據北京知情人消息，從加拿大遣返的賴昌星目前被送到北京外一處絕密住所，進行秘密審訊，由於中方答應加拿大保證賴昌星的生命安全，負責看管賴昌星的公安部特別小組非常慎重，擔心賴昌星有什麼意外，北京不好向加拿大交代。不但在關押賴昌星的囚室里安裝了四個攝影頭，連洗澡上廁所也是被全景監控的，而且，囚室外警衛衝進囚室的時間縮短到15秒，也就是說，查案小組就住在賴昌星的囚室隔壁，24小時陪伴他。
賴昌星回來前，中央一度考慮用武警、軍隊、國家安全甚至是中央警備局親自負責審訊，但由於賴昌星和這些機構都有瓜葛，尤其是國安與軍隊，加上至今中央警備局的主要領導還是江系，所以，這個案子最後被交給公安部成立的特殊小組直接辦理。據說，公安部在賴昌星走私案中，還算是相對清白的，案發後，只有一位副廳級幹部受到牽連下台。
對賴的審查直接來自最高層，但目前審查人員只是要求賴昌星在「辦案人員的引導下」，記下流水帳，包括他到加拿大後的所有情況。由於賴昌星案件非常敏感，直接牽扯到18大的人事布局，出現了辦案人員不能看賴的流水帳，三個星期換上另外一批的詭異情況。目前負責看守審訊賴昌星的小組已經換了三批人員，辦案負責人來自高層指派，不是公安系統。
北京知情人士說，其實賴昌星牽扯的中低級官員早就處理了，沒有處理的，也差不多退休了，但賴昌星卻是江澤民時代的最大腐敗案首腦，直接牽涉了當時的黨政軍高層，賴昌星這個時候回來，實在是政治意義大於司法意義。一位接近北京圈內的人透露，十八大前，出現了兩位下落不明的人的對峙，一位是活死人江澤民，一位是絕對不會活著出來的賴昌星。他說，北京在較勁，如果上海不再抬出江澤民，不再對18大人事頤指氣使，北京這邊也會讓賴昌星保持安靜，老死獄中。
