1966年9月27日，中共的「國慶節」快到了，北大這些「反革命分子」難受的日子也到了。學校命令他們立即下鄉，向達也去了。下鄉以後，分為兩組。一組是嚴重的「牛鬼蛇神」，二組的罪行較輕。向達在一組。那時，他有尿毒症，腿腫，走路疼痛。他找監管的醫生，醫生不給他看病，只給他消炎片。哪知他這病不能吃消炎片，越吃越壞。鄧廣銘等人10月14回到北京，向達因「問題嚴重」不能回家。
到了十年文化大革命期間，曾經的大右派向達，自然在劫難逃。向達是文革爆發後第二批被揪出批鬥的「牛鬼蛇神」。向達躺在床上對夫人說：「我恐怕是過不了這一關了。」夫人哭問：「你要是死了，我怎麼辦？」向達指著地上的書說：「我一生的積蓄都在書上，我死後你就賣書度日吧。」向達去世不久，他留給夫人的書，全部被中央文革小組的人偷走了，一本不剩。其中很多書極為珍貴，不乏善本。
第一個炮轟他的是北京大學副校長、被稱為中國著名馬克思主義史學家的翦伯贊。翦伯贊在長篇發言中，揭露了向達一貫的「反共反社會主義罪行」。他揭發說，向達攻擊黨的領導，把中國科學院一些行政幹部比喻成「張宗昌帶兵」，「既是外行又不信任人」；形容中國的「科學家是街頭流浪者，呼之則來，揮之即去」；「現在的史學界之所以奄奄一息，是和范文瀾的宗派主義分不開的」。
