2004年11月21日，一架由內蒙古包頭飛往上海的龐巴迪CRJ—200型B—3072號MU5210航班起飛後不久即墜入包頭市南海公園湖中，發生爆炸起火。當時機上47名乘客、6名機組人員以及地面2人，共55人喪生。
東航2004年11月22日發公告稱：「失事飛機是由公司的全資子公司——中國東方航空雲南公司所擁有和營運。公司董事會相信這一事件不會對本公司的生產經營和財務狀況展生影響。」東航澄清自身與東航雲南的關係，並與此空難事件切割，失事飛機是「老雲航」擁有和營運，並不會影響東方航空。
2005年5月26日，時任中國民航總局局長楊元元公布事故原因是人為錯誤：飛行機組起飛前未執行「除冰程序」，因機翼結冰導致飛機性能惡化，起飛後即失速墜落。
但此事故背後還有深層原因。為了確保東航上海基地的地位，東航在2004年發起了「上海保衛戰」，調集了全國14家分公司的1500名機組成員雲集上海。儘管當年上海的客運市場占有率從31%提升到了36%，但業界普遍的看法是：這一戰役導致了東航內部各個分公司和總部的嚴重利益衝突。
原來只在雲南省內部飛行的CR殲200被總部調往包頭，但東航內部流傳的說法卻認為這是導致包頭空難的重要原因之一。因常駐昆明的雲南機組缺乏在北方冬季飛行的經驗，因此或許並未預見到11月在包頭過夜的飛機機翼上會有積冰，外加未執行飛行準備階段的標準操作程序，才導致了這場不應發生的慘烈空難。
