將主要負責人抓捕拷打逼供,並將曾煥干、李鐵等城工部負責人、幹部和陳書琴處死,最終有117名地下黨被處死,1,276名地下黨員被除名。其中閩浙贛地下軍副司令曾煥干,學生時代即參加地下工作,還擔任過中共閩北地委常委,被殺死時才28歲。1949年8月24日,中共瓊崖黨組織召開宣判大會,宣布瓊崖地下學聯是偽裝進步學生的特務組織,21人被槍決。據說他們臨死前還在高呼「共產黨萬歲」,至死都沒有認清自己上了中共的當。
很多時候,銀幕上榮耀、神氣的娘子軍遮蔽了現實中困頓、柔弱、流離失守的女兵。舞台上「又紅又專」的娘子軍們,並不代表真實的人生,她們中因為曾經被國民黨俘虜或是嫁「錯」了人,在「文革」中被打為叛徒、反革命、特務的案例並不少見。厄運早在1949年後的土改、鎮反運動中就陸續降臨到一些人頭上。