將需要50年的時間，但是美國羅格斯大學瓦克斯曼微生物研究所埃布萊特（Richard Ebright）對於COVID-19病毒的出現並不吃驚。
他認為武漢病毒研究所對於RaBtCoV/4991可能做了手腳，他說武漢病毒研究所一直都在使用那種可以將RaBtCoV/4991變成與COVID-19病毒的技術。他說：」完全是同樣的技術和實驗策略就能夠將RaBtCoV/4991病毒變成與COVID-19一摸一樣的病毒。」
報導表示，前幾周，有些學者曾經致函「自然」雜誌，希望武漢病毒研究所能夠提供一份關於COVID-19病毒的勘誤表澄清樣品等來源，但是武漢病毒研究所未對此做出任何答覆。此文的作者表示，他們曾經致函武漢病毒研究所，詢問關於RaBtCoV/4991的問題，例如他們為何不承認曾經導致礦工死亡的、從雲南通關山洞中發現的RaBtCoV/4991與COVID-19非常相似的問題，也沒有得到任何回復。