查士丁尼瘟疫（541-542）當時出現了許多詭異恐怖的情景：當人們正在相互交談時，便不能自主地開始搖晃,然後就倒在地上；人們買東西時，站在那兒談話或者數零錢時，死亡也會不期而至。鼠疫最嚴重的時候，一天就有5000到7000人，甚至上萬人不幸死去。
在所有災害類型中，瘟疫對文明發展的影響是深刻而長遠的，與氣候災害相比，可以說是有過之而無不及。
從短期內看，瘟疫是以造成大量的人口死亡而對文明發展發揮其巨大影響的。歷史上死於瘟疫的人要比死於戰爭的人多得多，這一點在古今中外歷史上都得到驗證。中國漢代醫學家張仲景在《傷寒雜病論》序中即已指出「餘宗族素多，向餘二百。建安經年以來，猶未十年，其死亡者，三分之二，傷寒十居其七。」在克里米亞戰爭（1854——1856年）中，因痢疾死亡的英軍士兵是被俄國人殺死的10倍。
瘟疫是所有自然災害中造成人口損失最多的，其對文明發展的巨大影響自然不言而喻。瘟疫的巨大破壞性甚至會導致一個國家或地方性政權瓦解。據說曾稱雄西亞的西臺王國於公元前1200年突然銷聲匿跡，就是由於瘟疫傳播的原因。1831年從伊朗傳入的瘟疫在伊拉克肆虐，結果導致了伊拉克馬木路克王朝的終結。
古代戰爭中，由於成千上萬的人員聚集，很容易造成瘟疫的流行，而瘟疫的發生會在較短的時間內造成軍隊戰鬥力的嚴重受損，直接影響戰爭的結果。公元259 年，羅馬帝國皇帝瓦勒里安在抵抗波斯入侵的戰爭中，雖然其軍隊受到了瘟疫的襲擊，他卻不管不顧，仍然率軍進入美索不達米亞，結果在埃德薩附近遭到了慘敗，而他自己也被敵軍俘獲。而拿破崙於1798年至1801年遠征埃及和敘利亞的軍事行動，也因鼠疫而損失慘重。到1801年法軍撤離埃及時，患鼠疫致死和戰死者過半。鑑於瘟疫對軍事行動影響的嚴重性，軍事統帥一般避免在發生瘟疫的情況下發動戰爭。1836年，因呼羅珊發生瘟疫，伊朗國王穆罕默德沙就改變了遠征赫拉特的計劃。
如果從較長的時間尺度來看，瘟疫對人類文明發展的影響更是深遠而顯著。中東歷史上發生過兩次大規模的瘟疫︰一次是公元6世紀，一次是14世紀。這兩次大瘟疫之後，中東地區興起了兩個大帝國。6世紀的大瘟疫之後崛起了阿拉伯帝國，14世紀的瘟疫過後崛起了奧斯曼帝國。一個大帝國的崛起固然是很多因素促成的，但大瘟疫極大地削弱了中東地區原有強國的力量，為新興力量的崛起留下了空間，不能不說是一個重要的原因。6世紀的大瘟疫給了拜佔庭帝國致命一擊，瘟疫使拜佔庭帝國的人口縮減了約三分之一，也導致市場蕭條，農村和城市的基礎設施也遭到了嚴重的破壞。而在經濟方面，其國民生產總值至少減少了 10％，並且其減少的百分比可能高達15％。據戴維•基斯估計，直接由於瘟疫所造成的損失，估計達3500萬金索利迪（約合今天的430億英磅），帝國的削弱又引起外敵的入侵，阿位瓦人和斯拉夫人趁機入侵巴爾幹半島，給帝國造成了1300多萬金索利迪的損失。波斯帝國趁機向拜佔庭帝國發動戰爭，在20年的戰爭中，雙方損失慘重，兩敗俱傷。「鷸蚌相爭、漁翁得利」，這就為伊斯蘭教的崛起和阿拉伯帝國的建立創造了極佳的歷史機遇。而14世紀大瘟疫沉重地打擊了埃及馬木路克帝國和拜佔庭帝國，為曇花一現的貼木爾帝國和隨後的奧斯曼帝國的興起奠定了基礎。
爆發於14世紀中後期的黑死病，對歐洲文明發展方向也產生了重大影響，西方學者認為它已成為「中世紀中期與晚期的分水嶺」、「標誌了中世紀的結束。」黑死病對中世紀歐洲社會的經濟、政治、文化、宗教、科技等方面造成了劇烈的衝擊，產生了巨大的影響。有許多學者把黑死病看作歐洲社會轉型和發展的一個契機。經歷了黑死病後，歐洲文明走上了另外一條不同的發展道路，更加光明的道路，原來看起來非常艱難的社會轉型因為黑死病而突然變得順暢了。因而它不僅推進了科學技術的發展，也促使天主教會的專制地位被打破，為文藝復興、宗教改革乃至啟蒙運動產生重要影響，從而改變了歐洲文明發展的方向。
