馬新貽被刺時的身份是兩江總督。首先搞清楚這是個什麼官兒？清末的兩江指江南省(包括今天的江蘇、安徽兩省及上海市)和江西省，兩江總督的職能是不僅是這兩省的行政最高領導人，而且也統管軍政，屬於清朝最高級的封疆大吏之一了。 這樣一個人物，在當時被刺，可謂舉國震驚。試想，今天的一個省長被刺身亡是什麼概念？而實際上，當時兩江總督的重要地位相當於今天多位省長合一塊。 行刺的恐怖分子，名為張汶祥，此人的結局是被處於最殘忍的極刑：凌遲，身上的肉被一塊塊割下，據記載，「張受刑時自始至終沒有呻吟呼嚎一聲，而且兩目圓睜，怒目相向，其桀驁不屈，氣得馬新貽的弟弟巴新佑直叫：『挖出他的眼睛』待到四肢己被寸磔完畢，才開始破腹摘心，張文祥始氣絕，其受刑之慘，真可謂亘古未有！行刑者事後都不禁佩服張文祥「行刑這麼多年，還從沒有見過像張文祥這樣的硬漢！」時人都認為張文祥是元、明以來六百年間出現的第一位刺客。」 留給世人的迷團是，張文祥跟馬新貽之間有什麼深仇大恨，對其如此殺之而後快？關於這個「作案動機」到底是什麼，因為出現的版本太多，也就成了永遠的迷團：
官方公布版本：
案發後，清廷派出了審案陣容強大，最後得出的調查報告卻很是不合常理話說張文祥是一河南農民，遠走江南做生意，期間先後參加過太平軍和浙江海寇團伙，但這些都不是張與馬結仇的直接原因，直接原因是張的妻子被一名叫吳炳燮的人占了，張去找馬攔轎喊冤，馬卻當成小事，沒有替他辦理。張被海寇團伙一激，便允諾要去刺殺馬。其後又因張文祥開的押店（高利貸）被政府明令禁止，更加深了張對馬的惱恨，開始切實地實施刺殺計劃。
可信度分析：這一版本裡的殺人動機明顯不夠充分，如果告狀不通就要殺人，似乎說不過去 。如果因為老婆被占而要殺人，那張首先應該殺的是占了他老婆的吳炳燮，而不是馬新貽。而如果因為自己從事的營生行當被政府禁止要殺人，就更說不過去了。
清廷官員泄露版本：
當時參與審理的一些官員在其它的言談與筆記中也無意地揭露了一些細節，可以拼貼成另一個版本的刺馬。話說張文祥是一捻軍小頭目（捻軍是當時一支農民起義軍隊），在一次攻戰時，被馬新貽包圍，馬將一百多名捻軍戰俘全部坑殺，自此張與馬結下血海深仇。格外值得注意的是，馬新貽及護衛時金彪也曾落入張的戰俘之中，但張文祥是個好人，時金彪謊稱自己為河南貧民，張見是同鄉，又是因為貧民而被迫從軍，所以誤放了時與馬，臨行之前，還贈了錢和馬匹給二人。據說後來又有一次，時金彪被張的軍隊抓住，此人故技重演，居然又讓張給放了，又給了他錢，可見張真是一個大好人。
張在捻軍失勢後，找到了結拜兄弟邱材青、龍啟雲，在浙江沿海結寨。當太平軍打到浙江時，張加入了太平軍，邱、龍留守石寨，哪知石寨被馬新貽圍剿，那個吳炳燮在這個版本中變成了寨中的叛徒，當然，他還將張文祥妻子羅氏霸占了，張聽說，山寨己失，兄弟被殺，妻子被搶，但發誓一定要報此仇。
可信度分析：這一版本裡最重要的細節是，馬曾是張的俘虜，據說在張文祥最早的供詞裡面曾說到「早知當年捉住的就是馬，當時就要殺了，絕不會讓他活到今朝！」當他說到這一段時，官員們都驚了，因為按清末的法律，當了俘虜的官員會受到很嚴厲的法律處罰，而馬卻掩瞞了這一點，當上了大官，為了顧及朝遷的名譽，這一段肯定不能公布出來。
另外，在這一版本裡，這個叫吳炳燮的，將張文祥的妻子拐走後獻給了馬新貽作小妾，所以，馬羈占的不是什麼二哥的老婆，而就是張文祥的老婆。
這一版本是疑點是，張文祥在把馬抓住之後是不是真的只是將他當成一個貧民誤放了？如果張真是那麼好心的話，那戰俘里的貧民企止這倆個人，當兵的多半是窮人出身 ，沒有理由只單放時金彪和馬。這裡面有沒有什麼其它的原因呢？而民間的版本裡，則為這個「放人」找到了更為合理的解釋。
民間版本：
民間版本與後來張徹的版本最為接近，稍有出入的是，馬依然是被捻軍中張文祥所在的這一支俘虜了，因為捻軍內部正四分五裂，所以張文祥早就想改換門庭，馬趁機遂服張投靠朝庭，當時的張有兩個兄弟：曹二虎和石錦標，於是四人一同結拜，投告清軍，這之後發生的事情則與張徹版刺馬中發生的相差無幾，馬新貽的官越做越大，對昔日的幾位義弟也漸漸看不起，又因為看上了曹二虎妻子，便將曹加害至死，張於是為兄報仇。
可信度分析：很多人認為這一版本很符合大眾口味，將一樁案情賦與了情殺的色彩，將官員的形象徹底負面化了。但是很奇怪的是，為什麼上面那個版本裡，被霸占的是張的老婆，而這一版本裡，卻是曹二虎的老婆呢？
據說，在馬死後不久，馬府里一曹姓小妾自縊了，是不是因為這個小妾姓曹，就出現了一個傳說中的曹二虎呢？
這一版本的疑點當然更加突出，如果張是馬招安的弟兄，那馬手下應該有很多人是認識他的，這個人物的底應該是很容易調查出來的，不至於在經過那麼多官員的調查後，這個人的身份還如此縱說紛芸。
歷史學家推測版本：
這一版本裡雖然沒有再具體推測張的具體殺人動機，卻將這一事件與當時大的政治環境掛靠在一起，張的刺殺成了湘軍主使 ，而刺殺馬，則是因為以漢人為主的「湘軍」要給清廷一個嚴重的警告。清末因為太平天國等眾多農民起義，清廷不得不藉助漢族地主的力量，曾國藩領導的湘軍便是其中最厲害的一支，但是隨著湘軍力量的擴大，也打出了「兵為將有」的旗幟，使得清廷對他們充滿擔心，而將馬新貽這樣一個並沒有太高資歷的官員升為兩江總督，就是朝廷為了削減曾的地方勢力而作出的任命。另外，任命馬作兩江總督還有一個重要的作用，就讓他清查湘軍在剿滅太平天國時私吞的巨額庫銀。這一說法，無疑折射出當時湘軍與清廷之間微妙而緊張的關係。而如果真哪歷史學家推測的，這是一樁政治謀殺案，那回到第一版本，朝廷對內幕的刻意粉飾，則是有理由的了。
可信性分折：史實上支持這一版本的「可疑點」最多，比如，馬在死前曾被慈禧招回京，史書記載，馬出來時朝服浸潤，大汗淋漓，非常恐慌。馬新貽上任前，專門回家省親，臨走時，交待他的兩個兄弟，此去赴任吉凶難料，一旦有什麼意外，千萬不要進京去告狀，只求自保。馬新貽死後，他的一個兄弟還非常不甘心，進京去了解情況，不料到京不出三天，就暴斃而亡。
另外，審理馬案的許多官員在案後也神秘的隱退，這也令人感到非常可疑，更為重要的是，其中一個叫顏士璋的官員，在審完此案後寫了一個《南行日記》，其中就清楚提到，馬新貽被刺一案，實際上是政治謀殺，清廷讓馬新貽上任，實際上是給湘軍顏色看，而馬新貽被刺，則是湘軍在給朝廷了一個顏色。
