港大法律學院教授陳文敏曾指出，《基本法》屬憲法，憲法必須屬原則性且條文較空泛，而「港版國安法」屬刑法，必須寫得清楚；惟共66條的「港版國安法」布下天羅地網，令人易墮法網，且權責不清，中央可行使管轄權外，駐港公署人員更不受香港管轄，特首亦可毋須徵詢終院首席法官意見指派法官，且以國安之名獲授權監管網際網路、傳媒及學校。
綜合政界意見，對「港版國安法」提出以下7大疑團，有待釐清：
1.駐港維護國家安全公署及其人員執行職務的行為，不受香港特別行政區管轄，即公署人員凌駕香港法律、不受任何規管？
2.警務處維護國家安全部門可從香港以外聘請專門和技術人員，協助執行維護國家安全相關任務，即可請 大陸國安來港執法？
3.財政司司長應從政府收入撥出專款，支付維護國安的開支，不受香港法律限制，即國安開支毋須立法會審批，政府想畀幾多就幾多？
4.港府對學校、社團、傳媒、網絡等涉及國家安全的事宜應採取必要措施，加強宣傳、指導、監督和管理，即政府有權指揮傳媒？
5.危害國家安全言行的法官不得被指定審理涉國安案、獲任指定法官期間如有危害國安言行會被DQ，即要對法官進行政治審查？
6.香港特區法律規定與國安法若不一致，適用本法規定，即立法會議員運用《基本法》賦予的投票權否決《預算案》也不容？
7.觸犯危害國家安全罪行會喪失參選資格，被判違反國安法會被DQ，並喪失參選或任公職資格，即犯國安法或終身被剝奪政治權利？
