「反右運動」開始後,穆旦因為在《人民日報》發表了《九十九家爭鳴記》再一次被監視居住,隔離審查。1958年12月,穆旦因參加遠征軍和出任「中校英文翻譯」的歷史,被中共法院以「歷史反革命分子」的罪名判處三年勞改,「接受機關管制」。文革的風暴掀起,穆旦自然首當其衝,被紅衛兵抄家、批鬥,並被關進「牛棚」。1977年2月,穆旦因心臟病發作去世。1979年,穆旦被中共「平反」,1981年,他的譯作《唐璜》出版。