在台灣，莫拉克颱風帶來五十年來最嚴重的水災，死亡人數一再增加，而軍方雖然動員軍人救災，但部分在深山中的村莊道路全毀，直升機也無法降落救人，親人還在災區的民眾心急如焚，哭喊著要求救難人員救救他們的家人。 自由亞洲電台記者容屹發自台北的報導。
雖然官方公布死亡數字一百多人，但高雄縣小林村一大半住戶因為土石流而遭到活埋，高雄縣長楊秋興預估將近四百多人遭遇不測，因此死亡人數可能超過五百人，同時，七千多人無家可歸，整體財產損失超過新台幣500億元。總統馬英九在星期五召集府院黨高層召開上任以來第一次的國安會議，馬英九說，這次水災的嚴重程度超過50年前的八七水災，必須以總動員方式救災，將再動員一萬名軍人加入救災，馬英九在會議中提出九點裁示，要求檢討救災體系，清楚劃分中央與地方救災權責，設置災後重建委員會，因地制宜安置災民，同時因為災後重建經費過於龐大，希望立法院支持通過重建條例與特別預算案，以協助災民回復正常生活。
馬英九強調，從88水災看到台灣人的愛心，他相信風雨生信心，多難興邦，政府和人民將勇於承擔。不過在災害發生將近一個星期後才召開會議，馬英九的做法受到輿論的批評，尤其是受害嚴重的南台灣，對馬英九政府的救災速度表達不滿，傳媒的民調更顯示，南台灣民眾對馬英九的不滿意度超過六成，形成馬英九的政治生涯危機。
除此之外，傳媒報導，馬英九政府在水災發生後婉拒其他國家的救援力量，雖然馬英九否認，但一家傳媒在星期五公布外交部在水災發生後傳送給駐外單位的公文明確表示，如果駐在國希望提供物資或派遣救援團隊，請予以婉謝，總統府發言人王郁琦表示，馬英九與行政院長劉兆玄都不知道外交部婉拒外援的這份公文，將針對這項疏失予以議處。
但這項曾經婉拒國際援助的公文事件曝露後，朝野立委都同聲譴責，部分民進黨立委要求馬英九自行下台，而部分傳媒也報導，一些激動的災民痛罵馬英九，甚至揚言罷免馬英九。
