由解放軍報社主管主辦的《國防參考》近日刊發《「起底」炎黃春秋》一文，文中大批特批《炎黃春秋》，指出《炎黃》打著「秉筆直書」的幌子，但實際上變成了兜售歷史虛無主義的大本營，它抹黑英烈，虛無歷史，實際上是把新中國的歷史顛倒過去，為把中國拉回資本主義做輿論準備。
文章指出，《炎黃春秋》創辦於1991年，起初十年是一份中間偏左的雜誌，發表的文章整體上還是堅持馬列主義，堅持1981年中共中央的《關於建國以來黨的若干歷史問題的決議》，堅持四項基本原則的，而抹黑烈士、否定中共歷史、搞歷史虛無主義的文章即便存在，也是鳳毛麟角。但從2002年開始，《炎黃春秋》發生了質變，開始試圖推動中國政治體制改革，推動的方向是：廢除人民民主專政、落實憲政，批判鄧小平思想，鼓吹中國要照搬歐美政治制度來實行政治改革。
《炎黃春秋》雜誌網站如此評論自身——「《炎黃春秋》由資深的老革命家領銜創辦」，「獨家披露重要事件的內幕真相，評論重要人物的歷史功過，剖析中國社會進程中熱點問題和敏感話題」。讀者都是老幹部和老知識分子，用杜導正的話說，「都是有過血和淚經驗教訓的人，對《炎黃春秋》的未來寄予熱望」。該雜誌因得到許多享有名望的退休自由派官員的支持，其中也包括習近平的父親、已故中共元老習仲勛。據悉，習近平的父親、原中央政治局委員習仲勛曾給雜誌社題詞「辦得不錯」。
炎黃春秋近來多次遭到整肅，走到今天可謂一波三折。2008年11月，北京知情消息人士傳出消息，由於《炎黃春秋》多次刊登涉及前中共中央總書記趙紫陽的文章(包括《文革後期我與四川省委書記的交往》《我看黨與國家和人民的關係》《中國政治體制改革論稿》等)，江澤民擔心自己的影響會因此被削弱，甚至被否定，所以引起江澤民不滿，要求時任中共中央政治局常委李長春嚴肅處置。故而文化部以雜誌相關人員年齡過大勸其退休。但在時任中共中央總書記胡錦濤的干預下，當時的社長杜導正繼續任職。該事件引起海內外的廣泛的關注，雜誌的命運被華人社會擔憂。
《炎黃春秋》亦曾因六四事件多次遭遇坎坷。2009年5月22日起，炎黃春秋網站開始無法訪問，據推測可能與六四事件20周年臨近有關，至5月25日下午網站恢復正常。不久(截止5月30日14:00)該網站的炎黃論壇顯示「設置數據不存在，調用已終止」而無法訪問。5月31日論壇恢復正常。2010年11月，李普去世後，炎黃春秋論壇亦不能訪問，其介紹說因為技術原因只能周一至周五早9點至晚5點開放。
2013年1月4日9時左右，炎黃春秋網站被關閉。炎黃春秋編輯部在新浪微博中稱，2012年12月31日分別收到署名為「工業和資訊化部網站備案系統」的簡訊和郵件：「您備案信息中的網站《炎黃春秋網》已被註銷，該網站的備案號『京ICP備08100492號-1』已被收回。特此通知!」但通知中沒有註明網站被突然註銷的原因。1月5日，炎黃春秋網站使用一個臨時網站暫時恢復上線。
港媒稍早前報導，炎黃春秋受到的壓力正不斷加大，現任總編輯楊繼繩被中共官方新華社約談，要求他退出雜誌編輯部。楊繼繩對此並沒有否認此事，僅回應說：上面不讓對外面說，現在不能說。2014年9月面臨主管機構變更時，該雜誌曾聯名寫信給習近平，希望給予《炎黃春秋》更多自主空間。報導稱，習近平已經收到信件，並作了批示，但批示具體內容尚未得知。
而《炎黃春秋》顧問之一曾彥修，是參與給習近平上書的6名退休老幹部之一。他於3月3日去世。習近平及中共退休高層喬石、朱鎔基、溫家寶等人贈送花圈。1957年中共「反右」期間，曾彥修(筆名嚴秀)是被《人民日報》頭版點名批判的「右派」。對於曾彥修去世，外界注意到，習近平等中共領導人悼念規格之高很罕見。
