但是，也正是在這次會議的開幕式上，毛澤東公開宣布了那個很快導致潘光旦墮入政治深淵的進行思想改造運動的決定。他宣告說：「思想改造，首先是各種知識分子的思想改造，是我國在各方面徹底實現民主改革和逐步實行工業化的重要條件之一。」
就在毛澤東正式宣布這一決定之前，政務院總理周恩來已經專程到北京大學向京津地區高校1700多名教師做了一篇題為《關於知識分子的改造問題》的長篇報告。在長達5個小時的報告中，周恩來用親身經歷說明了從階級出身、階級成分和舊社會的社會政治環境，看思想改造的重要性和必要性，說明自己過去也曾有過各種錯誤的思想和行為。坐在台下的教授們無不被周恩來的坦誠所感動，同為清華教授的金岳霖等人印象最深的就是：他無論如何也不可能想像到，「有周總理這樣地位高的人在大庭廣眾中承認自己犯過錯誤」。他說：這「對我們這些人來說是了不起的大事」。其他與會教師也表示：「周總理是革命前輩，為人民立了大功，是黨和國家的領導，尚且如此謙虛，當著我們的面解剖自己，我們還有什麼不能向黨交心的呢？」同在會場中的潘光旦，也是一樣頗受觸動。因此，結合前一段對電影《武訓傳》的批判，和學校里正在開展的仇視、鄙視、蔑視美國的「三視」教育，在「對外分清敵友」的學習過程中，潘光旦也仿照周恩來的樣子，對自己的思想和歷史，做了深入的「自我檢討」。
潘誠懇地檢查了自己認識、接觸美國的全過程，詳細說明了自己不同時期對美國的看法，認為自己整體上說來對美國沒有多少好感，「崇美的心理我自認為更說不上」，「恐美心理的問題不大，比較容易克服」。只是因為清華代理校長當年嫌自己殘疾反對選派自己去美國，美國女教師為自己打抱不平，使得實現留學願望，以及1946年李聞慘案發生後，昆明美國領事館馬上把自己等接到館裡躲避等幾件事情，自己會有一些親美心理。而「經歷了解放戰爭的偉大勝利，民主建設的步步成功，參加了一連串的發人深省的群眾運動，特別是抗美援朝與反文化侵略，學習了美國侵華史，最近更學習了美帝國主義的侵略本質之後」，「這些對美帝國主義的錯誤認識，無論多少，是無疑的已經基本上掃清了。」這也是自己能夠寫出一系列反美文章的重要思想基礎。
但是，潘承認，如果認真地從「親美、崇美、恐美」三個方面來檢查的話，還是能夠發現，自己實際上對美國總是仇視不起來。為什麼呢？他轉而開始學著從階級出身和階級成分的角度，對自己做解剖。說「我之所以仇美仇不起來，乃至仇許多別的壞東西也仇不起來，是一個十足的階級立場的問題，是一個小資產階級知識分子的階級出身所必然產生的結果。」他因此詳述自己的小資產階級出身，和長期接受資產階級教育，長期受到中國半封建與半殖民地環境影響的情況。說明自己因為做過基督教徒，因此對耶穌「博愛」的言行印象深刻；因為對傳統「舊學」的偏好，因此對儒家「以直報怨」的主張深以為然；因為受美國教育多年，因此自由主義思想濃厚。這些都使自己「主張一切兼容並包」，無原則地贊同和平團結。「不但不懂得什麼是階級，並且根本反對站在階級立場說話，認為階級是一大宗偏見的厲階，和種族、宗教、國家之類屬於同一範疇」，以致一貫「以為不動感情、無多愛憎、直道待人，方是美德」。他的結論是，自己之所以仇美仇不起來，根本上就是因為沒有站到無產階級的立場上來，沒有和廣大人民同呼吸共命運。「因為長期遭受到美帝國主義的侵略榨取，人民是仇美的，我如真體驗到人民的仇美，我又何能不仇美呢？」他最後坦言：因為自己的這種思想和歷史，「我一時還不能掌握無產階級的立場，是肯定的」。但經過學習，認識了人民，相信了人民的力量，因此「我多少已經站進人民立場」。「我相信，我如果再努力學習一下，把人民的休戚利害作為我的休戚利害，而把一己的休戚利害擱過一邊，仇美的情感是一定會日益滋長起來的。這也是肯定的。」
和此後運動期間歷次在政治壓力下進行檢討不同的是，潘光旦這次的檢討是基於自己在歷次小組學習會上所做的自我批評，主動加以綜合和深化的結果。能夠嚴格依照中共的階級分析方法，把自己的家庭出身、個人成分和教育背景等等，與階級立場聯繫起來，痛貶自己過去的一切，這足以顯示出潘光旦這時思想的變化又有新的發展，緊跟形勢的決心和勇氣也相當大。但讓潘光旦無論如何也想不到的是，自認為已經走在前面的他，卻在思想改造運動之初發現，自己不僅身負著因階級出身、階級成分、舊社會環境與教育所造成的歷史原罪，而且竟然還有過太多有口難辯的「反共反蘇」、「反革命」的「歷史問題」。
嚴格地說，基於潘光旦建國以來在政治上的種種表現，無論是北京市，還是清華大學，最初都沒有把他列為重點人物。據中共北京市委1952年2月的報告，當時北大清華兩校教授中被內定為反動的主要是清華的雷海宗、北大的朱光潛、馮友蘭等，被列為中間落後的，有清華的金岳霖、吳景超以及北大的羅常培、馬大猷等。潘光旦連名字都沒有被列入。也正因為如此，潘對這次運動，完全沒有重視。學校組織運動領導機構——校節約檢查委員會，要求民盟出一人參加時，他想都沒有想，就隨便找了一位盟員去加入了。在學習文件階段，他還對一位教師說：「你批評那麼多幹嘛？以後可就沒什麼可批評的了。」他甚至私下裡還半開玩笑諷刺&ldqu
