文革爆發後,高崇民被劃入由「彭真、林楓和呂正操等陰謀策劃叛黨投敵集團案」引發的「東北叛黨集團」,被列入這個集團的還有張學良的弟弟張學思等。高崇民等人先後被關押審查,1968年10月,高被抓進監獄,被誣陷為是「軍統特務」,他拒不承認。1971年7月,81歲的高崇民在獄中被迫害致死,這是中共卸磨殺驢的又一典型例證。