1992年，邱會作夫婦被有關部門安排住進西安幹部休養所，每月生活費1,500元人民幣，還專為他配了一輛轎車。1990年代初，邱會作夫婦的居住條件大大地得以改善，組織上將他們安排在西安市南郊某干休所安度晚年。這套住房面積約170平方米，與原來的住房相比，真是天上人間。
「九·一三」事件發生10天之後，9月24日早晨8時30分，周恩來以毛澤東的名義在人民大會堂宣布：黃、吳、李、邱暫時離開工作崗位，反省自己的問題。
邱會作被帶往北京順義縣衛戍區第3師師部，在那裡生活了5年又3個月。開始，每天吃8角錢伙食，後來黃永勝向毛澤東、周恩來寫信，提出改善伙食。
毛澤東說：黃、吳、李、邱，應該吃好，有資格吃好，也有錢吃好。這樣，從1971年11月1日起，邱會作的伙食就有了很大的改善。
1981年1月25日，最高法院特別法庭判處其有期徒刑16年。邱會作說，刑期16年，是從1971年林彪駕機出逃後他被軟禁於北京衛戍區開始計算的。1981年9月，邱會作以保外就醫名義被安置在西安居住，每月生活費100元，和夫人胡敏過著同市民一樣的生活。從1983年起，每月生活費增至200元、30斤糧、半斤食用油，有病在省人民醫院就診。
1987年9月24日，邱會作服刑屆滿後，拿到公安部門送來的一張釋放證明。同年10月，公安部的官員向他宣布：就地安置，每月200元生活費，繼續剝奪政治權利5年，拿釋放證到當地公安派出所報戶口。
邱會作說，他不願做天不管地不管的「自遊民」，希望有人管他的安置。他每月生活費200元，開銷保姆的工資和伙食費、房租、水電費，要花去100多元，洗理費、零用錢每月要花20—30元，夫妻二人用在吃穿上的錢不太寬裕。邱會作身上的衣服，除了舊軍服就是兒子穿過的舊衣褲，他說：「我和胡敏出身貧窮，都是從艱苦的戰爭環境中走過來的。只要解決溫飽問題，冬天不受凍，能就近洗澡、看病，再高的要求，實在不敢奢望。」
80年代初，邱會作一度是記者追蹤的目標人物，但他直言：「我不喜歡記者，他們喜歡捕風捉影寫東西。我根本沒接受採訪，他們竟然一篇一篇寫，有的更是筆下胡謅。」書攤上一度熱銷的各種文化革命秘聞，邱會作開始還翻一兩本，發現假的太多，從此不看。
邱會作因手頭不寬裕，後來停止了訂閱報紙，但他仍然很留心國家大事和世界大事，每天都要從左鄰右舍借報紙。邱會作的原則是「快借、快讀、快還」，所以鄰居都願意借報給他。
邱會作的一生多半從事軍隊的財政經濟工作，對中國的經濟改革尤為關心。他說：「好多問題，都是歷史積累下來的。例如物價，穩而不漲行不通，工資增長速度又趕不上物價上漲指數，必然會形成矛盾。」邱會作還向別人表示：「我的晚年將設法過得充實、愉快而又富有意義。」
據陝西省老幹部局一位官員說：「在當年西安，他們月生活費用才200多元，還雇了一個小保姆，生活艱辛。有50年軍醫史的胡敏為維持生計，一度重操舊業，辦過『胡敏診所』，上門求醫者絡繹不絕，後因年齡太大，不再行醫。直到1992年，生活條件出現好轉，被有關部門安排住進西安幹部休養所，每月生活費1,500元人民幣，還專為他配了一輛轎車。」
90年代初，邱會作夫婦的居住條件大大地得以改善，組織上將他們安排在西安市南郊某干休所安度晚年。這套住房面積約170平方米，與原來的住房相比，真是天上人間，他們二人十分感激組織上的關懷。
剛搬進這個新家後，真可謂家徒四壁，偌大的住房空空蕩蕩。唯一的值錢之物就是一台21英寸的日立牌彩電，就是這台電視機還是子女給買的。
邱會作的一位鄰居也透露說，邱會作百餘平方米的高幹樓，室內陳設簡樸，除了彩電外，顯眼的是幾張普通的木扶手沙發，大寫字桌上擺著幾支不同型號的毛筆。他還說，邱會作喜歡書法，還在西安友誼西路的老戰士大學學過一段日子的書法課程。
晚年，邱會作的生活安排，鍛鍊身體和練習書法是每日必做的。書法練習時，他寫得最多的是毛澤東的詩詞，而詩詞中主要是以毛澤東長征時的詩句為多。這裡有他對戰爭年代艱苦歲月的追憶，也有他對毛澤東的崇敬。除了鍛鍊身體和練習書法外，邱會作晚年還撰寫了回憶錄，回顧了一生，總結了教訓。
到了2001年末，邱會作病重，被接回北京，住在協和醫院高幹病房。2002年7月18日，邱會作在北京協和醫院病逝，終生89歲。
喪事是以家庭名義辦的，來人完全是自願的，看上去有小一千，恐怕他自己也不會想到……
哭得最凶的是黃永勝的大兒子黃春光。是啊，1983年，黃永勝患肝癌去世，那個喪事該多冷清？有誰敢去送葬？
