就如同指揮「宜昌大撤退」一樣，盧作孚親自指揮了糧食運輸的整個行動。
在盧作孚的調動下，四川成千上萬勤勞的農民，冒著烈日酷暑，肩挑背扛，將成千上萬噸稻穀從無數偏遠農村，運送到公路沿線或航運線上指定的地點和位置。其中，僅巴中一個地區，就動員了30萬人運輸糧食。數以千計的汽車司機和木船船工，日日夜夜辛勤勞動，將糧食運進城市糧倉，保證了各地糧食的供應。
1940年以後，日軍對重慶的空襲更加頻繁，日夜不斷。盧作孚為保證運糧暢通，常常不顧空襲的危險，堅守在城內辦公室指揮運糧工作。即便晚上回到家中，仍還不停地對著長途電話喊叫，詢問各地運糧情況，發出各項工作指令，指揮糧食購買和搶運工作的進行，有時忙到通宵達旦。
當時最重要的戰場在湖南長沙。駐守湖南前線的第六戰區司令部一再電催全國糧食管理局運送軍糧到湖南前線。有一次最緊急的時候，戰區司令長官陳誠直接打電話催促盧作孚。盧作孚聞聽迅疾行動，集中車輛和船隻，在一個星期內將所需軍糧如數運到了前線。
盧作孚智慧而充滿效率工作，保證了戰時首都重慶及大後方各個城市的糧食供應，城市居民的糧食供應充足，成批的軍糧一船又一船第運送到三斗坪，又從三斗坪轉運往前線。
1941年初夏，盧作孚在完成了最艱難的糧食運輸任務後，辭去了全國糧食管理局局長職務，回到了交通部，繼續集中精力處理當時最為重要的戰時物資運輸。
美國《Asia And The America’s》雜誌1944年6號刊登孫三文章，對盧作孚擔任全國糧食管理局局長期間的工作是這樣評價的：「其戰時的意義，至少與宜昌大撤退的『奇蹟』相等，並且是以同樣有效和激動人心的機敏來完成的。」
四、正欲大展宏圖，豈料風摧巨柱
抗戰勝利後，盧作孚把長江航線的重點移至上海，以此作為向沿海遠洋發展的基地，增闢由上海到台灣、汕頭、香港及南洋的航線，由上海到連雲港、青島、天津、營口的北洋航線。並在台灣、廣州、香港等地設立民生公司分公司或辦事處。同時又與金城銀行集資100萬美金，創辦「太平洋輪船公司」，購入海輪3艘，把航線延伸到了越南、泰國、菲律賓、新加坡和日本。
如果沒有國共內戰，以盧作孚一生所向披靡的航運韜略，必能創造他航運帝國的輝煌。此時正欲直掛雲帆濟滄海的盧作孚，又一次來到了人生抉擇的重大關口。這次，他選擇了一個絕不允許私人企業做大做強的巨人，關於這一點，盧作孚當時並不知道。朋友提供給他的信息，都是新政權將組建聯合政府，實行英美民主的承諾。
那時候的盧作孚，是國共雙方都在竭力爭取的對象。
1949年3月7日，中共香港負責人潘漢年找到從上海來港的黃炎培，請黃代中共向盧致意，表示願意登門拜訪。次日，黃以老友身份致信盧，轉達中共「美意」。
十天後，何應欽出任國民政府行政院院長，組閣提名盧為交通部長。同年5月，閻錫山籌組新一屆行政院，也邀請盧作孚入閣擔任交通部長。但前後兩次盛情相邀，均為盧作孚所拒絕。
為避免紛擾，盧作孚離開廣州，奔走於香港與內地間。其後一年時間，不斷有人勸其離開大陸，赴台或是赴美。國民政府行政院長俞鴻鈞、外交部長葉公超還特地赴港勸盧，盧未為所動。而在北京的老友黃炎培和張瀾等，則分別向盧轉達中共邀其北上之意。
1950年，盧作孚將民生公司在海外的18艘輪船，分頭駛回上海、廣州。
6月10日，盧作孚從香港抵達北京。6月11日，前往黃炎培寓所拜訪黃炎培。之後，盧作孚作為特邀代表，出席了6月14日的全國政協一屆二次會議。
當時民生公司面臨經營困難，盧希望政府作為公股加入，資助民生，度過難關。盧的請求獲得政府贊同，為此與交通部洽談五次。1950年8月10日，時任部長的章伯鈞代表交通部，盧作孚代表民生公司，簽署公私合營協議書，政府派出七名公股代表加入董事會。
原本，以盧作孚的個人信譽及經營業績，申請貸款應該是非常容易的事情。然而不知為何出資方變成了政府，經與交通部前後「洽談五次」方才達成協議，可知談判並不順利，而且最終是以公私合營的形式，由政府派出七名公股代表加入董事會，這才達成了融資協議。
民生公私合營後，具體矛盾來了。盧作孚理解的協議，是政府只作為公股，投資民生公司，使之度過難關；公股代表只是參加董事會，並不直接參與公司的管理。但政府語境中的公私合營，卻是公替換私，與盧作孚的本意大相逕庭。「我們黨同意公私合營的目的，就是要讓民生這艘資本主義的船，引入社會主義的航道，為此公方代表不僅參加董事會，而且要起領導作用，徹底改革民生公司」
這是自盧作孚投身航運事業以來，未曾經歷過的大事變。
很快形勢便起了變化。1950年9月30日，也就是協議簽署之後的一個多月，中央財經委員會決定，由西南財委的何郝炬負責民生公司，隨即增補何郝炬為民生公司常務董事兼副總經理。
從這個決定可以看出，盧作孚名義上還是總經理，但在人事任命權上，已經被邊緣化了。
剛開始，以何為首的公股代表與盧作孚為首的資方代表，合作還算順利，盧對何優禮有加。但一段時間後，何與盧在公司業務、尤其是人事問題上衝突起來。何提出撤換公司高層的幾位骨幹，使盧作孚頗感為難，一直未表態同意。但即便如此，公司仍然作出了對鄭璧成、陶建中撤職停薪的決定。鄭、陶二人都是民生元老，也是盧的合川同鄉，從創建通俗教育館起就追隨盧作孚幾十年。對此，盧作孚心情沉痛，卻無法阻止，只能眼睜睜看著他們被清除出民生。
在接下來的肅反運動中，一些民生的職工被捕。民生董事石榮廷是重慶袍哥的老大，石曾積極投身抗戰，也掩護過共產黨，但肅反時被捕，並當眾處以酷刑致死。長年擔任民生機器廠廠長的陶建中以「反革命罪」被處決。面對這樣的場景，盧作孚大受刺激，痛苦萬分。一年多前，這些人被他從台灣、香港帶回大陸，怎麼也沒料到竟會是如此結局。盧作孚深懷內疚，感覺是自己害了朋友。
1951年11月24日，中央財經委發出通知，要求對民生公司實行民主改革。通知稱：「由於該公司封建官僚制度根深蒂固，加以公股代表人數太少，以致形成該公司每月仍入不敷出。而目前負債已達七百五十億元（舊幣），到年底將達一千億元。而該公司盧作孚經理等，則根據其（一）政府需要此企業；（二）政府反正不能使工人工資不開銷，以及（三）借款始能納稅等的分析，企圖把包袱加到政府身上來……為了掌握這一企業，必須幫助其改善企業管理，徹底進行民主改革……」
這樣罔顧事實的嚴厲措辭，對盧作孚無異胸口插刀。
12月，反對貪污，反對浪費，反對官僚主義的「三反」運動開始。12月8日重慶召開大會，市長曹荻秋作報告，動員檢舉揭發。
按照上級要求，民生公司的船隻必須每周停運幾日，參加上述運動。與此同時，民生船隻擔負抗美援朝相關貨物的運輸任務，卻不能減少。此時的民生公司，管理運作已經不是盧作孚可以調度指揮。抗戰時期組織宜昌大撤退都難不倒的盧作孚，已經陷入自己無法把控的局面，鑑於內外種種原因，民生公司負債纍纍，經營愈難。
在三反運動開展前夕的11月，盧作孚被召到北京，周恩來總理接見他，提出已給他在北京備好寓所，希望他遷居北上，到中央政府交通部任職。這樣的安排，旨在將盧作孚調離民生。如果盧能接受，無疑將擺脫沉重的業務壓力，同時也避開了三反運動。但這偏偏不是盧作孚的性格，不是他的做人處事之道。盧當時「婉謝了中央請他留京，在中央交通部任職的安排，返回了重慶」。
這一往一返，不過半月時間，全國範圍內轟轟烈烈開展的「三反」運動和「五反」運動，已經如火如荼，民生公司本身的民主改革，也已進入高潮。1951年12月4日《重慶日報》發表文章，指斥「民生實業公司民主改革工作極不徹底」，予以公開批評，矛頭直指盧作孚。
幾個月來之種種陣仗，盧作孚今生今世，是第一次見。在從未有過的壓力下，盧作孚開始回顧自己一生，認真檢討。想到年輕時，在「實業救國」理念感召下創辦民生的初衷，他不肯顛倒是非，昧著良心給自己抹黑。1952年2月6日，盧作孚在民生公司資方代理人小組會上作「五反」運動個人反省檢查，仍堅守底線，實事求是地說：「各位，我自問不是想當資本家來搞企業的。我是小資產階級，讀小學時對數學特別有興趣……」
五、不能承受之重
然而，讓盧作孚始料未及的是，他遇到了民國以來從未經歷過的環境，這個環境可以使人性變得異常醜惡。民生公司上層某些人，開始與盧作孚拉開距離，甚至主動與他劃清界限。公司中竟然掛出了「歡迎某某某副總經理主持工作」的橫幅，此人是盧作孚長年培養的副手，後來又提升其為民生唯一的副總。大會上，另一位民生上層幹部李邦典發言稱：「群眾意見說你盧作孚有貪污。」甚至說：「從前認為公司離開你就搞不好，現在離開你公司一樣可以搞好。」
這些話像尖刀狠命刺在盧作孚心上。幾十年來盧作孚歷盡艱辛，排除萬難，將民生建設為國內一流的航運公司。為抗戰救國，民族復興，他做出的貢獻有目共睹，功不可沒。但凡與盧作孚有過交往的人都有一個共識，他辦企業絕非為了個人發財致富。盧本人可謂儉樸成性，作為民生公司的創始人和總經理，起初每月僅領取30元的薪水，他自己幾乎沒有什麼物質追求和享受。國民黨元老張群評價盧作孚「是一個沒有受過正規學校教育的學者，一個沒有現代個人享受要求的現代企業家，一個沒有錢的大亨」。有次甚至給他開玩笑說：「你的跟班都比你穿得漂亮。」
1938年夏天，國民政府某軍事大員邀請盧作孚去演講。盧作孚穿著土布衣服坐在汽車前排，隨從翁祥福穿著派力司中山裝，頭戴巴拿馬草帽，手拿公文皮包，坐在汽車後排。接待人員不認識盧作孚，見翁祥福第一個跳下車來，人也氣派，急忙迎上去熱情握手，並一個勁說：「歡迎！歡迎！」後來經旁邊人介紹，才知道是盧的助手。
盧作孚一生手握幾千萬資產，從沒想過為自己買地、買房，既無財產，也無儲蓄，真正是上無片瓦，下無寸土，連兼職單位送來的車馬費都分文不留地捐獻出去。許多人慕名請他兼任事業或企業的董事、董事長，最多時達幾十個，包括金融企業的董事。有些是請他個人，有些是請他代表民生，每個兼職都有可觀的車馬費、津貼費，有的比他工資還高。每次支票送來，他總是寫上「捐中國西部科學院」、「捐兼善中學」、「捐瑞山小學」等字樣，這些捐贈的字條、收據至今還保存在檔案館裡。
身為公司總經理，盧作孚在民生最初並沒有股權，是劉湘等人湊了一筆錢給他入股，股東大會為感激他對公司的貢獻，贈送給他一些乾股。他自稱「小小的股東」，並非自謙，而是事實，因為他的股本小至全公司的兩千分之一。在1949年12月的《民生公司股東名冊》中，他和家屬名下的股權共兩千股，但是他從未領取過分文紅利，全家老少一直靠他的一份工資生活。1950年後，他名下股金折合3萬元，全部交給國家，始終沒拿過一文紅利。
1942年春天，民生職員搬到重慶南岸的「民生新村」之後，盧作孚一家7口才住進紅岩村2號，大約40平方米的公司宿舍，廁所在屋外的菜地里，但這已經是盧家住得最寬敞、最好的時候。他家唯一的一件高級用具，是30年代初的小電扇。盧作孚不喝酒，不抽菸，客人來家，連菸灰缸都沒有。抗戰時，他有一次病了，妻子想買一隻雞給他吃，卻沒有多餘的錢。
周善培曾經和梁漱溟談起盧作孚，對其人品稱讚備至：「此人再好不過，他心中完全沒有自己，滿腔里都是為社會服務。這樣的品格，這樣的人，在社會上找不到了。」梁漱溟評價盧作孚，也是以完人視之，認為他「胸懷高曠，公而忘私，為而不有，庶幾乎可比於古之賢哲焉」。
像這樣一個捨己為公的無私者，從不計較個人得失，卻被顛倒黑白，誣陷其「貪污」，這人間還有公道可言嗎？
緊接著，1952年2月8日上午，民生公司召開『五反』動員大會。此前，公股代表何郝炬離任，更換為張祥麟。張在會上帶頭做檢查，檢討自己與盧作孚一道赴北京出差時，曾和盧一起外出吃飯、洗澡、看戲等。張祥麟檢查後，盧作孚的通訊員關懷立刻跳上台去，揭發張祥麟在北京接受盧作孚請吃飯、請看戲是受了「糖衣炮彈」的襲擊，是受了資本家的拉攏腐蝕。他嚴厲追問張祥麟還有什麼問題沒有交代，此時會場多次高呼口號，氣氛十分緊張，使坐在台下前排的盧作孚十分困惑和難堪，心情極為沉重。
