直到此時，程世清感到局面有些不好收拾了，才下命令禁止亂殺人。程世清對江西「三查」運動中的恐怖罪行，負有不可推卸的責任。
歷史讓我們這樣看到，從而一定會引起後人深深玩味的是——
「文革」中，越是瑞金、興國、於都這樣的昔日「蘇區」，殺人的事件越是蔓延難止，越是暴戾成風，表現為一種群體性的走火入魔，民間性的血色狂歡。在贛南的許多地方，恍如回到上世紀30年代紅軍被迫北上，國民黨打回中央蘇區的日子，不同的只是那時被稱為「白色恐怖」，而現在的恐怖，則是「紅色」的。
據不完全統計，江西在「三查」和隨後進行的「一打三反」運動中，共揪鬥了90多萬人，製造冤假錯案4102起，被錯誤打成「反革命」的有17.1萬多人，其中被打死、逼死2萬多人。(《當代江西簡史》)
江西開展「三查」運動的影響，還波及到了國外。1968年9月7日下午，中國駐剛果(布)大使館給外交部去電：駐在江西的水電部×工程局派有一個工程隊幫助剛果(布)建設一水電站。最近，這個工程隊不少人(大部分是技術人員，也有工人)到大使館反映，國內親屬來信說他們被群眾揭發有嚴重問題，有的是歷史問題，有的是現行反革命，已沒有資格援外，要他們自動申請回國，接受群眾審查，否則從嚴處理。中國駐剛果(布)使館人員說，剛果(布)與剛果(金)(即現在的薩伊共和國)只相隔一條剛果河，游泳就可以過去。而剛果(金)與台灣建立了外交關係。如果問題處理不好，當事人隨時可能游過剛果河，到東部的剛果(金)申請避難。外交部把情況報告周恩來總理，周恩來指示，由江西省革委立即派人調查處理。後將該工程局革委會的全體成員集中到南昌辦學習班，才將這個問題解決。
再來說一說「一打三反」。「一打三反」按中央文件的原意，是「打擊反革命分子，反對貪污盜竊，反對投機倒把，反對鋪張浪費」(《建國以來毛澤東文稿第13冊》中央文獻出版社，1998年版)可「貪污盜竊」和「鋪張浪費」本與百姓風馬牛不相及，而在一個全部商業活動幾乎都被政府壟斷了的國度，民間的「投機倒把」活動，撐死了，也不過是螺絲殼裡做道場。就全國來說，「三反」並未成一個運動，「一打三反」其實只有「一打」。
這「一打」與前些時的「清理階級隊伍」明顯不同，「一打」的打擊重點是「現行反革命分子」。「現行反革命」雖不是「文革」的產物，自從建國後疾風驟雨般清算「歷史反革命」開始，以現實言論、思想治罪的「現行反革命」就對應而生了。但就規模與力度而言，這是建國後最大的一次，也是最嚴厲的一次。遇羅克，就是在個運動里陷入囹圄的，他的「罪狀」是：「反革命氣焰十分囂張，書寫十幾萬字的反動文章，組織反革命集團，陰謀暗殺偉大領袖毛主席」。
在江西，總算在當年的報紙上留有蹤跡的幾件案子是——
吳曉飛，1949年生。「文革」爆發時，剛從福州市第五中學轉學到南昌市第一中學。1968年5月6日，因其父吳亞雄(原南昌鐵路局局長)被揪鬥抄家，牽連抄出吳曉飛的兩篇文稿。一篇是1966年10月開始寫作的《論文化大革命》，稱文化大革命「是一件反常的政治事件」，「人民不管從政治上和經濟上說來都得不到一絲好處」;又說林彪「神化毛主席」，江青「是文化革命中無政府主義泛濫的根源」……另一篇是寫於1968年初的論述劉少奇一生功過是非的文稿，全面駁斥毛澤東強加給劉少奇的各項罪名，認為這一迫害「不擇手段、不通情理」等等。
兩篇文稿迅速上報到程世清處，被其定為「全省特大的、罕見的反革命案」。5月7日下午，吳曉飛被捕入獄，連夜進行刑訊逼供。又將其全家拘捕審查，並牽連其親友20餘人，試圖挖出一個「反革命集團」。其父在逼供中被折磨致死。
1970年2月27日，吳曉飛以「現行反革命」罪被處決。1980年，獲得平反昭雪。
贛南醫學專科學校教師陳耀庭、謝聚璋(女)，是一對年輕的夫婦。自1966年10月至1967年12月，兩人書寫和投寄了10萬多字的文章和信件，對毛澤東發動「文化大革命」表示強烈不滿，指出已給和將要給國家和人民帶來的巨大災難，並為劉少奇等從中央到地方遭到迫害的一批黨政軍領導人鳴不平。夫婦倆先後於1967年12月和次年2月因「現行反革命」罪被捕。1970年3月，陳耀庭被執行槍決。謝聚璋被處死刑、緩期二年執行，1971年7月死於勞改農場。
1980年10月，中共江西省委作出為他們平反昭雪的決定，並授予夫婦倆「革命烈士」稱號。
再一個是李九蓮，1966年的高三學生，原贛州三中紅衛兵「衛東彪戰鬥團」副團長。家庭出身工人，「文革」前任校團委宣傳部長、學生會學習部部長。
1969年2月以後，已經摘下紅衛兵袖章，分配在贛州冶金機械廠當學徒的李九蓮，在日記里寫道——可恨乎?宮廷里指鹿為馬，無人敢言，是宗派分裂。還是階級分裂?百姓難斷是非，何必跟著瞎跑呢?真是欲加罪名，何患無辭!
抓階級鬥爭有什麼用呢?只是使人敢怒而不敢言，老老實實，不亂說亂動罷了。「一抓就靈」，有的時候也會失靈。比如下鄉工作中的階級鬥爭吧，是根本錯誤，抓學生中的右派，原來不是取消了嗎?通過無產階級文化大革命，人們乃至青年的資產階級思想是少了呢?還是多了?我看是多了，把政治那一套都看透了。
殘冬的太陽餘光是明亮的，略有溫暖的，然而實在是無力的，不能持久的。儘管是這樣，即使穿著棉襖還在發抖的人們，仍不得不讚嘆——在人群中說：「啊，多麼偉大，多溫暖的太陽啊!」為的是……只有那些還沒有棉衣的「無產者」才能大膽地說：「它並不偉大，也並不溫暖，不然，我怎麼會冷得發抖呢?」
她還在給男友的第一封信里這樣寫道：「馬克思說過：『使人生具有意義的不是權勢和表面的顯赫，而是尋求那種不僅滿足一己私利，且能保證全人類都幸福和完美的理想』。我決心按馬克思所說的去度過自己的一生。所以，不能保證自己不走向『反面』，成為『罪犯』，這是作了最終的估計……故渴望生活中有同甘共苦、不因任何風險和恥辱而動搖、仍保持生活友誼者。因想到你，希望如此。這是我寫這一封信的全部思想與動機。你見信後三思而決。」
男友的名字叫曾昭銀，當時是駐福建的解放軍某部隊的戰士。原來也是贛州市三中高三的學生，《衛東彪戰鬥團》的副團長。此時，他接到李九蓮的來信，距他從贛州參軍已經整整一年。他很快將信交給了部隊政治部。部隊政治部又即轉給贛州地區革委會保衛部處理。
1969年5月1日，贛州地區革委會保衛部查抄了位於贛州市陳家巷七號的李九蓮家。
在她房裡，抄出同年元月至4月14日寫的三十餘篇日記。保衛部認定李九蓮寫給曾昭銀的那封沒有署名的信為反動匿名信，搜繳的李九蓮日記是反動日記，於同年5月15日，以「現行反革命罪」將其正式拘留審查。1970年元月，贛州地委常委會，依據地區革委會保衛部審查結論和贛州冶金機械廠黨委、群眾意見，討論研究了兩次，擬定對李九蓮教育釋放。
分工主管政法工作的地區革委會的一位副主任，也是「支左」部隊的一名副師長，不同意此意見，即去南昌，直接將李案材料面呈程世清。程世清聽完匯報，匆匆翻了幾頁案卷後即說：「這不是坦白交代，這是向我們示威!像李九蓮這樣全面系統地反林副主席，在全國還是少有的!」程當即批示：「性質是敵我矛盾，要從嚴處理。」副師長回到贛州，在地區「工代會」上傳達程世清的指示後說：「李九蓮犯的罪，都夠殺頭了，有人還說放了她!」
程世清干預的結果，迫使地委常委會決議被推翻。在拘押李九蓮已經一年零八個月之後，地區革委會保衛部擬就了判決書，稱「其手段惡劣，罪惡嚴重，本應重判。但認罪態度尚好，根據黨的『坦白從寬、抗拒從嚴』政策，依法判處罪犯李九蓮有期徒刑五年。」
程世清的定性和干預，多少「先承旨意」：李九蓮的遭際，不過是日後造反派、紅衛兵命運驚天逆轉的前兆。當然，也標誌了其中的一切懷疑和叩問者，與他們早先雀躍投入的「文革」的徹底決裂。
遇羅克、吳曉飛、李九蓮，都是「思想犯」，或者乾脆說是「良知犯」。倘若說有所區別，遇羅克還有批判「血統論」的文章印在公開賣的小報上，一時洛陽紙貴，滿國傳抄;吳曉飛既然寫好了兩篇「反動」文字，早晚可能投寄出去，或張貼去大街上;但李九蓮案發時，只是將自己不合時宜的某些想法，寫在了日記和給男友的信件中。
李九蓮一案表明——在1966年炙手可熱的「紅八月」里，「老子英雄兒好漢，老子反動兒混蛋」盛極一時，你的出身可以決定你的命運。可到了1970年的「一打三反」運動，則不管你血統如何，只要你有被當局視為異端的思想，就可以治你的罪，殺你的頭，而且，一切經過堂而皇之的法律程序。按照古人的說法，這便是「誅心」，哪怕是藏在靈魂最深處的東西，哪怕僅僅是親友間的悄然私語，都得一網打盡，無所逭逃。
1977年，始終不承認罪錯、並以絕食相抗爭的李九蓮，經兩次加刑後，終被認定十惡不赦，死於粉碎「四人幫」的一年又兩個多月之後。與她同時被處以極刑的，還有因同情、支持她，並懷疑那個十月勝利的小學教師鍾海源。
如果說程世清僅僅是個善於破壞舊秩序、舊世界的革命者，那顯然是不全面的。他還是個對建立新秩序、建設新世界充滿激情與創意的人。
在新秩序的建立上，程世清最出色的舉措，就是將江西整成了一個兵營，軍隊的建制在贛鄱大地上全面鋪開，無論是學校、機關，還是工廠、農村，幾乎統統編成了團、營、連、排、班。在鄉下，一個公社就是團部，大隊就是營部。在中學，各個年級是營，班級則為連。一篇《關於江西拖拉機廠四車間試行軍事編制的情況調查》稱：「將車間380餘人，編成三個連。班是連隊的最小單位，每班10-12個人。黨支部建在連上，排上有黨小組，每班逐步都有黨員。經過半個多月的實踐，證明軍事編制完全適用於工廠企業，對於突出無產階級政治效果很好。」(1968年9月18日《江西日報》)
各單位里能僥倖逃脫這一建制的，大概唯有廁所了。連勞改農場都籠進去了，將大批中學生送進去後，成立了江西生產建設兵團，下屬二十幾個團，一團是賽湖農場，二團是芙蓉農場，四團是珠湖農場，八團是恆湖農場……在整個不沿邊的中國中部地區，只有江西成立了生產建設兵團。
在「備戰備荒」的旗號下，城市各方面大規模地搬遷——
南昌大部分工廠搬去遠郊山區的灣里、石崗，程世清宣稱要在此建立南昌的「衛星城」。這兩個山窩子裡，既沒有生活配套設施，又都離城裡三四十公里，幾萬人上下班，就靠擠剛開出的十幾輛公共汽車，好幾次擠死過人。開始用毛竹、泥巴、油毛氈建干打壘，有倆口子新婚住進去，頂棚未乾，一下垮下來，壓死在裡面。機器一轉，就算開工了，拉起人馬，敲鑼打鼓向省革委、市革委送喜報：「XX廠投產成功!」多的時候，一天有十幾張喜報，城裡總有過節似的熱鬧。
全省13所大專院校被砍掉8所，另5所被遷到邊遠山區。如江西師範學院和江西大學文科、江西教育學院合併，改名為井岡山大學，搬遷到井岡山腳下的拿山。江西醫學院和江西中醫學院合併，改名為江西醫科大學，下遷到吉安縣的青原山。中學也遷，南昌二中遷市郊梅嶺，八中遷永修縣馬回嶺，師院附中遷靖安縣，十四中遷奉新縣羅坊……除了教學設備、圖書、儀器等由汽車運輸，十幾歲的孩子們統統徒步而去，「忠不忠，鐵腳板下看行動」，「苦不苦，想想長征二萬五」，一路上毛主席語錄歌唱得震天價響。
自1968年8月起，四個月里，全省大學、高中、初中畢業生，到農村設籍的已有98610人，同時有87所中學由城市遷往農村，計有學生35240人，還有5000餘名大學生下鄉當普通農民。加上隨父母下放的知識青年，總數達20餘萬人。(1968年12月24日《江西日報》)
城市居民也下放，每天都有幾百輛從各廠礦機關調集來的大卡車出發，主要下放地是奉新、靖安兩縣。雖然口號是「我們也有兩隻手，不在城裡吃閒飯」，但下放人員中鮮有在城裡吃閒飯的，多數人是合作商店的從業人員，個體商販，以及手工業者。程世清把合作商店和個體商販一律視為「資本主義尾巴」。在一次商業工作會議上，他重拳一砸，喊出「打倒商人主義!」僅1968年裡，南昌市就取消了400多個商業網點，下放291名有影響的工商業者。他宣布，江西是全國第一個「消滅了資本家」的省份。
程世清說過一句在江西幾乎婦孺皆知的話：「江西決不做上海的殖民地。」
於是，手錶廠、縫紉機廠、自行車廠、保溫瓶廠……紛紛上馬。在所有的工業產品中，他最青睞的是汽車和拖拉機。「一萬年太久，只爭朝夕」，1969年底，他一聲令下，全省各地同時展開生產1萬輛汽車和10萬台拖拉機的「大會戰」。各地市專門成立汽車製造領導小組，由革委會主要負責人親自掛帥。程世清親自以井岡山的五大哨口命名了新成立的汽車製造廠：「黃洋界」，「雙馬石」，「硃砂沖」，「桐木嶺」，「八面山」。何止這五家汽車廠，先後有15個汽車主機廠、306個配件廠、152個拖拉機總裝廠、102個動力廠「參戰」，其規模之大，戰線之長，參加的人數之多，在江西的歷史上，也在「「「「新中國」」」」的歷史上，可能除了搞「兩彈一星」，空前絕後。
將軍走到哪兒，都是戰場，將軍出口即是命令。程世清在全省農村強制推行「早、小、密、矮」四字規章，提出早稻播種越早越好，苗越小越好，插秧每畝要3萬株以上，並一律要種矮杆品種。千百年來「雞鳴早看天」，現在全省農民都看程政委的臉下地，他說：「種矮杆路線對，減了產不批評;種高杆路線錯，增了產也不表揚。」
將軍見什麼，什麼都是可以裁決成塊的兵營。1969年冬，程世清提出「一化帶七化」，即「思想革命化帶動社隊公路化、耕地田園化、灌溉水利化、良種矮杆化、養豬糖化飼料化、運輸車子化、路邊村旁綠化」。不久，又指示「新農村基本建設模式」——「八字頭上一口塘，兩邊開渠靠山旁，中間一條機耕道，新村蓋在山邊上」。在將軍的一雙疾揚不止的大手下，江西的山山水水像麵團一樣被搓揉，被擠壓，即便是鄱陽湖上飽經風浪的老麻雀，也會心力交瘁……
看著腳下一個個戰役，如同新春的爆竹一樣砰砰然炸開，他大約有一種「天不生仲尼，萬古如長夜」的感覺。程世清的膨脹感，給1969年10月間先後下到江西的鄧小平、陳雲留下了深刻印象。毛毛的《鄧小平文革歲月》一書中，只是一筆帶過：「父母親到步校後不久，江西省革委會主任、省軍區政委程世清來看了他們。對鄧小平，程世清倒沒有當面嚴聲厲色地訓斥，而是大談『文革』後江西『飛躍的變化』及他在江西的『政績』……」
陳雲的秘書在回憶錄里，則有較詳細的描繪——
當天下午4點多鐘，招待所的一個工作人員急急忙忙來通知說，省委書記程世清來招待所看陳雲。話音剛落，程世清就到了。我們對於程世清這種事先不打招呼，突然來訪的作法，心裡有些不快。看到他要和陳雲說話，我們就離開了。大約過了半個小時左右，程世清走了。
第二天上午，陳雲在院內散步時對我們說：昨天程世清來批評了我，他說我過去管經濟沒有管好，發展太慢。他說江西準備年產六、七萬輛汽車，還要把國家現在每年進口的100億斤糧食包下來(即國家不進口，由江西每年多向國家上繳100億斤糧食)。我問他江西有那麼多鋼板嗎?如果江西每年多向國家上繳100億斤糧食，剩下的糧食還夠江西老百姓吃的嗎?他說江西有辦法解決。我沒有問他用什麼辦法解決，因為我知道這是根本做不到的。真是軍管經濟，膽子好大啊!以後的事實，果然驗證了陳雲同志的話。(肖華光《記「文革」中陳雲同志在江西的日子》)
整整過了十年，陳雲對程世清的一番話仍記憶猶新。
1979年3月21日，在中央政治局的一次會議上，陳雲談到當前的經濟形勢時說：
文化大革命中的軍管時期，將軍們管經濟，有些人經驗少，膽子大。像程世清，全國那時搞六七萬輛汽車，他說江西也要搞六七萬輛。哪有那麼多鋼板?全國進口糧食的任務，他要江西包下來。過去，江西長時期每年只上交十五億斤糧食。那時，全國每年進口糧食一百零七億斤，江西全年只產一百九十七億斤稻穀，折合一百三十三億斤大米。把全國進口糧食都包下來，老百姓只剩下九十億斤稻穀，那還不造反!這些人膽子大，他們說搞什麼，就搞什麼……(《調整國民經濟，堅持按比例發展》)
「軍管經濟」，或者說「將軍們管經濟」，在江西，使國民經濟受到極其嚴重地震盪與破壞。
以工廠大規模搬遷而言，僅南昌市輕化行業就拆遷114個工廠，拆掉廠房60萬平方米和不少生產線。搬去了灣里、石崗的，雖然投產捷報頻傳，實際上卻沒有一家廠具備了開工的條件，只充分具備了工傷與其他意外傷害頻頻發生的條件，以至於幾年後許多廠子又不得不遷回城裡。據有關部門計算，全省因搬遷工廠這一瞎折騰，造成直接損失3.2億元，白白耗去鋼材萬噸。
以汽車、拖拉機的「大會戰」為例，幾百家工廠互相爭設備、爭投資、爭人員、爭材料，本來就較弱小的地方機械工業的布局與結構完全被打亂。據統計，歷時三年的「大會戰」，浪費國家資金億元，鋼材2.9萬噸。僅製造的「安源—70」型拖拉機零部件積壓，損失即達649萬元，1200台半成品成了一堆廢鐵，專用設備也基本報廢。「起宏圖」——這種走起來「突突突」亂叫、還一路冒黑煙的車子，由原來的板車工人開著，更造成了大量的交通事故，成為當時全國沒有、江西獨有的一大街頭風景。
在農業和農村建設上，所謂「一化帶七化」、「八字頭上一口塘」……這些喧囂一時的話語塵土，也未能在江西的大地上開花結果。相反，放眼望去，許多地方是勞民傷財的後遺症，一片民不聊生的常嘆息!
