中共軍隊不僅貪腐嚴重，更涉及活摘法輪功學員器官的驚天黑幕。海外「追查迫害法輪功國際組織」(簡稱「追查國際」)的報告稱，中共軍隊醫院、武警醫院及其總後勤部是執行江澤民屠殺命令、活體摘取法輪功學員器官做移植的核心機構。
海外明慧網報導說，在江氏直接指使下，在中共政法委書記羅干、周永康和軍隊軍委副主席徐才厚和郭伯雄、總後勤部長王克和廖錫龍、副部長谷俊山、政委孫大發等的全力推動下，江澤民的屠殺命令在全國推廣鋪開，中共軍隊、武警、政法系統、醫療系統和器官黑仲介互相勾結，形成規模龐大的活摘盜賣法輪功學員器官和屍體的一條龍殺人產業，製造了「這個星球上從未有過的邪惡」。
根據「追查國際」的調查顯示，在中國大陸存在大規模活體供體庫(即供取器官的活人群體庫)，而中共的軍隊和武警系統很可能是關押和調配數額龐大的活體供體群的核心機構。由於軍隊系統的相對封閉性，從集中關押、全國調配、竊取移植器官到銷毀證據，都難以被外界了解。
從「追查國際」針對中共軍隊和武警醫院進行的調查中可見，在1999年中共迫害法輪功之後，各軍兵種總醫院、武警總醫院、各軍醫大學附屬醫院、七大軍區12家總醫院，和諸多序號醫院都開始，或者擴大器官移植規模。而且，器官移植的數量迅猛增長的時間與中共對法輪功學員進行非法綁架、關押的時間高度重合。
調查顯示，徐才厚成為中共軍隊迫害法輪功學員、進行活摘器官的主要執行人。徐負責協調軍方的力量，直接參與袐密構建器官移植活體供體庫。
2014年10月22日海外「追查國際」發布了一份調查報告說，「追查國際」就中共活摘法輪功學員器官的罪行，先後對中共原國防部長梁光烈、原政治局常委曾慶紅和原中央軍委副主席郭伯雄，進行了電話調查和取證。
在「追查國際」公布的電話錄音中，前中共國防部長梁光烈親口承認，中共中央軍委曾開會討論軍隊關押法輪功學員，以及軍隊醫院活摘法輪功學員器官事宜，並向「追查國際」調查員表示，應向中共軍方總後勤部了解具體情況。
而中共前中央軍委副主席郭伯雄，則對調查員強調要「通過保密電話」詳談;前中共國家副主席、政治局常委曾慶紅也強調需要「通過正常渠道」了解內情。
2014年9月，「追查國際」已獲取原中共解放軍總後勤部衛生部部長白書忠的口供錄音，其供認中共前當權者江澤民親自批示摘取法輪功學員器官做移植。
2013年8月知情人鮑光(化名)向海外媒體曝光，2006年時任商務部長的薄熙來訪德期間也曾親口承認是江氏下令活摘法輪功學員器官，證實了中共活摘法輪功學員器官牟利的暴行是由原中共當權者江氏直接下令，操縱國家機器在全國範圍內對法輪功學員進行的群體滅絕性的大屠殺。
方林達表示，徐才厚等一批中共軍隊官員落馬，以及可能將要落馬的郭伯雄，表面上是因為腐敗被調查，其根本原因是因為參與迫害法輪功作惡太多遭到報應。
