2003年7月第一台發電機組試運時發生故障
2002年10月29日朱鎔基主持國務院三峽工程建設委員會第11次會議，確定在11月6日進行導流明渠截流的合龍，自此三峽水庫開始蓄水。這是朱鎔基最後一次以國務院總理兼國務院三峽工程建設委員會主任的身份主持國務院三峽工程建設委員會會議。
2002年11月15日74歲的朱鎔基在中共十六屆一中全會上不再擔任中共中央政治局委員和政治局常委職務，退出了中共中央領導核心層。接著在2003年3月全國人大會議上卸任國務院總理，退居二線。
2003年6月1日三峽水庫和三峽船閘開始試運行。7月1日上午9時58分，三峽工程第一台發電機組2號機組開始進行72小時併網試運行。就在併網試運行即將結束時，4日5時52分，2號機組發生運行故障，機組隨即跳電停機。經過一天多的緊張搶修，2號機組於5日11時16分重新啟動，開始新一輪72小時併網試運行。此時已經退居二線、閒散在家的朱鎔基還是未出席首批機組發電和永久船閘通航的慶典。
2003年7月13日零時20分三峽庫區秭歸縣千將坪村發生山體滑坡，造成15人死亡和9人失蹤，4家鄉鎮企業被摧毀。三峽水庫蓄水是導致山體滑坡的主要原因之一。
2013年9月5日《21世紀經濟報導》發表題為「三峽電站頻現非計劃停機運行十年就已老化」的報導。報導揭示，自2013年以來，三峽電站已發生了7次非計劃停機，其中，5、6、7月三個月的時間裡，就發生了6次。運轉10年，隸屬於長江電力的三峽電站已開始陷入設備老化的困擾。報導還揭露，為了維護好32台大機組和2台小機組，長江電力花了大力氣。如今電站營運人數幾百人，但維護人員就有接近一千人。三峽工程平均每台發電機組的維護人員高達30多人，這個數字本身就說明，發電機組的質量不好，維護成本非常高，導致三峽水電站的管理成本非常高。
三天之後，三峽集團向《第一財經日報》回應稱，今年出現非計劃停機集中在近兩年投產的「嬰兒」機組，這是新機組在磨合期的正常現象。
2025年7月19日雅下水電工程開工，官媒宣傳，雅下水電工程的年發電量為3000億千瓦時，是三峽工程的三倍。由此推論，三峽工程的年發電量為1000億千瓦時。中共官媒的宣傳，把雅下工程吹上了天，但把三峽工程直接架在火上烤。三峽工程的平均年發電量距離1000億千瓦時還有很長一段路。三峽工程的年發電量沒有達到1000億千瓦時的目標，應該是和發電機組的質量有關。
