o;批評與自我批評」的辦法，稱：這對多數人沒有多大用處，因為這「是和宗教儀式里的懺悔一樣的，痛哭流涕一場，以後照樣犯錯誤。」因此，他對自己的第一次檢討，也明顯地沒有特別當回事兒。他只是以校圖書館館長的身份，著重檢討了這時同學們所提出的一些問題，並歸因於他對自己所擔任的這一工作不夠負責任。比如過分依賴「三元老」(三個股主任)；對同學提出清除反動書籍的主張表示抗拒，認為這等於焚書坑儒；對「反動」的《字林西報》不願停訂，認為還有參考價值；對傳統黃色書籍，完全沒有想到其腐蝕作用，一任自由流通。造成這些錯誤的根本原因，在他看來還是因為自己缺少階級觀點，相信大學必須無所不包，兼容並蓄，以實行「通才教育」。結果「就是敵我不分，把各種反動的以及腐朽的東西，也兼收並蓄了進來」。
潘光旦第一次檢討的時間是在1952年1月13日，屬於最早一批被安排檢討的教授，這時因為運動剛剛開始不久，一般群眾鬥爭情緒還不十分高漲，很多問題也還沒有發現，理論上也應該比較容易通過。但潘光旦就事論事的態度當即受到與會者的激烈批評，各小組討論的結果，一致要求潘再做檢討，尤其要檢查以前的思想政治活動情況。會上會下學生和教師反饋出來的種種情況都顯示，潘光旦因為兩度擔任教務長，和長年主編雜誌，寫過大量政論文章，其歷史較許多教師要複雜，不能聽任其如此輕描淡寫，矇混過關。中共中央發動思想改造運動，其重要目的之一，就是從人事組織上掌握每一名教師以往的歷史，通過所謂「忠誠老實交(代)清(楚)」的運動，「從思想上、政治上和組織上清除學校中的反動遺蹟，使全國學校都逐步掌握在黨的領導之下，並逐步取得與保持其革命的純潔性」。任何歷史複雜，可能有政治性問題的人，都勢必會被列為重點審查對象。因此，當潘光旦的「歷史問題」被揭發出來之後，清華大學運動領導機關節約檢查委員會很快就將潘升格為重點清查對象之一了。
2月3日，根據潘光旦的要求，他被安排在全校大會上做第二次檢討。潘對這次檢討的準備顯然比較認真了，其上綱上線的程度也是前所未有的。他甚至在準備檢討的過程中，還在公開發表的《為什麼仇美仇不起來——一個自我檢討》文稿中，對自己一年前還在為之極力辯護的自己所從事的學科和專業的重要性，加寫了一段激烈的批判的文字。上綱上線地宣稱：自己所學的進化論，包括優生學在內，都不過是「一堆『漸變』的改良主義的教條」；自己目前所從事的社會學，「更是替資產階級撐腰的一大堆浮詞臆說」。
不過，據校節約檢查委員會評價說，潘這次只是「開始接觸了他的思想問題，對於過去的各種思想與政治活動作了一些交代」，但群眾仍舊極不滿意。因為他強調過去自己一貫走的是「中間路線」，1934—1937年在清華做教務長時，對學生運動一般一概不管，而且還拒絕過國民黨的干涉。1940年加入民盟之後，和中共地下黨固然沒有思想上的聯繫，但在政治上則是合作關係。在西南聯大期間，雖然相信蔣政權必須打倒，但對好友聞一多那樣不顧一切、犧牲自己，「總覺得過於輕易」，因此總是勸說聞一多「冷靜一些，拿雞蛋來打石頭是犯不著的。」在他看來，聞一多所以會那樣激烈，「一半是由於他的詩人的熱情，一半是由於他的家庭與經濟環境，激得他走上這一條路。」因此，當李聞案後，自己的作法就是「躲避危險，不能堅持鬥爭，不懂得革命」，以至於把出手相助的美國人看成急難時的朋友，完全看不出美帝國主義的陰謀詭計。這種心理，尤其是一直跟著歐美思想家，把集體主義看成是洪水猛獸，相信蘇聯的集體主義與德國法西斯的集體主義實為一丘之貉，還影響到自己和民盟的關係。當中共在1947年公開批判中間路線之後，民盟亦發表聲明放棄中間路線，而自己卻堅持中間立場，甚至參加了積極主張第三條道路的《新路》雜誌組織的活動，「一度成為反動勢力的不自覺的幫凶」。當然，在解放後，他相信自己在行動上已經與共產黨合流了，思想上的抗拒也只剩某種「暗流」。「暗流的分量是在逐漸減少，但減少得不快，隨時隨地必然會冒些出來，於是形成了種種嚴重錯誤」。
潘光旦的這次檢討沒有能被通過。因為學校節約檢查委員會一時仍無法弄清他究竟還有怎樣一些「歷史問題」，也無法接受他對自己問題的種種解釋。因此，不僅他對自己始終站在「中間」立場上的這種辯解引起了與會者的反感，他關於建國後迄今為止思想上仍有「暗流」涌動的說法，更是引起了緊繃著階級鬥爭之弦的會議組織者的高度警覺。
按照預定的部署，通過積極分子的發言批判，會議組織者引導與會聽眾向潘光旦提出了100多條質疑。大多數提問者對潘的歷史情況並不了解，因此所提問題多半只是圍繞著潘的態度而發，認為潘仍舊是在為自己的過去進行辯解，很不老實。但和潘熟悉的那些教師們的批評就具有很強的殺傷力了。華羅庚在發言中直言潘口頭上批評了自己的優生學理論，實際上並沒有放棄自己原來的看法。說他私下裡仍舊常常強調優生學還是有用的，至少將來階級消滅了是有用的。丁則良也發言證明華羅庚的看法，指出：潘並不像他自己所說的那樣缺少鬥爭性。以他對優生學問題的態度就可以看出來。說：「兩個月以前，我們在一處開一個討論會，會上談到優生學的問題，他說：『解放後我不搞優生學了，不過馬列主義是講衣食住行，講production的，即物物生產，而優生學是講男女，講reproduction，即人種的生產的。』我不同意他這謬論，他也不同意我的看法，雙方辯論很激烈。當時他的態度很不自然，有點生氣。從這裡，我看到他的戰鬥性很強，不過是為反動的優生學而戰鬥。」
