一月底爆發的噶瑪巴涉嫌巨額外幣現金案及印度媒體對他可能是中國間諜的炒作，透露出印度政府他由來已久的不信任。儘管在2月11日，印度喜馬偕爾邦政府澄清了他涉及現金案的嫌疑，但並沒有對存在已久的間諜疑雲做一個字說明，可見深藏在印度人心中的疑雲並未散去。
新德里政策研究中心查拉尼教授2月8日在其《噶瑪巴背後的謎團》一文中表明了這種深刻的懷疑，因為不僅這位本名叫鄔金欽列多傑的噶瑪巴是由北京所認定，而且他及其隨從們在1999年的出逃「過程顯然過於輕易」。
專注於流亡藏人歷史研究的美國華人獨立學者李江琳，曾在2010年出版研究達賴喇嘛出逃歷史的專著《1959：拉薩》，對噶瑪巴出逃過程的「過於輕易說」 並不認同，她認為百密一疏中的一個漏洞就會成就一段歷史，達賴喇嘛出逃中也存在疑點：「達賴喇嘛逃亡50多年，幾個疑點至今我也沒調查清楚，為何羅布林卡三面被圍，卻留下一個口子，解放軍說是故意留下的，我認為並不是這樣。很多歷史的出現都是偶然事件，因為百密一疏的一個漏洞。沒有人想到大寶法王會秘密逃亡，但如果他打算走，就一定能走成。」
李江琳認為有人對此存疑很正常，因為在歷史研究中常常出現這樣的情況，當人們懷疑某一細節時，經常會想到陰謀論，似乎這也是唯一的解釋。
印度人不僅懷疑噶瑪巴的出逃過程，甚至懷疑他的年齡。1月30日，《印度時報》說大寶法王的重要病歷失蹤了，並重提11年前的醫學檢測，當時的檢測結果顯示，他的生長激素和X射線內分泌顯示他是個成年人而不是15歲的少年，有人就此更相信他是中國派出來的臥底。
大寶法王出逃甚至影響了當時的中印關係，倫敦政治經濟學院博士方天賜回憶說：「大寶法王初抵印度之際，正逢印度極力想修補1998年核子試爆而受損的中印關係，印度對如何處理大寶法王的去留顯得相當謹慎，直到一年多後才正式核准大寶法王的難民身分，迄今仍禁止他進入錫金。」
印度政府對大寶法王採取限制措施的原因，一直眾說紛紜，李江琳講述了其中一種解釋： 「據說印度政府對他的出行有限制，為何限制他的行動，有各種傳言，其中之一就是中國和印度有一個默契，我猜想是為了限制大寶法王的影響力。」
李江琳強調這種默契並不意味著中印政府之間有正式文本，大寶法王出逃在當時極為轟動，引起多種猜測，印度政府想掌握這位達賴喇嘛潛在接班人的行蹤，也理所當然。
此案中最大的疑點是查獲的人民幣現金，李江琳覺得不可思議，因為目前人民幣在印度流亡藏人社區很流行，一是因為流亡藏人與中國之間來往頻繁，二是有越來越多的漢人來到印度。她自己就曾為做田野調查，多次在印度常駐，帶過大量人民幣現金做旅費，怎可僅憑這一點就懷疑大寶法王是中國間諜。她說：「根據人民幣斷定錢一定來自中共政府，這很不符合邏輯。我去年在印度三個月，帶了近一萬人民幣換盧比，我在德里的西藏難民村和達蘭薩拉換過兩次盧比。」
李江琳認為，印度人對大寶法王的懷疑遲早會煙消雲散，這次風波只會是他成長過程中的一段小插曲，不是件大不了的事情。達賴喇嘛也不是自幼就是聖人，只是那時的資訊不發達，人們對他的適應過程不了解，現在世人所熟知的達賴喇嘛，只是1989年他獲得諾貝爾和平獎之後的情況。李江琳相信大寶法王的使命還沒有展開，其歷史只能由後人來書寫。
