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上世紀40年代，呂振羽擔任過中共領導人劉少奇的秘書。1949年中共建政後，呂振羽與郭沫若、范文瀾、翦伯贊、侯外廬一起，被稱為中共五大馬克思主義歷史學家。但從1963年起，厄運便降到呂振羽頭上。從此，他被囚禁長達12年。
當時，呂振羽是中共全國政協委員兼全國政協民族事務組副組長，中國科學院哲學社會科學部學部委員，中央黨校歷史教研室顧問兼歷史學教授。
被「隔離審查」四年
1963年元旦剛過，正在家鄉湖南邵陽調研考察的呂振羽，突然接到北京急電，要他火速返回北京。呂振羽不知何事，一分鐘不敢耽誤，立即從長沙乘火車返京。
當他乘坐的火車抵達河北保定時，突然上來幾個自稱北京來的人，將他「請」下火車。一下火車，呂振羽立即被秘密「隔離審查」。審查人員向他宣布：不准同家人見面，不准與外界聯繫。
據李冰封的《呼天辨誣董狐篇》一文介紹，「（呂振羽）被拘捕的原因，誰都不知道。公安部門派人通知他的夫人江明，不准對任何人談到呂振羽的去向，只能說他出差去了。呂被拘捕不久，擔任過最高法院院長的謝覺哉來呂家看望呂老，江明也只是不斷哭泣，不能說出呂老的去向。」
「隔離審查」期間，呂振羽每天的主要活動是寫交代材料，反省自己的行為。呂振羽的交代、反省材料不知道寫了多少遍，一次次重寫，一次次被駁回，再寫，再被駁回……如此折騰了4年。
被關秦城監獄八年
1967後1月，曾經的中共第二號人物劉少奇，被當成「黨內最大的走資本主義道路的當權派」打倒之後，呂振羽被正式逮捕，關進秦城監獄。
李冰封的《呼天辨誣董狐篇》中談到：「在呂被捕期間，審訊約八百次，其中有七百多次，都是關於1935年11月開始舉行的、歷時九個月的國共兩黨談判聯合抗日事。去南京談判的共產黨代表是周小舟，聯絡員是呂振羽。開始談判時，呂尚未入黨，在談判期中才參加了共產黨。談判的指揮，是（中共中央）北方局負責人劉少奇，當時化名陶尚行。整個談判期間，呂振羽並不認識且未見過劉少奇，直到1941年他在蘇北根據地的華中局黨校，才第一次見到這位當年談判的幕後指揮員劉少奇。」
「七百餘次審訊呂振羽的重點，是要他製造偽證，證明劉少奇進行了『配合蔣介石消滅紅軍、取消蘇維埃政權的陰謀活動』，並說劉少奇等人『跪在蔣介石腳下，充當了革命的內奸』，硬說南京談判是背著毛主席、黨中央乾的。」
但是，無論是前四年的「隔離審查」，還是秦城監獄八年的「隔離審查」，呂振羽都堅持只講他知道的事實，沒有編造劉少奇「叛變」的話。
據歷史學家候外廬的回憶文章，呂振羽在秦城監獄不僅不低頭認罪，還一再抗爭，甚至高喊：「打倒托匪陳伯達！」「打倒法西斯！」（陳伯達當時是中央文革小組組長）
直到1974年，中國緊繃的政治氣氛有所鬆動之後，呂振羽夫人江明才獲准探監。當江明看到分別11年的呂振羽時，簡直不敢相信自己的眼睛。站在她面前的呂振羽，鬚髮灰白，臉色蒼白，腰彎背駝，目光吊滯，說話音細且帶有喘息聲。
1975年1月，文革中被打倒的鄧小平復出工作後，江明再次向中央申訴。在鄧小平的過問下，這年的春天，呂振羽獲准回家治病，走出秦城監獄。
1963年呂振羽為什麼被囚禁？
據中國社科院近代史研究員、曾在中紀委參與「瞿秋白案」複查的陳鐵健講：
「1962年，毛澤東有一個手令，要審查劉少奇的歷史問題。叛徒、內奸、工賊劉少奇的定性是在1968年黨的會議上，實際張網是從1962年開始。這個手令是我們在瞿秋白專案組時，當時還有劉少奇專案組、謝富治專案組、康生專案組。劉少奇組的負責人親口和我們組的負責人說，我們在中南海毛澤東的私人檔案里查到了這個手令，時間是1962年七千人大會之後。」
當時，毛澤東為什麼要下令查劉少奇的歷史問題呢？
因為1962年1月中共「七千人大會」之前，中國發生了餓死幾千萬人的大饑荒。劉少奇與毛澤東的看法發生嚴重分歧。談到導致大饑荒的原因時，劉少奇認為中央領導有責任，一些地方是「三分天災，七分人禍」。毛澤東被迫在會上承認自己也有責任。但從此，對劉少奇懷恨在心。
毛澤東要整劉少奇怎麼整？如果能夠給劉少奇扣上一頂「叛徒」的罪名，就不愁打不倒他。
早在1953年初，毛澤東因為對劉少奇不滿，曾讓原中共東北局第一書記、時任國家計委主席高崗查東北敵偽檔案中有關劉少奇1929年在奉天（今瀋陽）被捕後的情況，也就是查劉少奇是否叛變過。高崗將這個絕密任務交給他的老部下、時任東北局第二書記兼紀委書記張秀山。
張秀山不動聲色地將任務布置下去；然後，將收集到的材料上報高崗。之後，因為高崗被打成「反黨聯盟」自殺身亡，關於劉少奇「叛變」的問題，毛沒有繼續追查。
到了1962年，毛澤東對劉少奇的不滿與日俱增，於是，再次想起查劉少奇是否叛變問題。
那時，毛身邊有一個整人的「高手」康生。有了毛澤東的手令，康生就開始找突破口。他當時分管中央黨校。中央黨校有一個歷史學教授呂振羽。1935年，劉少奇作為中共北方局書記，具體領導與國民黨的秘密談判時，呂振羽曾參與其中。從1942年起，呂振羽當了劉少奇秘書。或許可以通過審查呂振羽，得到劉少奇「叛變」的口供。
康生找到公安部長謝富治。謝富治下令公安部官員，1963年1月5日，在河北保定，秘密抓捕了呂振羽。
呂振羽涉國共談判的真相是什麼？
1935年，日軍已侵至冀東22縣，直逼平津。這年10月，國民政府鐵道部次長曾養甫，按照宋子文的指示，要他的大學同學諶小岑，去尋找共產黨的關係。諶小岑找到他的湖南老鄉、歷史學家翦伯贊。翦伯贊向諶小岺介紹了湖南老鄉、歷史學家呂振羽。
當時，呂振羽正在北平的中國大學任教，還擔任了中共領導下的北平自由業者大同盟書記。
1935年11月，呂振羽接到一封來自南京的信，寫信人為諶小岑。信中寫道：「東鄰欺我太甚，惟有姜龔兩府聯姻，方可共御外傷而保家財。兄如有意作伐，希即命駕南來。」
呂振羽接信後，明白「姜龔」，即蔣、共的諧音。呂振羽那時雖還不是共產黨員，但與中共北方局北平市委宣傳部長周小舟有聯繫，他覺得這是事關國共合作大事，便立即去找周小舟，請問如何處置。
周小舟向中共北方局作了匯報，中共北方局報告了毛澤東，並建議派周小舟、呂振羽去談判，毛澤東回電錶示同意。
此後，國共雙方舉行多次談判。由於分歧較大，1936年8月，國民政府通知：「南京談判到此終止，以後由武漢電台和延安電台直接聯繫。」
同年8月，周小舟攜帶南京談判的全部材料到延安，當面向毛澤東匯報了談判經過和有關情況。
以上情況表明：毛澤東對南京談判的前因後果一清二楚。此次談判，事先向毛澤東請示過，事後向毛澤東匯報過，根本不是後來辦案人員說的「背著毛主席、黨中央乾的」。
1967年呂振羽為何被關秦城監獄？
既然毛澤東對南京談判的前因後果一清二楚，1963年1月至1967年1月，公安部密審呂振羽四年，沒有得到劉少奇是「叛徒」的口供，為什麼到了1967年1月，呂振羽不僅未獲釋，反而被關進秦城監獄了呢？
因為中央文革小組顧問康生深知：毛澤東想打倒自己的政敵，是不擇手段的。
比如，文革中毛打了一個「六十一人叛徒集團」，就是一起大冤案，目的是為了把劉少奇打成「叛徒」。
關於「六十一人叛徒集團」案，毛明知是冤案，康生也明知是冤案，但當康生向毛提出查辦此案後，毛立即表示同意。
最後，在毛的默許下，在康生的督導下，在專案組的高壓下，硬是製造出了一個「六十一人叛徒集團案」。
1935年國共南京談判案，有兩個當事人：一個是歷史學家翦伯贊，一個是歷史學家呂振羽。專案組的人以為，通過高壓、恐嚇、威脅，可以逼他們就範，供出他們想要的證明劉少奇是「叛徒」的罪證。
但是，專案組在這兩個「老學究」那裡碰了壁：翦伯贊寧可自殺，也不誣陷劉少奇。在萬般無奈的情況下，翦伯贊和他的夫人雙雙服安眠藥自殺了。呂振羽雖然被關秦城監獄，受到專案組高強度的審查，但他一直堅持不編造假話誣陷劉少奇。
最終，專案組沒有能從呂振羽那裡得到證明劉少奇是「叛徒」的口供。
劉少奇最終仍然被中共打成「叛徒」，但專案組寫的審查報告中，沒有提到1935年劉少奇「叛變」的事。
結語
呂振羽被監禁12年，無疑是一大冤案。但呂振羽冤案的平反卻拖了很長時間。
據戴煌的《胡耀邦與平反冤假錯案》一書介紹，1978年，在胡耀邦的親自過問下，北京大學為文革中冤死的歷史學家翦伯贊平反。胡耀邦通過其子胡德平向北大的張傳璽提出：爭取讓呂振羽能夠參加翦伯贊的追悼會，以便以這種方式將呂「解放」。
胡德平交代說：「呂老沒有政治問題，已經出獄就醫在家三年多了，只是由於尚未平反，外界猜測頗多，流言蜚語，影響很不好，如果能借參加翦老的追悼會之機，次日見報，這等於讓呂老與社會見面了，一定會有很好的影響。」又說：「這個專案不在中組部，在中央辦公廳一辦（即劉專），歸中央辦公廳管，中組部無能為力，最好由北大黨委寫個報告送政治局，說明請呂老參加翦老追悼會之必要，政治局同意是沒有問題的，這樣一切都可解決了。」張傳璽向北大黨委書記作了匯報。「這位書記似心有餘悸，面有難色，一直不肯表態」。最終，呂沒能參加翦的追悼會。
此後不久，胡耀邦安排呂振羽出席「國慶」招待會，通過這種方式，向外界透露，呂被「解放」了。
直到1980年1月，呂振羽冤案才得以平反。同年7月17日，呂振羽病逝。
從上面胡德平談的情況看，呂振羽案屬於劉少奇專案組管的。
劉少奇專案組是直通毛澤東的。也就是說，製造呂振羽冤案的禍首，就是毛澤東。
